| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2847730 = | 219 (0.730) | 12 (0.050) | 10/132 | NT | 5.7% | intergenic (+39/+110) | yceI/USA300HOU_RS14590 | Protein YceI/Lactonase drp35 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2847769 = | 219 (0.890) | intergenic (+78/+71) | yceI/USA300HOU_RS14590 | Protein YceI/Lactonase drp35 | |||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
CCTGAATGAAAGGCGTCTAAAATTAGGGTGAACAGTTAGTGCTTGTTACACATGAGTTAAACGAAAAATGCCAACTATACCTAGGGATGATATAGTTGGCATTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2847833‑2847730‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tatagttggcatttTTCGTTTAACTCATGTGTAACAAGCACTAACTGTTCACCCTAATTTTAGACGCCTTTCATTCAGGTAGGTCTTATTGAAACTGAAAAC > USA300TCH1516_ALE/2847769‑2847856 CCTGAATGAAAGGCGTCTAAAATTAGGGTGAACAGTTAGTGCTTGTTACACATGAGTTAAACGAAAAATGCCAACTATACCTAGGGATGAT < 1:1451530/91‑1CCTGAATGAAAGGCGTCTAAAATTAGGGTGAACAGTTAGTGCTTGTTACACATGAGTTAAACGAAAAATGCCAACTATACCTAGGGATGAT > 2:832553/1‑91CCTGAATGAAAGGCGTCTAAAATTAGGGTGAACAGTTAGTGCTTGTTACACATGAGTTAAACGAAAAATGCCAACTATACCTAGGGATGAT > 2:3755072/1‑91CCTGAATGAAAGGCGTCTAAAATTAGGGTGAACAGTTAGTGCTTGTTACACATGAGTTAAACGAAAAATGCCAACTATACCTAGGGATGAT > 2:1451530/1‑91 CTGAATGAAAGGCGTCTAAAATTAGGGTGAACAGTTAGTGCTTGTTACACATGAGTTAAACGAAAAATGCCAACTATACCTAGGGATGATA > 2:4084612/1‑91 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AAGGCGTCTAAAATTAGGGTGAACAGTTAGTGCTTGTTACACATGAGTTAAACGAAAAATGCCAACTATACCTAGGGATGATATAGTTGGa > 2:2372841/1‑90 AAGGCGTCTAAAATTAGGGTGAACAGTTAGTGCTTGTTACACATGAGTTAAACGAAAAATGCCAACTATACCTAGGGATGATATAGTTGGC > 1:2487417/1‑91 AAGGCGTCTAAAATTAGGGTGAACAGTTAGTGCTTGTTACACATGAGTTAAACGAAAAATGCCAACTATACCTAGGGATGATATAGTTGGC < 2:702628/91‑1 AGGCGTCTAAAATTAGGGTGAACAGTTAGTGCTTGTTACACATGAGTTAAACGAAAAATGCCAACTATACCTAGGGATGATATAGTTGGCA < 2:3219735/91‑1 AGGCGTCTAAAATTAGGGTGAACAGTTAGTGCTTGTTACACATGAGTTAAACGAAAAATGCCAACTATACCTAGGGATGATATAGTTGGCA > 2:5118466/1‑91 AGGCGTCTAAAATTAGGGTGAACAGTTAGTGCTTGTTACACATGAGTTAAACGAAAAATGCCAACTATACCTAGGGATGATATAGTTGGCA > 2:599907/1‑91 AGGCGTCTAAAATTAGGGTGAACAGTTAGTGCTTGTTACACATGAGTTAAACGAAAAATGCCAACTATACCTAGGGATGATATAGTTGGCA > 2:2597738/1‑91 AGGCGTCTAAAATTAGGGTGAACAGTTAGTGCTTGTTACACATGAGTTAAACGAAAAATGCCAACTATACCTAGGGATGATATAGTTGGCA > 2:600249/1‑91 AGGCGTCTAAAATTAGGGTGAACAGTTAGTGCTTGTTACACATGAGTTAAACGAAAAATGCCAACTATACCTAGGGATGATATAGTTGGCA > 2:1469651/1‑91 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|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |