| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2533878 | 269 (0.900) | 17 (0.060) | 11/148 | NT | 6.3% | coding (455/732 nt) | tcyC_2 | L‑cystine import ATP‑binding protein TcyC |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2533890 | 254 (0.920) | coding (443/732 nt) | tcyC_2 | L‑cystine import ATP‑binding protein TcyC | |||||
Only 100 of 381 total aligned reads displayed.
TCTTTAATAACCTTTAAAACATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTGCTCTTGCAATAGCAACACGTTGTTGTTGACCACCTGATAATGCATGTGGACGTTGATCTTTGACATGTGTTAAACCAACTTTCTCAA > USA300TCH1516_ALE/2533788‑2533968 | tCTTTAATAACCTTTAAAACATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTA < 2:781989‑M1/91‑1 (MQ=255) ttAATAACCTTTAAAACATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTg < 2:1892349/91‑1 (MQ=255) taataaCCTTTAAAACATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTGc > 1:965619/1‑91 (MQ=255) taataaCCTTTAAAACATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTGc > 1:3086624/1‑91 (MQ=255) aataaCCTTTAAAACATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTGct < 1:4697331/91‑1 (MQ=255) ataaCCTTTAAAACATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTGctc < 1:2967219/91‑1 (MQ=255) ataaCCTTTAAAACATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTGctc > 1:1308307/1‑91 (MQ=255) ataaCCTTTAAAACATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTGctc > 1:3738980/1‑91 (MQ=255) taaCCTTGAAAACATCAGTCACATGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCTAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTGctct < 2:2786072/91‑1 (MQ=255) aCCTTTAAAACATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACTACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAttgcaagag < 1:5813692‑M1/91‑10 (MQ=255) aCCTTTAAAACATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAttgcaagag < 1:4276738‑M1/91‑10 (MQ=255) ccTTTAAAACATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCTGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAttgcaagagc < 1:5678165‑M1/91‑11 (MQ=255) ccTTTAAAACATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAttgcaagagc < 1:4401855‑M1/91‑11 (MQ=255) ccTTTAAAACATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTGCTCTTGc < 1:3576317/91‑1 (MQ=255) cTTTAAAACATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTGCTCTTGCa < 1:2481703/91‑1 (MQ=255) cTTTAAAACATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTGCTCTTGCa > 1:875928/1‑91 (MQ=255) cTTTAAAACATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTGCTCTTGCa > 1:1087282/1‑91 (MQ=255) tttAAAACATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCGTTGCTAGTGCTCTTGCaa > 1:5765331/1‑91 (MQ=255) ttAAAACATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTGCTCTTGCAAt > 2:3552335‑M2/1‑90 (MQ=255) aaaCATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTGCTCTTGCAAtagc > 2:2594176‑M2/1‑87 (MQ=255) aaaCATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTGCTCTTGCAAtagc > 2:5595201‑M2/1‑87 (MQ=255) aaCATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTGCTCTTGCAAtagca < 2:2951535‑M2/91‑6 (MQ=255) aCATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTGCTCTTGCAAtagcaa < 1:3845477‑M2/91‑7 (MQ=255) aCATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTGCTCTTGCAAtagcaa < 1:3326832‑M2/91‑7 (MQ=255) catcatTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTGCTCTTGCAATAGCAac < 1:4572183/91‑1 (MQ=255) tcatTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTGCTCTTGCAATAGCAacac < 2:1558417/91‑1 (MQ=255) catTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTGCTCTTGCAATAGCAACACg < 2:2897560/91‑1 (MQ=255) catTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTGCTCTTGCAATAGCAACACg < 1:1840930/91‑1 (MQ=255) catTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTGCTCTTGCAATAGCAACACg < 1:5531991/91‑1 (MQ=255) catTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTGCTCTTGCAATAGCAACACg < 1:3502379/91‑1 (MQ=255) catTCACAACTTCAGGATCAAGTGCAGATCTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTGCTCTCGCAATAGCAACACg > 1:5382510/1‑91 (MQ=255) ttCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTGCTCTTGCAATAGCAACACgtt < 1:1436101/91‑1 (MQ=255) tCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTGCTCTTGCAATAGCAACACgttg > 1:3162924/1‑91 (MQ=255) tCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTGCTCTTGCAATAGCAACACgttg > 2:3168492/1‑91 (MQ=255) acaAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTATTGCAAGAGCACtagcaatgaacccta > 1:3620171‑M2/1‑76 (MQ=255) caAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTGCTCTTGCAATAGCAACACgttgttg < 1:3927669/91‑1 (MQ=255) aaGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTGCTCTTGCAATAGCAACACgttgttgt < 2:3926886/91‑1 (MQ=255) aGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTg > 1:4491508/1‑64 (MQ=255) 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catcaAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTGCTCTTGCAATAGCAACACGTTGTTGTTGACCACCTGATAATGCATGTGGACGTTg < 2:2704091/91‑1 (MQ=255) atcaAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTGCTCTTGCAATAGCAACACGTTGTTGTTGACCACCTGATAATGCATGTGGACGTTGa < 1:646004/91‑1 (MQ=255) tcaAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTGCTCTTGCAATAGCAACACGTTGTTGTTGACCACCTGATAATGCATGTGGACGTTGAt > 2:4605748/1‑91 (MQ=255) caAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAgtgctcttgcaatagcaatgaaccctaaagtgatgttgtttgatgaaccaacatctgcact > 1:1301109‑M1/1‑30 (MQ=255) caAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTGCTCTTGCAATAGCAACACGTTGTTGTTGACCACCTGATAATGCATGTGGACGTTGATc > 1:19740/1‑91 (MQ=255) caAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTGCTCTTGCAATAGCAACACGTTGTTGTTGACCACCTGATAATGCATGTGGACGTTGATc < 2:1290296/91‑1 (MQ=255) aaccaacaTCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTGCTCTTGCAATAGCAACACGTTGTTGTTGACCACCTGATAATGCATGTGGACGTTGATCt < 2:4373705/88‑1 (MQ=255) accaacaTCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTGCTCTTGCAATAGCAACACGTTGTTGTTGACCACCTGATAATGCATGTGGACGTTGATCtt > 1:4817135/3‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |