| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | 11093 = | 922 (0.890) | 49 (0.050) | 19/146 | NT | 5.6% | intergenic (+98/‑166) | blaI/USA300HOU_pUSA300HOUMR0014 | beta‑lactamase regulator BlaI/recombinase |
| ? | CP000731 | 11129 = | 809 (0.860) | intergenic (+134/‑130) | blaI/USA300HOU_pUSA300HOUMR0014 | beta‑lactamase regulator BlaI/recombinase | |||||
Only 100 of 1452 total aligned reads displayed.
TATGTTTCAAACATAATACATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACACTCTTGTTTTTTGTCTAAATAAGTAAGTATTACATAGAATTATGTGTTCAAAAACCCAA > CP000731/11003‑11183 | tATGTTTCAAACATAATACATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGA < 1:797989‑M1/91‑1 (MQ=255) gattacgaggtcttttgtgaacatagattttttgttgggtttttgaacacataattctatgtaatacttacttatttagacaaaaaacaag < 2:1941573‑M1/2‑1 (MQ=255) attacgaggtcttttgtgaacatagattttttgttgggtttttgaacacataattctatgtaatacttacttatttagacaaaaaacaaga < 1:5710632‑M1/3‑1 (MQ=255) gTTTCAAACATAATACATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAG > 2:3688724‑M1/1‑91 (MQ=255) tttCAAACATAATACATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGT > 2:4430221‑M1/1‑91 (MQ=255) tacgaggtcttttgtgaacatagattttttgttgggtttttgaacacataattctatgtaatacttacttatttagacaaaaaacaAGAgt < 1:9345‑M1/5‑1 (MQ=255) ttCAAACATAATACATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTG > 1:3045971‑M1/1‑91 (MQ=255) atCAAAAATAAAACAGTAGTAAAACAAACATGAATCTAATTAAATTAATTATATTAATGACATTTAAAATATAGTATTAAAAATGAGAgta < 2:298188/90‑2 (MQ=255) acgaggtcttttgtgaacatagattttttgttgggtttttgaacacataattctatgtaatacttacttatttagacaaaaaacaAGAgtg > 2:2921401‑M1/86‑91 (MQ=255) acgaggtcttttgtgaacatagattttctgttgagcttttgaccacataattctatgtaatacttacttatttagacaaaaaacaAGAgtg < 2:2063547‑M1/6‑1 (MQ=255) tCAAACATAATACATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGT < 1:1323099‑M1/91‑1 (MQ=255) tCAAACATAATACATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGT < 1:1212774‑M1/91‑1 (MQ=255) tCAAACATAATACATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGT < 1:3475707‑M1/91‑1 (MQ=255) cgaggtcttttgtgaacatagattttttgttgggtttttgaacacataattctatgtaatacttacttatttagacaaaaaacaAGAgtgt > 2:2296321‑M1/85‑91 (MQ=255) cgaggtcgtttgtgaacatagattttttgttgggtttttgaacacataattctatgtaatacttacttatttagacaaaaaacaAGAgtgt > 2:5592309‑M1/85‑91 (MQ=255) aaaCATAATACATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTcc < 1:3712042/91‑1 (MQ=255) aaaCATAATACATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTcc < 1:3584581/91‑1 (MQ=255) aaCATAATACATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCa > 1:5063316/1‑91 (MQ=255) aaCATAATACATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATATAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCa < 2:1486029/91‑1 (MQ=255) taataCATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGaaa > 2:5456869/1‑91 (MQ=255) taataCATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGaaa > 1:547056/1‑91 (MQ=255) ataCATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAAt > 1:242602/1‑91 (MQ=255) aCATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATaa < 1:291104/91‑1 (MQ=255) aCATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATaa > 2:4919261/1‑91 (MQ=255) aCATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGCGTCCAGAAAATaa > 1:3255417/1‑91 (MQ=255) tgaacatagattttttgttgggtttttgaacacataattctatgtaatacttacttatttagacaaaaaacaAGAGTGTCCAGAAAATAAc > 1:4606750‑M1/73‑91 (MQ=255) gaacatagatttgttgttgggtttttgaacacataattctatgtaatacttacttatttagacaaaaaacaAGAGTGTCCAGAAAATAAcc > 2:3873459‑M1/72‑91 (MQ=255) atatGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAAcc < 2:6233/91‑1 (MQ=255) tatGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTacagaaaatggtta < 2:5167643‑M1/91‑15 (MQ=255) tatGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCa < 1:1003452/91‑1 (MQ=255) aacatagattttttgttgtgtttttgaacacataattctatgtaatacttacttatttagacaaaaaacaAGAGTGTACAGAAAATAACCa > 1:5535053‑M1/71‑91 (MQ=255) aacatagattttttgttgggtttttgaacacataattctatgtaatacttacttatttagacaaaaaacaAGAGTGTCCAGAAAATAACCa > 2:4372368‑M1/71‑91 (MQ=255) aacatagattttttgttgggtttttgaacacataattctatgtaatacttacttatttagacaaaaaacaAGAGTGTCCAGAAAATAACCa > 1:1401461‑M1/71‑91 (MQ=255) tGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCAtt > 1:3359537/1‑91 (MQ=255) catagattttttgttgggtttttgaacacataattctatgtaatacttacttatttagacaaaaaacaAGAGTGTCCAGAAAATAACCAtt > 1:64788‑M1/69‑91 (MQ=255) catagattttttgttgggtttttgaacacataattctatgtaatacttacttatttagacaaaaaacaAGAGTGTCCAGAAAATAACCAtt > 1:1124697‑M1/69‑91 (MQ=255) aaaCCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTc > 1:411375/1‑91 (MQ=255) ccATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGt > 2:2726482/1‑91 (MQ=255) ttgttgggtttttgaacacataattctatgtaatacttacttatttagacaaaaaacaAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTacac > 2:2836591‑M1/59‑91 (MQ=255) aCTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTacac > 2:3788511‑M2/1‑87 (MQ=255) aCTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTacac < 1:4212581‑M2/91‑5 (MQ=255) aCTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTacac < 1:5172801‑M2/91‑5 (MQ=255) cTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTacact > 1:3802122‑M2/1‑86 (MQ=255) ttGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTacactc > 2:4175901‑M2/1‑85 (MQ=255) ttGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTacactc > 2:252703‑M2/1‑85 (MQ=255) ttGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTacactc > 2:1071506‑M2/1‑85 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |