| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2533878 | 269 (0.900) | 17 (0.060) | 11/148 | NT | 6.3% | coding (455/732 nt) | tcyC_2 | L‑cystine import ATP‑binding protein TcyC |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2533890 | 254 (0.920) | coding (443/732 nt) | tcyC_2 | L‑cystine import ATP‑binding protein TcyC | |||||
CCAAATCTTTAATAACCTTTAAAACATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2533783‑2533878‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttgctaTTGCAAGAGCACTAGCAATGAACCCTAAAGTGATGTTGTTTGATGAACCAACATCTGCACTTGATCCTGAACTTGTGAATGATGTTTTAA < USA300TCH1516_ALE/2533890‑2533801 CCAAATCTTTAATAACCTTTAAAACATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATTTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCAT < 1:1788267/91‑1CCAAATCTTTAATAACCTTTAAAACATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCAT > 1:2543097/1‑91CCAAATCTTTAATAACCTTTAAAACATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCAT > 2:1506615/1‑91CCAAATCTTTAATAACCTTTAAAACATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCAT > 1:767231/1‑91CCAAATCTTTAATAACCTTTAAAACATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCAT > 1:1522307/1‑91CCAAATCTTTAATAACCTTTAAAACATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCAT < 2:32772/91‑1 CAAATCTTTAATAACCTTTAAAACATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATT > 1:793224/1‑91 CAAATCTTTAATAACCTTTAAAACATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATT > 1:580940/1‑91 CAAATCTTTAATAACCTTTAAAACATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATT > 2:5633092/1‑91 AAATCTTTAATAACCTTTAAAACATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTG < 1:1105967/91‑1 AAATCTTTAATAACCTTTAAAACATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTG < 1:3802695/91‑1 AAATCTTTAATAACCTTTAAAACATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTG < 1:3988260/91‑1 AAATCTTTAATAACCTTTAAAACATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTG > 2:662604/1‑91 AATCTTTAATAACCTTTAAAACATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGC > 2:595000/1‑91 AATCTTTAATAACCTTTAAAACATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGC < 2:4620463/91‑1 ATCTTTAATAACCTTTAAAACATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCT > 2:3658891/1‑91 ATCTTTAATAACCTTTAAAACATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCT < 1:3099197/91‑1 ATCTTTAATAACCTTTAAAACATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCT < 1:3099137/91‑1 ATCTTTAATAACCTTTAAAACATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCT < 1:2652685/91‑1 ATCTTTAATAACCTTTAAAACATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCT < 1:2652740/91‑1 ATCTTTAATAACCTTTAAAACATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCT > 2:985860/1‑91 ATCTTTAATAACCTTTAAAACATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCT > 2:791316/1‑91 TCTTTAATAACCTTTAAAACATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTA > 1:894615/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |