| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2792614 = | 284 (0.950) | 13 (0.050) | 6/132 | NT | 5.7% | intergenic (+65/+47) | yvyI/yueB | Putative mannose‑6‑phosphate isomerase YvyI/ESX secretion system protein YueB |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2792656 = | 193 (0.790) | intergenic (+107/+5) | yvyI/yueB | Putative mannose‑6‑phosphate isomerase YvyI/ESX secretion system protein YueB | |||||
Only 100 of 387 total aligned reads displayed.
GTGCTATAGTAAGTCATCCTGGATAATAGCAATGATAACAACCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCAACTTTTTCAGATACGCGCT > USA300TCH1516_ALE/2792524‑2792704 | tGCTATAGTAAGTCATCCTGGATAATAGCAATGATAACAACCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTCTCTCTTCTGTCTAAAAACATaaaa > 1:1941456/1‑91 (MQ=255) gCTATAGTAAGTCATCCTGGATAATAGCAATGATAACAACCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATaaaaa > 1:990360/1‑91 (MQ=255) ggtttaattttaaaacctgtaacagatccattgatgaagcgcgtatctgaaaaagttgaccaaagtaacgttacagaataaaaattAAATc < 2:5710433‑M1/5‑1 (MQ=255) gtttaattttaaaacctgtaacagatccattgatgaagcgcgtatctgaaaaagttgaccaaagtaacgttacagaataaaaattAATTcc < 2:5602787‑M1/6‑1 (MQ=255) ataGTAAGTCATCCTGGATAATAGCAATGATAACAACCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATcc > 1:183829/1‑91 (MQ=255) tttaattttaaaacctgtaacagatccattgatgaagcgcgtatctgaaaaagttgaccaaagtaacgttacagaataaaaattAAATCca > 2:3226916‑M1/85‑91 (MQ=255) tttaattttaaaacctgtaacagatccattgatgaagcgcgtatctgaaaaagttgaccaaagtaacgttacagaataaaaattAAATCca > 2:5336611‑M1/85‑91 (MQ=255) tttaattttaaaacctgtaacagatccattgatgaagcgcgtatctgaaaaagttgaccaaagtaacgttacagaataaaaattAAATCca > 1:2731143‑M1/85‑91 (MQ=255) taGTAAGTCATCCTGGATAATAGCAATGATAACAACCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCca < 2:1232176/91‑1 (MQ=255) ttaattttaaaacctgtaacagatccattgatgaagcgcgtatctgaaaaagttgaccaaagtaacgttacagaataataattAAATCcac < 2:3758482‑M1/8‑1 (MQ=255) ttaattttaaaacctgtaacagatccattgatgaagcgcgtatctgaaaaagttgaccaaagtaacgttacagaataaaaattAAATCcac > 1:4329931‑M1/84‑91 (MQ=255) ttaattttaaaacctgtaacagatccattgatgaagcgcgtatctgaaaaagttgaccaaagtaacgttacagaataaaaattAAATCcac > 1:1592572‑M1/84‑91 (MQ=255) tAAGTCATCCTGGATAATAGCAATGATAACAACCGTCCCATAAAAGACATAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCcacac < 2:3956158/91‑1 (MQ=255) tAAGTCATCCTGGATAATAGCAATGATAACAACCGTCCCATAAAAGACAGAAGTTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAGTCcacac < 1:5640525/91‑1 (MQ=255) 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ataataGCAATGATAACAACCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCtat > 2:5115251/1‑91 (MQ=255) ataataGCAATGATAACAACCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCtat < 1:167203/91‑1 (MQ=255) taataGCAATGATAACAACCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCtata < 1:4799886/91‑1 (MQ=255) ataGCAATGATAACAACCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAAc > 1:2356499/1‑91 (MQ=255) ataGCAATGATAACAACCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAAc < 1:3123395/91‑1 (MQ=255) cagatccatcgatgaagcgcgtatctgaaaaagttgaccaaagtaacgttacagaataaaaattAAATCCACACATTAAGGAGCTATAAcc > 1:133055‑M1/65‑91 (MQ=255) aGCAATGATAACAACCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAAccc < 1:4393945/91‑1 (MQ=255) aGCAATGATAACAACCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAAccc > 2:3423268/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |