| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2256396 = | 189 (0.630) | 11 (0.040) | 8/132 | NT | 6.4% | intergenic (+49/+72) | deoD1/dps | Purine nucleoside phosphorylase DeoD‑type 1/General stress protein 20U |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2256443 = | 168 (0.680) | intergenic (+96/+25) | deoD1/dps | Purine nucleoside phosphorylase DeoD‑type 1/General stress protein 20U | |||||
Only 100 of 367 total aligned reads displayed.
TTACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTA > USA300TCH1516_ALE/2256307‑2256486 | ttACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAA > 1:4176673‑M1/1‑91 (MQ=255)gtttataggtatgcaaacatcagtagataaacataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaataa > 2:1827689‑M1/90‑91 (MQ=255) tttataggtatgcaaacatcagtagataaacataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaataaa < 2:1102492‑M1/3‑1 (MQ=255) tttataggtatgcaaacatcagtagataaacataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaataaa < 1:879540‑M1/3‑1 (MQ=255) acacAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAA > 1:1870987‑M1/1‑91 (MQ=255) cacaAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAG > 1:360232‑M1/1‑91 (MQ=255) aggtatgcaaacatcagtagataaacataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCa > 2:2492122‑M1/84‑91 (MQ=255) aaaTGATGGATATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTACTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCA < 1:5831677‑M1/91‑1 (MQ=255) aaaTGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCA < 2:810960‑M1/91‑1 (MQ=255) tgatgGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACA < 1:1467200‑M1/91‑1 (MQ=255) tatgcaaacatgagtagataaacataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAaca > 2:5854449‑M1/81‑91 (MQ=255) gatgGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACAC < 2:1539436‑M1/91‑1 (MQ=255) atgGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACA > 2:3127484‑M1/1‑91 (MQ=255) atgGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACA > 2:767139‑M1/1‑91 (MQ=255) 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aaaTCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCt < 1:3897600/91‑1 (MQ=255) aaaTCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCt > 1:2355541/1‑91 (MQ=255) aaaTCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCt < 1:1397136/91‑1 (MQ=255) aaTCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTg > 1:2847103/1‑91 (MQ=255) catcagtagataaacataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTgg < 2:271747‑M1/19‑1 (MQ=255) tCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTggg > 2:1436088/1‑91 (MQ=255) cGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGc < 1:3039981/91‑1 (MQ=255) gCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCg < 1:554386/91‑1 (MQ=255) gCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCg < 2:2874152/91‑1 (MQ=255) gCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCg > 2:1948528/1‑91 (MQ=255) tttAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTa > 2:5202178/1‑91 (MQ=255) tttAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTa > 2:5756659/1‑91 (MQ=255) tttAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAAC > 2:5507933‑M1/1‑77 (MQ=255) tagataaacataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTAt < 2:4107813‑M1/25‑1 (MQ=255) tAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATaaatggggatac < 1:2467043‑M1/91‑13 (MQ=255) aGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATcc < 2:3266001/91‑1 (MQ=255) 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agagTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatg < 1:2297238‑M2/91‑4 (MQ=255) gTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgt > 1:4303040‑M2/1‑85 (MQ=255) aaCTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttg < 1:3666254‑M2/91‑9 (MQ=255) aCTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATaaatggggatacgcccagaatgtgttgg < 2:1965074‑M1/91‑29 (MQ=255) aCTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttgg > 2:5133076‑M2/1‑82 (MQ=255) cTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggc > 2:202761‑M2/1‑81 (MQ=255) ttATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAGGCCAACCCATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggct < 1:2716128‑M2/91‑12 (MQ=255) ttATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggct > 1:2102828‑M2/1‑80 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |