| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2792614 = | 284 (0.950) | 13 (0.050) | 6/132 | NT | 5.7% | intergenic (+65/+47) | yvyI/yueB | Putative mannose‑6‑phosphate isomerase YvyI/ESX secretion system protein YueB |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2792656 = | 193 (0.790) | intergenic (+107/+5) | yvyI/yueB | Putative mannose‑6‑phosphate isomerase YvyI/ESX secretion system protein YueB | |||||
GATCCATTGATGAAGCGCGTATCTGAAAAAGTTGACCAAAGTAACGTTACAGAATAAAAATTAAATCCACACATTAGGGTTATAGCTCCTTAATGTGTGGATTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2792717‑2792614‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taatgtgtggatttAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCAACTTTTTCAGATACGCGCTTCATCAATGGATCTGTTACAGGTTTTAAAATTAAACCTA > USA300TCH1516_ALE/2792656‑2792743 GATCCATTGATGAAGCGCGTATCTGAAAAAGTTGACCAAAGTAACGTTACAGAATAAAAATTAAATCCACACATTAGGGTTATAGCTCCTT > 2:3399919/1‑91GATCCATTGATGAAGCGCGTATCTGAAAAAGTTGACCAAAGTAACGTTACAGAATAAAAATTAAATCCACACATTAGGGTTATAGCTCCTT < 1:261654/91‑1 ATCCATTGATGAAGCGCGTATCTGAAAAAGTTGACCAAAGTAACGTTACAGAATAAAAATTAAATCCACACATTAGGGTTATAGCTCCTTA > 1:3887263/1‑91 CCATTGATGAAGCGCGTATCTGAAAAAGTTGACCAAAGTAACGTTACAGAATAAAAATTAAATCCACACATTAGGGTTATAGCTCCTTAAT < 2:1484147/91‑1 CCATTGATGAAGCGCGTATCTGAAAAAGTTGACCAAAGTAACGTTACAGAATAAAAATTAAATCCACACATTAGGGTTATAGCTCCTTAAT > 1:2036520/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |