New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2533878 | 269 (0.900) | 17 (0.060) | 11/148 | NT | 6.3% | coding (455/732 nt) | tcyC_2 | L‑cystine import ATP‑binding protein TcyC |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2533890 | 254 (0.920) | coding (443/732 nt) | tcyC_2 | L‑cystine import ATP‑binding protein TcyC |
Only 100 of 333 total aligned reads displayed.
TTTAAAACATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTGCTCTTGCAATAGCAACACGTTGTTGTTGACCACCTGATAATGCATGTGGACGTTGATCTTTGACATGTGTTAAACCAACTTTCTCAAGTAACTCAAGTG > USA300TCH1516_ALE/2533800‑2533980 | tttAAAACATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCGTTGCTAGTGCTCTTGCaa > 1:5765331/1‑91 (MQ=255) aaaaCATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTGCTCTTGCAAtag > 1:1530739‑M2/1‑88 (MQ=255) aaaaCATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTGCTCTTGCAAtag < 1:1869850‑M2/91‑4 (MQ=255) aaaCATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTGCTCTTGCAAtagc > 1:1150083‑M2/1‑87 (MQ=255) aaaCATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTGCTCTTGCAAtagc > 1:101483‑M2/1‑87 (MQ=255) aaaCATCATTCACAAGTTCAGGATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTGCTCTTGCAAtagc > 2:2594176‑M2/1‑87 (MQ=255) 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gATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTGCTCTTGCAATAGCAACACGTTGTTGTTGaccacc > 1:5001907/1‑91 (MQ=255) gATCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTGCTCTTGCAATAGCAACACGTTGTTGTTGaccacc > 2:542716/1‑91 (MQ=255) aTCAAGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTGCTCTTGCAATAGCAACACGTTGTTGTTGACCACCt > 1:132668/1‑91 (MQ=255) aaGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTGCTCTTGCAATAGCAACACGTTGTTGTTGACCACCTGAt < 1:3813083/91‑1 (MQ=255) aaGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTGCTCTTGCAATAGCAACACGTTGTTGTTGACCACCTGAt < 1:2464387/91‑1 (MQ=255) aGTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTATTGCAAGAGCACtagcaatgaaccctaaagtgatgttgtttg > 1:1301109‑M2/1‑61 (MQ=255) gTGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTGCTCTTGCAATAGCAACACGTTGTTGTTGACCACCTGATaa < 1:4530885/91‑1 (MQ=255) tGCAGATGTTGGTTCATCAAACAACATCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTGCTCTTGCAATAGCAACACGTTGTTGTTGACCACCTGATAAt > 2:1036606/1‑91 (MQ=255) 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aTCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTGCTCTTGCAATAGCAACACGTTGTTGTTGACCACCTGATAATGCATGTGGACGTTGATCTTTGACAt < 2:5600440/91‑1 (MQ=255) tCACTTTAGGGTTCATTGCTAGTGCTCTTGCAATAGCAACACGTTGTTGTTGACCACCTGATAATGCATGTGGACGTTGATCTTTGACAtg > 1:91072/1‑91 (MQ=255) cACTTTAGGGTTCATTGCTAGTGCTCTTGCAATAGCAACACGTTGTTGTTGACCACCTGATAATGCATGTGGACGTTGATCTTTGACAtgt > 2:3111878/1‑91 (MQ=255) aCTTTAGGGTTCATTGCTAGTGCTCTTGCAATAGCAACACGTTGTTGTTGACCACCTGATAATGCATGTGGACGTTGATCTTTGACAtgtg < 1:2744295/91‑1 (MQ=255) aCTTTAGGGTTCATTGCTAGTGCTCTTGCAATAGCAACACGTTGTTGTTGACCACCTGATAATGCATGTGGACGTTGATCTTTGACAtgtg > 1:3679892/1‑91 (MQ=255) cTTTAGGGTTCATTGCTAGTGCTCTTGCAATAGCAACACGTTGTTGTTGACCACCTGATAATGCATGTGGACGTTGATCTTTGACgtgtgt < 2:4702949/91‑1 (MQ=255) cTTTAGGGTTCATTGCTAGTGCTCTTGCAATAGCAACACGTTGTTGTTGACCACCTGATAATGCATGTGGACGTTGATCTTTGACATgtgt < 1:3548951/91‑1 (MQ=255) tAGGGTTCATTGCTAGTGCTCTTGCAATAGCAACACGTTGTTGTTGACCACCTGATAATGCATGTGGACGTTGATCTTTGACATGTGTTaa < 1:2370229/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |