| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2797815 | 293 (0.980) | 15 (0.060) | 11/142 | NT | 5.5% | intergenic (+103/+164) | USA300HOU_RS14370/USA300HOU_RS14375 | N‑acetylmuramoyl‑L‑alanine amidase domain‑containing protein/N‑carbamoylsarcosine amidase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2797828 | 256 (0.970) | intergenic (+116/+151) | USA300HOU_RS14370/USA300HOU_RS14375 | N‑acetylmuramoyl‑L‑alanine amidase domain‑containing protein/N‑carbamoylsarcosine amidase | |||||
TATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2797717‑2797815‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑acccgaggcGTTCGAACTGAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTATACTTA < USA300TCH1516_ALE/2797828‑2797739 TATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAA < 2:1206216/91‑1TATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAA > 2:1792571/1‑91 ATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAAC > 1:697886/1‑91 ATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAAC > 2:115189/1‑91 ATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAAC > 1:474254/1‑91 TATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACC > 1:4342124/1‑91 TATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACC < 2:5094718/91‑1 TATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACC < 2:5781274/91‑1 TATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACC < 1:3716079/91‑1 TATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACC < 1:3794508/91‑1 TATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACC < 1:1194358/91‑1 TATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACC > 1:4263224/1‑91 TATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACC < 1:4125888/91‑1 TATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACC < 1:4125684/91‑1 ATTAAACCGGTAAGATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCC < 2:1125082/91‑1 ATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCC > 2:601882/1‑91 ATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCC < 2:5257961/91‑1 tggAACGCGTAAAATCTAGAAGTATATACAAGTAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTGAGAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCG < 1:4900958/88‑1 TTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCG < 1:9268/91‑1 AAACCCGTAAACTTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCTGAG > 2:2543233/1‑91 AAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCATTTAAACCCGAG > 2:5868511/1‑91 AAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAG > 1:24821/1‑91 AAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAG > 2:1451645/1‑91 AAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAG < 1:3626755/91‑1 AAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAG < 1:1734573/91‑1 AAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAG > 2:1784965/1‑91 AAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAG > 2:1928074/1‑91 AAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAG > 1:1120655/1‑91 AACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGG < 2:1469987/91‑1 AACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGG < 1:4612446/91‑1 AACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGG < 2:58712/91‑1 AACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGG < 1:3664619/91‑1 ACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGC > 1:662554/1‑91 ACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGC > 1:1658522/1‑91 ACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGC > 2:1830417/1‑91 ACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGC > 1:477464/1‑91 ACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGC < 2:3224607/91‑1 ACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGC > 1:4410230/1‑91 ACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGC < 2:1144293/91‑1 ACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGC > 2:4465947/1‑91 GTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCGTTC < 2:4258347/91‑1 TTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCGTTCGAACTG < 1:5017298/91‑1 TTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCGTTCGAACTGA < 1:4313855/91‑1 TATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCGTTCGAACTGAA < 2:3057911/91‑1 TATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTGCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCGTTCGAACTGAA < 2:2264434/91‑1 ATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCGTTCGAACTGAAT < 1:3239376/91‑1 GTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCGTTCGAACTGAATGCCT < 1:2666591/91‑1 GTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCGTTCGAACTGAATGCCT < 1:4103703/91‑1 TATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCGTTCGAACTGAATGCCTC < 1:3940814/91‑1 ACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCGTTCGAACTGAATGCCTCGGGTT > 2:419382/1‑91 ACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCGTTCGAACTGAATGCCTCGGGTT > 2:418947/1‑91 ACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCGTTCGAACTGAATGCCTCGGGTT < 1:418947/91‑1 ACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCGTTCGAACTGAATGCCTCGGGTT < 1:419382/91‑1 CAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCGTTCGAACTGAATGCCTCGGGTTT < 1:1309357/91‑1 AAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCGTTCGAACTGAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAAT > 1:2403835/1‑91 ATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGCATTCAGTTCGAACGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTA > 1:1051088/1‑91 ATTAAACTCGGGGCGTTCGAACTGAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATGAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCC < 1:4473426/91‑1 ACCCGAGGCGTTCGAACTGAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTT < 1:2450333/91‑1 ACCCGAGGCGTTCGAACTGAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTT < 1:2268639/91‑1 ACCCGAGGCGTTCGAACTGAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTT > 2:2905292/1‑91 ACCCGAGGCGTTCGAACTGAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTT > 1:1419182/1‑91 CCCGAGGCGTTCGAACTGAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGACATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTT > 2:4860390/1‑91 CCGAGGCGTTCGAACTGAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTA > 2:1994067/1‑91 CCGAGGCGTTCGAACTGAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTA < 2:5233090/91‑1 CCGAGGCGTTCGAACTGAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTA > 1:3566125/1‑91 CGAGGCGTTCGAACTGAATGCCTCGGGTTTGATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTAT > 1:4948088/1‑91 CGAGGCGTTCGAACTGAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTAT > 2:2231587/1‑91 CGAGGCGTTCGAACTGAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTAT > 1:3234104/1‑91 CGAGGCGTTCGAACTGAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTAT < 2:2811823/91‑1 CGAGGCGTTCGAACTGAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTAT > 2:3906073/1‑91 CGAGGCGTTCGAACTGAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTAT > 1:2834567/1‑91 CGAGGCGTTCGAACTGAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTAT > 1:2834134/1‑91 GAGGCGTTCGAACTGAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTATA < 1:5495590/91‑1 GAGGCGTTCGAACTGAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTATA > 2:3022553/1‑91 GAGGCGTTCGAACTGAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTATA < 1:217752/91‑1 gGGCGTTCGAACTGAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAGCAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTACTTGTTTATAC < 2:3992632/90‑1 AGGCGTTCGAACTGAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAACTATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTATAC > 2:2399153/1‑91 AGGCGTTCGAACTGAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTATAC > 1:5151928/1‑91 AGGCGTTCGAACTGAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTATAC > 2:2898766/1‑91 AGGCGTTCGAACTGAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTATAC > 1:4465947/1‑91 AGGCGTTCGAACTGAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTATAC > 1:2011501/1‑91 GGCGTTCGAACTGAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTATACT < 1:972115/91‑1 GGCGTTCGAACTGAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTATACT < 1:5854431/91‑1 GGCGTTCGAACTGAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTATACT > 1:1007998/1‑91 GGCGTTCGAACTGAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTATACT < 1:3633351/91‑1 GCGTTCGAACTGAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTATACTT < 1:5801958/91‑1 GCGTTCGAACTGAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTATACTT < 1:1021720/91‑1 CGTTCGAACTGAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTATACTTA > 2:4075537/1‑91 CGTTCGAACTGAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTATACTTA < 2:3917032/91‑1 CGTTCGAACTGAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTATACTTA < 2:5406972/91‑1 CGTTCGAACTGAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTATACTTA < 1:1895974/91‑1 TATATTAAACCCGTAAAATTTATAAGTATAAACAAGGAGTTCGGACTTAAACATATTTCTGTTCATAAGTCTGATTTCTTATTCAATTAAACCCGAGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2797717‑2797815‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑acccgaggcGTTCGAACTGAATGCCTCGGGTTTAATTGAATAAGAAATCAGACTTATGAACAGAAATATGTTTAAGTCCGAACTCCTTGTTTATACTTA < USA300TCH1516_ALE/2797828‑2797739 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |