| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2207841 = | 284 (0.950) | 13 (0.050) | 9/142 | NT | 5.1% | intergenic (+202/+62) | rodA/USA300HOU_RS11255 | Peptidoglycan glycosyltransferase RodA/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2207874 = | 235 (0.890) | intergenic (+235/+29) | rodA/USA300HOU_RS11255 | Peptidoglycan glycosyltransferase RodA/hypothetical protein | |||||
GCCAGCATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTA‑TTCGATGATAGCTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2207939‑2207841‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gatagctttAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAGATGCTGGCAAAGTATTAATAATGTCTAAACGA > USA300TCH1516_ALE/2207874‑2207963 GCCAGCATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTA‑TTCGATG > 2:1336848/1‑91GCCAGCATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTA‑TTCGATG < 1:1975359/91‑1GCCAGCATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTA‑TTCGATG > 1:5457902/1‑91GCCAGCATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTA‑TTCGATG < 1:4954747/91‑1 CCAGCATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAGTCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTA‑TTCGATGA < 2:3449341/91‑1 CCAGCATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTA‑TTCGATGA > 1:1671670/1‑91 CCAGCATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTA‑TTCGATGA > 2:1695119/1‑91 CCAGCATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTA‑TTCGATGA < 1:3668080/91‑1 CCAGCATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTA‑TTCGATGA < 2:4693220/91‑1 CCAGCATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTA‑TTCGATGA < 1:2220565/91‑1 CAGCATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTA‑TTCGATGAT > 1:564943/1‑91 CAGCATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTA‑TTCGATGAT < 1:3746627/91‑1 CAGCATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTA‑TTCGATGAT < 2:3414155/91‑1 CAGCATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTA‑TTCGATGAT < 1:4406352/91‑1 CAGCATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTA‑TTCGATGAT > 2:4787989/1‑91 AGCATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTA‑TTCGATGATA > 1:675957/1‑91 GCATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTA‑TTCGATGATAG < 2:2367265/91‑1 GCATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTA‑TTCGATGATAG < 2:1138223/91‑1 GCATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTA‑TTCGATGATAG < 1:4261463/91‑1 GCATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTA‑TTCGATGATAG < 1:771474/91‑1 GCATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTA‑TTCGATGATAG < 2:1309067/91‑1 CATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTA‑TTCGATGATAGC > 1:4060829/1‑91 CATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTA‑TTCGATGATAGC < 2:674142/91‑1 CATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTA‑TTCGATGATAGC < 1:1822911/91‑1 CATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTA‑TTCGATGATAGC < 2:2296132/91‑1 CATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTA‑TTCGATGATAGC < 2:448596/91‑1 CATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTA‑TTCGATGATAGC < 2:2295784/91‑1 CATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTA‑TTCGATGATAGC < 1:3724449/91‑1 ATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGTTTGTGTATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTA‑TTCGATGATAGCT < 2:3815012/91‑1 ATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTA‑TTCGATGATAGCT < 2:4329293/91‑1 ATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTA‑TTCGATGATAGCT > 2:1090743/1‑91 ATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTA‑TTCGATGATAGCT > 2:769058/1‑91 ATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTA‑TTCGATGATAGCT > 1:212233/1‑91 ATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTA‑TTCGATGATAGCT > 1:5569584/1‑91 ATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTA‑TTCGATGATAGCT < 1:3205109/91‑1 ATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTA‑TTCGATGATAGCT < 1:3206583/91‑1 ATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTA‑TTCGATGATAGCT < 2:3328547/91‑1 ATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTA‑TTCGATGATAGCT > 1:3293255/1‑91 ATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTA‑TTCGATGATAGCT < 1:3349653/91‑1 ATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTA‑TTCGATGATAGCT > 1:4098689/1‑91 CTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTTTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTA‑TTCGATGATAGCTTT < 2:5820743/91‑1 CTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTA‑TTCGATGATAGCTTT < 2:2062984/91‑1 CACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCATC‑GAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATT < 2:1039780/91‑1 CGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCATCGAATAG‑TCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCA < 1:2053976/91‑1 TATCGTCGGACTA‑TTCGATGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAGATGCT > 2:3651386/1‑91 TCGTCGGACTA‑TTCGATGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACGTACTTTATTAGCTGCTGG > 1:4907864/1‑91 CGTCGGACTA‑TTCGATGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAGATGCTGGC > 1:5253485/1‑91 CGGACTA‑TTCGATGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAGATGCTGGCAAA > 2:3646269/1‑91 GGACTA‑TTCGATGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAGATGCTGGCAAAG > 1:2317450/1‑91 GGACTA‑TTCGATGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAGATGCTGGCAAAG > 2:2455528/1‑91 GGACTA‑TTCGATGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAGATGCTGGCAAAG > 1:4550158/1‑91 GGACTA‑TTCGATGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAGATGCTGGCAAAG > 2:1966815/1‑91 GGACTA‑TTCGATGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATACGTGACTTACTTTATTAGATGCTGGCAAAG > 1:687786/1‑91 ACTA‑TTCGATGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAGATGCTGGCAAAGTA > 2:2353859/1‑91 CTA‑TTCGATGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAGATGCTGGCAAAGTAT > 2:2095206/1‑91 TCGATGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAGATGCTGGCAAAGTATTAAT > 2:2883222/1‑91 GATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAGATGCTGGCAAAGTATTAATAATGT < 1:2037907/91‑1 GATAGCTTTAACGGTGTGGGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAGATGCTGGCAGAGTATTAATAATGT < 2:1894936/91‑1 ATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAGATGCTGGCAAAGTATTAATAATGTC < 1:4476783/91‑1 TAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAGATGCTGGCAAAGTATTAATAATGTCT > 2:1964645/1‑91 AGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAGATGCTGGCAAAGTATTAATAATGTCTA > 1:3749547/1‑91 AGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAGATGCTGGCAAAGTATTAATAATGTCTA > 2:3675443/1‑91 AGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAGATGCTGGCAAAGTATTAATAATGTCTA > 2:500151/1‑91 AGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAGATGCTGGCAAAGTATTAATAATGTCTA > 1:917977/1‑91 AGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAGATGCTGGCAAAGTATTAATAATGTCTA > 2:1994809/1‑91 AGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAGATGCTGGCAAAGTATTAATAATGTCTA > 2:1685049/1‑91 GCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAGATGCTGGCAAAGTATTAATAATGTCTAA > 2:5220593/1‑91 CTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAGATGCTGGCAAAGTATTAATAATGTCTAAA < 1:1224521/91‑1 CTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAGATGCTGGCAAAGTATTAATAATGTCTAAA > 2:1409208/1‑91 CTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAGATGCTGGCAAAGTATTAATAATGTCTAAA > 2:3937932/1‑91 CTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAGATGCTGGCAAAGTATTAATAATGTCTAAA > 2:1958164/1‑91 TTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAGATGCTGGCAAAGTATTAATAATGTCTAAAC < 1:2160431/91‑1 TTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAGATGCTGGCAAAGTATTAATAATGTCTAAAC < 2:4628820/91‑1 TTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAGATGCTGGCAAAGTATTAATAATGTCTAAAC < 1:187303/91‑1 TTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAGATGCTGGCAAAGTATTAATAATGTCTAAAC < 1:3901172/91‑1 TTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAGATGCTGGCAAAGTATTAATAATGTCTAAACG > 1:350091/1‑91 TTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAGATGCTGGCAAAGTATTAATAATGTCTAAACG > 2:1578160/1‑91 TTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAGATGCTGGCAAAGTATTAATAATGTCTAAACG < 2:1945837/91‑1 TTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAGATGCTGGCAAAGTATTAATAATGTCTAAACG > 1:1010848/1‑91 TTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAGATGCTGGCAAAGTATTAATAATGTCTAAACG > 1:1364023/1‑91 TAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAGATGCTGGCAAAGTATTAATAATGTCTAAACGA < 1:873144/91‑1 GCCAGCATCTAATAAAGTAAGTCACGAATTAAAATAATTGACTGTGATTGTGAATCACACACCGTTAAAGCTATCGTCGGACTA‑TTCGATGATAGCTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2207939‑2207841‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gatagctttAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAGATGCTGGCAAAGTATTAATAATGTCTAAACGA > USA300TCH1516_ALE/2207874‑2207963 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |