| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2088038 | 200 (0.670) | 13 (0.060) | 11/126 | NT | 7.2% | intergenic (+55/+40) | chp/USA300HOU_RS10560 | Chemotaxis inhibitory protein/Glycyl‑glycine endopeptidase ALE‑1 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2088052 | 179 (0.760) | intergenic (+69/+26) | chp/USA300HOU_RS10560 | Chemotaxis inhibitory protein/Glycyl‑glycine endopeptidase ALE‑1 | |||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
ATCATCTTATGTAATTAATGGTCCTGGAAAAACTAATGAATATGCATACTAATAGTAGTTACATAAATTAAAAGGTAGATATTTCTTTTTTATATAAAGGTTTGGCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2087932‑2088038‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tatataaaggtttggcaAGTTATGAAATGTCTGCCAAACCTTTATATAAAAAAGAAATATCTACCTTTTAATTTATGTAACTACTATTAGTATGCATATTCATTAGT < USA300TCH1516_ALE/2088052‑2087963 ATCATCTTATGTAATTAATGGTCCTGGAAAAACTAATGAATATGCATACTAATAGTAGTTACATAAATTAAAAGGTAGATATTTCTTTTTT > 2:3918796/1‑91ATCATCTTATGTAATTAATGGTCCTGGAAAAACTAATGAATATGCATACTAATAGTAGTTACATAAATTAAAAGGTAGATATTTCTTTTTT > 1:677578/1‑91 TCATCTTATGTAATTAATGGTCCTGGAAAAACTAATGAATATGCATACTAATAGTAGTTACATAAATTAAAAGGTAGATATTTCTTTTTTA > 2:2059874/1‑91 ATCTTATGTAATTAATGGTCCTGGAAAAACTAATGAATATGCATACTACTAGTAGTTACATAAATTAAAAGGTAGATATTTCTTTTTTATA < 1:3198924/91‑1 ATCTTATGTAATTAATGGTCCTGGAAAAACTAATGAATATGCATACTAATAGTAGTTACATAAATTAAAAGGTAGATATTTCTTTTTTATA < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |