| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | CP000731 | 11093 = | 922 (0.890) | 49 (0.050) | 19/146 | NT | 5.6% | intergenic (+98/‑166) | blaI/USA300HOU_pUSA300HOUMR0014 | beta‑lactamase regulator BlaI/recombinase |
| ? | CP000731 | 11129 = | 809 (0.860) | intergenic (+134/‑130) | blaI/USA300HOU_pUSA300HOUMR0014 | beta‑lactamase regulator BlaI/recombinase | |||||
Only 100 of 285 total aligned reads displayed.
TTTTTGTTGGGTTTTTGAACACATAATTCTATGTAATACTTACTTATTTAGACAAAAAACAAGAGTGTACAGAAAATGGTTATTTTCTGGACACTCT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP000731/11189‑11093‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑acactctTGTTTTTTGTCTAAATAAGTAAGTATTACATAGAATTATGTGTTCAAAAACCCAACAAAAAATCTATGTTCACAAAAGACCTCGTAATCA > CP000731/11129‑11218 TTTTTGTTGTGTTTTTGAACACATAATTCTATGTAATACTTACTTTTTTAGACAAAAAACAAGAGTGTACAGAAAATGGTTATTTTCTGGA > 2:2083850/1‑91TTTTTGTTGGGTTTTTGAACACATAATTCTATGTAATACTTACTTATTTAGACAAAAAACAAGAGTGTACAGAAAATGGTTATTTTCTGGA > 1:4765599/1‑91TTTTTGTTGGGTTTTTGAACACATAATTCTATGTAATACTTACTTATTTAGACAAAAAACAAGAGTGTACAGAAAATGGTTATTTTCTGGA < 1:1827157/91‑1TTTTTGTTGGGTTTTTGAACACATAATTCTATGTAATACTTACTTATTTAGACAAAAAACAAGAGTGTACAGAAAATGGTTATTTTCTGGA > 1:300397/1‑91TTTTTGTTGGGTTTTTGAACACATAATTCTATGTAATACTTACTTATTTAGACAAAAAACAAGAGTGTACAGAAAATGGTTATTTTCTGGA > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |