| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2207841 = | 284 (0.950) | 13 (0.050) | 9/142 | NT | 5.1% | intergenic (+202/+62) | rodA/USA300HOU_RS11255 | Peptidoglycan glycosyltransferase RodA/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2207874 = | 235 (0.890) | intergenic (+235/+29) | rodA/USA300HOU_RS11255 | Peptidoglycan glycosyltransferase RodA/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 348 total aligned reads displayed.
TCTAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAA‑TAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAGATGCTGGCAAAGTATTAATAATGTCTAAACGAG > USA300TCH1516_ALE/2207784‑2207964 | aaGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAA‑TAGTCCGACGATAGCTTTAACgg > 1:5164248/1‑91 (MQ=255) aaGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAA‑TAGTCCGACGATAGCTTTAACgg > 1:984946/1‑91 (MQ=255) aaGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAA‑TAGTCCGACGATAGCTTTAACgg > 2:1674427/1‑91 (MQ=255) aaGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAA‑TAGTCCGACGATAGCTTTAACgg < 1:4608601/91‑1 (MQ=255) gagGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAA‑TAGTCCGACGATAGCTTTAACGgtg < 2:42935/91‑1 (MQ=255) gagGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAA‑TAGTCCGACGATAGCTTTAACGgtg < 2:2929328/91‑1 (MQ=255) agGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAA‑TAGTCCGACGATAGCTTTAACGgtgt < 1:1536890/91‑1 (MQ=255) gggATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAA‑TAGTCCGACGATAGCTTTAACGgtgtg < 2:3243039/91‑1 (MQ=255) gggATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAA‑TAGTCCGACGATAGCTTTAACGgtgtg < 2:2485696/91‑1 (MQ=255) ggATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAA‑TAGTCCGACGATAGCTTTAACGgtgtgt > 1:2612779/1‑91 (MQ=255) ggATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAA‑TAGTCCGACGATAGCTTTAACGgtgtgt > 2:618791/1‑91 (MQ=255) gATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAA‑TAGTCCGACGATAGCTTTAACGGtgtgtg > 1:5854414/1‑91 (MQ=255) aTTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAA‑TAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGa > 2:379977/1‑91 (MQ=255) aTTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAA‑TAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGa < 2:181717/91‑1 (MQ=255) ttttGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAA‑TAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGAt < 1:415286/91‑1 (MQ=255) tttGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAA‑TAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGAtt > 2:385727/1‑91 (MQ=255) tttGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAA‑TAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGAtt > 2:4873430/1‑91 (MQ=255) tttGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAA‑TAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGAtt < 1:3739301/91‑1 (MQ=255) ttGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAA‑TAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTc > 1:3946380/1‑91 (MQ=255) ttGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAA‑TAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTc < 1:375274/91‑1 (MQ=255) ttGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAA‑TAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTc < 1:3036536/91‑1 (MQ=255) ttGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAA‑TAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTc < 2:1132689/91‑1 (MQ=255) ttATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAA‑TAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTcaca > 2:5810873/1‑91 (MQ=255) tatataGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAA‑TAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACaa < 1:3685084/91‑1 (MQ=255) tatataGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAA‑TAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACaa < 1:5068193/91‑1 (MQ=255) atataGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAA‑TAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAAt > 2:3378966/1‑91 (MQ=255) tataGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAA‑TAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATc > 2:1175087/1‑91 (MQ=255) tataGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAA‑TAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATc > 2:5402095/1‑91 (MQ=255) gTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAA‑TAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAg < 2:3736525/91‑1 (MQ=255) tACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAA‑TAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGt < 1:340566/91‑1 (MQ=255) tACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAA‑TAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGt > 1:2005239/1‑91 (MQ=255) tACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAA‑TAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGt < 1:5244209/91‑1 (MQ=255) tACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAA‑TAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGt < 1:4343263/91‑1 (MQ=255) aCTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAA‑TAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTc > 1:1000495/1‑91 (MQ=255) aCTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAA‑TAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTc > 1:4487507/1‑91 (MQ=255) ttGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAA‑TAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAACCACAGTCaa > 2:3710058/1‑91 (MQ=255) tGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAA‑TAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAat > 1:4188001/1‑91 (MQ=255) gCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAA‑TAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAatt > 2:840492/1‑91 (MQ=255) 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ttttAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAA‑TAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTaa < 1:4260136/91‑1 (MQ=255) tttAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAA‑TAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAAt > 1:5447992/1‑91 (MQ=255) tttAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAA‑TAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAAt < 2:5264754/91‑1 (MQ=255) tttAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAA‑TAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAAt > 1:2931110/1‑91 (MQ=255) tttAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAA‑TAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAAt < 2:1329685/91‑1 (MQ=255) aGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAA‑TAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCg > 1:1914130/1‑91 (MQ=255) aGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAA‑TAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCg > 2:4119979/1‑91 (MQ=255) aGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAA‑TAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCg < 1:314439/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |