New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2792614 = | 284 (0.950) | 13 (0.050) | 6/132 | NT | 5.7% | intergenic (+65/+47) | yvyI/yueB | Putative mannose‑6‑phosphate isomerase YvyI/ESX secretion system protein YueB |
? | USA300TCH1516_ALE | 2792656 = | 193 (0.790) | intergenic (+107/+5) | yvyI/yueB | Putative mannose‑6‑phosphate isomerase YvyI/ESX secretion system protein YueB |
Only 100 of 336 total aligned reads displayed.
CGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCAACTTTTTCAGATACGCGCTTCATCAATGGATCTGTTACAGGTTTTAAAATTAAACCTACAA > USA300TCH1516_ALE/2792566‑2792746 | cGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTa < 2:107461/91‑1 (MQ=255) gTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTaa < 1:2633854/91‑1 (MQ=255) tCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAAt > 1:5616322/1‑91 (MQ=255) tAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTa > 2:210460/1‑91 (MQ=255) tAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTa < 1:636987/91‑1 (MQ=255) aaaGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTAtt < 2:79204/91‑1 (MQ=255) 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aCTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGTTACt > 2:714392/1‑91 (MQ=255) tATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGTTACttt > 2:1211201/1‑91 (MQ=255) tcttctGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTc < 2:3664285/91‑1 (MQ=255) tcttctGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTc < 2:599706/91‑1 (MQ=255) tcttctGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTc < 1:4283253/91‑1 (MQ=255) cttctGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCa > 1:258523/1‑91 (MQ=255) cttctGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTCTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCa < 1:4477029/91‑1 (MQ=255) ttctGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCaa > 1:5346158/1‑91 (MQ=255) tctGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCAAc > 1:3388736/1‑91 (MQ=255) ctGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCAACt < 1:3746819/91‑1 (MQ=255) ctGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATATAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCAACt < 2:3490239/91‑1 (MQ=255) gTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCAACttt < 1:5171719/91‑1 (MQ=255) tCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCAACtttt > 1:961504/1‑91 (MQ=255) tCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCAACtttt > 2:462383/1‑91 (MQ=255) cTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCAACttttt < 1:3536878/91‑1 (MQ=255) aaaaaCATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCAACTTTTTCa < 1:2838153/91‑1 (MQ=255) aaaaaCATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCAACTTTTTCa < 1:2257785/91‑1 (MQ=255) aaaaCATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTGATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCAACTTTTTCAg < 1:4844653/91‑1 (MQ=255) aaCATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCAACTTTTTCAGAt < 2:576816/91‑1 (MQ=255) aaCATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCAACTTTTTCAGAt < 1:4642089/91‑1 (MQ=255) aaCATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCAACTTTTTCAGAt < 2:3127685/91‑1 (MQ=255) aCATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCAACTTTTTCAGATa > 2:3879776/1‑91 (MQ=255) cATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCAACTTTTTCAGATAc < 2:1784042/91‑1 (MQ=255) cATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCAACTTTTTCAGATAc < 2:23286/91‑1 (MQ=255) aTAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCAACTTTTTCAGATAcg > 1:1000843/1‑91 (MQ=255) aTAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCAACTTTTTCAGATAcg > 2:5003545/1‑91 (MQ=255) aTAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCAACTTTTTCAGATAcg > 1:3955627/1‑91 (MQ=255) aaaaaTCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTTTTTTGTATCGTTACTTTAGTCAACTTTTTCAGATAcgct > 2:2183214/1‑90 (MQ=255) aaaaTCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCAACTTTTTCAGATACgcgc < 1:1713567/91‑1 (MQ=255) aaaaTCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCAACTTTTTCAGATACgcgc > 1:1766335/1‑91 (MQ=255) AAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCAACTTTTTCAGATACGCGCt > 2:4373811‑M1/1‑91 (MQ=255) AAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCAACTTTTTCAGATACGCGCt < 1:5514860‑M1/91‑1 (MQ=255) AATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCAACTTTTTCAGATACGCGCtt < 2:2641264‑M1/91‑1 (MQ=255) TCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCAACTTTTTCAGATACGCGCTtca > 1:4682640‑M1/1‑91 (MQ=255) CCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCAACTTTTTTTTTTACGCTCTtcat < 2:1609394‑M1/91‑1 (MQ=255) cgCACATTAAGGAGCTATAACCCTAGTGTGTGGATTTAATTTGTTTTCTGTGACGTTACTTTGGTCAACTTTTTCAGATACGCGCTtcatc > 1:2002470‑M1/3‑91 (MQ=255) cacacattagggttatagctccttaatgtgtggatttAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCAACTTTTTCAGATACGCGCTtcatc > 1:5680929‑M2/38‑91 (MQ=255) cacacaTTAAGGAGCTATAACCCTAAGGTGTGGATTTAATTTGTATTCTGTAACGTTAAATTGGTCAGCTTTTTATGATACGCGCTtcatc > 2:5317677/1‑91 (MQ=255) CACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCAACTTTTTCAGATACGCGCTtcatc > 2:4746634‑M1/1‑91 (MQ=255) ACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCAACTTTTTCAGATACGCGCTtcatca > 1:4013515‑M1/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |