| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2207841 = | 284 (0.950) | 13 (0.050) | 9/142 | NT | 5.1% | intergenic (+202/+62) | rodA/USA300HOU_RS11255 | Peptidoglycan glycosyltransferase RodA/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2207874 = | 235 (0.890) | intergenic (+235/+29) | rodA/USA300HOU_RS11255 | Peptidoglycan glycosyltransferase RodA/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 357 total aligned reads displayed.
CCCTCTTTGAAGTACACATTGTAAAATGTACACTCTAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAG > USA300TCH1516_ALE/2207751‑2207931 | cgtttagacattattaatactttgccagcatctaataaagtaagtcacgaattaaaataattgactgtgattgtgaatcacacaccgttaa > 1:1364023‑M1/90‑91 (MQ=255) gtttagacattattaatactttgccagcatctaataaagtaagtcacgaattaaaataattgactgtgattgtgaatcacacaccgttaaa < 2:4628820‑M1/3‑1 (MQ=255) ctctTTGAAGTACACATTGTAAAATGTACACTCTAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCaaaaaa < 2:568760/91‑1 (MQ=255) ctctTTAAAGTACACTTTGTAAAATGTACACTCTAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCaaaaaa < 2:3046192/91‑1 (MQ=255) tctTTGAAGTACACATTGTAAAATGTACACTCTTAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAg > 1:5817410/1‑91 (MQ=255) tttGAAGTACACATTGTAAAATGTACACTCTAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCt < 1:5597772/91‑1 (MQ=255) tagacattattaatactttgccagcatctaataaagtaagtcacgaattaaaataattgactgtgattgtgaatcacacaccgttAAAGCt > 2:500151‑M1/86‑91 (MQ=255) tagacattattaatactttgccagcatctaataaagtaagtcacgaattaaaataattgactgtgattgtgaatcacacaccgttAAAGCt > 1:3749547‑M1/86‑91 (MQ=255) ttGAAGTACACATTGTAAAATGTACACTCTAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTa > 2:4336286/1‑91 (MQ=255) ttGAAGTACACATTGTAAAATGTACACTCTAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTa > 1:1695119/1‑91 (MQ=255) agacattattaatactttgccagcatctaataaagtaagtcacgaattaaaataattgactgtgattgtgaatcacacaccgttAAAGCTa > 2:1964645‑M1/85‑91 (MQ=255) gacattattaatactttgccagcatctaataaagtaagtcacgaattaaaataattgactgtgattgtgaatcacacaccgttAAAGCTat < 1:4476783‑M1/8‑1 (MQ=255) aaGTACACATTGTAAAATGTACACTCTAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTatca > 1:3795289/1‑91 (MQ=255) aGTACACAGAGTAAAATGTACACTCTAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCAAGAAAAAAAAGCTatcat < 2:5531389/91‑1 (MQ=255) 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cacaTTGTAAAATGTACACTCTAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGaa < 1:882807/91‑1 (MQ=255) atactttgccagcatctaataaagtaagtcacgaattaaaataattgactgtgattgtgaatcacacaccgttAAAGCTATCATCGAATAg > 2:2095206‑M1/74‑91 (MQ=255) aTTGTAAAATGTGCACTCTAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAg < 2:3875431/91‑1 (MQ=255) aTTGTAAAATGTACACTCTAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAg < 1:2432768/91‑1 (MQ=255) aTTGTAAAATGTACACTCTAAAGAGGGATATTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAg > 1:2204892/1‑91 (MQ=255) ttGTAAAATGTACACTCTAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGt < 2:2254039/91‑1 (MQ=255) tGTAAAATGTACACTCTAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTc < 2:256101/91‑1 (MQ=255) gTAAAATGTACACTCTAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAgccc > 1:2561657/1‑88 (MQ=255) gTAAAATGTACACTCTAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTcc < 2:1559813/91‑1 (MQ=255) ctttgccagcatctaataaagtaagtcacgtattaaaataattgactgtgattgtgaatcacacaccgttAAAGCTATCATCGAATAGTcc > 1:687786‑M1/71‑91 (MQ=255) aaaaTGTACACTCTAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCcga < 1:157269/91‑1 (MQ=255) aaaTGTACACTCTAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCcgac > 1:4806928/1‑91 (MQ=255) aTGTACACTCTAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCcgacga > 1:2281024/1‑91 (MQ=255) agcatctaataaagtaagtcacgaattaaaataattgactgtgattgtgaatcacacaccgttAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATa > 2:3651386‑M1/64‑91 (MQ=255) tACACTCTAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTGTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAg > 1:3665959/1‑91 (MQ=255) acacTCTAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGc < 1:4521249/91‑1 (MQ=255) acacTCTAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGc < 1:3828730/91‑1 (MQ=255) cacTCTAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCt > 2:1406029/1‑91 (MQ=255) acTCTAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCtt < 2:505217/91‑1 (MQ=255) ctctAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCttt < 1:780811/91‑1 (MQ=255) tctAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTa < 1:2980935/91‑1 (MQ=255) ctAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTaa < 2:2899323/91‑1 (MQ=255) aaaGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACg < 2:656678/91‑1 (MQ=255) aaGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACgg > 1:984946/1‑91 (MQ=255) aaGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACgg < 1:4086207/91‑1 (MQ=255) agagGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGgt < 1:5179581/91‑1 (MQ=255) gagGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGgtg < 1:4985096/91‑1 (MQ=255) gggATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGgtgtg < 2:2485696/91‑1 (MQ=255) ggATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGgtgtgt > 1:2613452/1‑91 (MQ=255) gATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGtgtgtg > 2:5821533/1‑91 (MQ=255) aTTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGa < 2:181717/91‑1 (MQ=255) ttttGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGAt < 1:2126085/91‑1 (MQ=255) tttGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGAtt > 2:4873430/1‑91 (MQ=255) ttGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTc < 2:1132729/91‑1 (MQ=255) gTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGAttgtg < 1:3807538/91‑4 (MQ=255) ttATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTcaca > 1:2889083/1‑91 (MQ=255) tatataGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACaa > 1:330374/1‑91 (MQ=255) tatataGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACaa > 1:1748122/1‑91 (MQ=255) atataGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAAt < 2:4104875/91‑1 (MQ=255) atataGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAAt > 2:3378966/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |