New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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? | USA300TCH1516_ALE | 2256443 = | 168 (0.680) | intergenic (+96/+25) | deoD1/dps | Purine nucleoside phosphorylase DeoD‑type 1/General stress protein 20U |
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
ATAATTGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2256499‑2256396 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atgtgttggcttttATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTATAAAC > USA300TCH1516_ALE/2256443‑2256531 ATAATTGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAA > 2:3214865/1‑91 TAATTGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAAT < 2:1760765/91‑1 ATTGGATGTTTAAGTCTTACTTAAGCTAATGTACAGATAAGTAATAATCTAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCTAGAATGT > 1:4654546/1‑91 ATTGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGT < 1:3332940/91‑1 ATTGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGT < 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USA300TCH1516_ALE/2256443‑2256531 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |