| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1435396 | 272 (0.910) | 14 (0.050) | 9/140 | NT | 5.5% | intergenic (+33/‑110) | dapH/yxeP_3 | 2,3,4,5‑tetrahydropyridine‑2,6‑dicarboxylate N‑acetyltransferase/putative hydrolase YxeP |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1435406 | 242 (0.930) | intergenic (+43/‑100) | dapH/yxeP_3 | 2,3,4,5‑tetrahydropyridine‑2,6‑dicarboxylate N‑acetyltransferase/putative hydrolase YxeP | |||||
Only 100 of 389 total aligned reads displayed.
TGAAGTACAAGATACTAAAAAAGAGATTGTAGCAGCATTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATACGATTATGTCTCAACCTTATTGTTTAGCATTGAATAAACTTATGATCACAAATTTCGAAATACGTTACACTATTTATATAGTAATTTA > USA300TCH1516_ALE/1435306‑1435486 | tGAAGTACAAGATACTAAAAAAGAGATTGTAGCAGCATTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGA < 1:1560568‑M1/91‑1 (MQ=255) aGTACAAGATACTAAAAAAGAGATTGTAGCAGCATTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATAc > 1:881658/1‑91 (MQ=255) aGTACAAGATACTAAAAAAGAGATTGTAGCAGCATTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATAc > 1:1168789/1‑91 (MQ=255) aGTACAAGATACTAAAAAAGAGATTGTAGCAGCATTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATAc < 2:2373177/91‑1 (MQ=255) aGTACAAGATACTAAAAAAGAGATTGTAGCAGCATTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATAc < 2:4724993/91‑1 (MQ=255) acgaGATACAAAAAAAGAGATTGTAGCAGCATTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATACAAt < 2:4063588/88‑1 (MQ=255) 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tAGCAGCATTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATACGATTATGTCTCAACCTTATTGTTTAg < 1:5476990/91‑1 (MQ=255) gcagcaTTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATACGATTATGTCTCAACCTTATTGTTTAGCa < 2:3467233/91‑1 (MQ=255) gcagcaTTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATACGATTATGTCTCAACCTTATTGTTTAGCa > 2:4568401/1‑91 (MQ=255) cagcaTTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATACGATTATGTCTCAACCTTATTGTTTAGCAt < 2:2601257/91‑1 (MQ=255) cagcaTTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATACGATTATGTCTCAACCTTATTGTTTAGCAt > 1:4328799/1‑91 (MQ=255) cagcaTTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATACGATTATGTCTCAACCTTATTGTTTAGCAt < 2:1199523/91‑1 (MQ=255) tAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATACGATTATGTCTCAACCTTATTGTTTAGCATTGAATa > 2:5146025/1‑91 (MQ=255) tAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATACGATTATGTCTCAACCTTATTGTTTAGCATTGAATa > 2:4012770/1‑91 (MQ=255) 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tGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATACGATTATGTCTCAACCTTATTGTTTAGCATTGAATAAACTTATGATcac > 1:3868316/1‑91 (MQ=255) tGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATACGATTATGTCTCAACCTTATTGTTTAGCATTGAATAAACTTATGATcac < 1:2741901/91‑1 (MQ=255) tGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATACGATTATGTCTCAACCTTATTGTTTAGCATTGAATAAACTTATGATcac < 1:4705158/91‑1 (MQ=255) tGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATACGATTATGTCTCAACCTTATTGTTTAGCATTGAATAAACTTATGATcac < 2:5498644/91‑1 (MQ=255) gACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATACGATTATGTCTCAACCTTATTGTTTAGCATTGAATAAACTTATGATcaca < 2:1882139/91‑1 (MQ=255) aCTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATACGATTATGTCTCAACCTTATTGTTTAGCATTGAATAAACTTATGATcacat > 2:4194344/1‑90 (MQ=255) aCTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATACGATTATGTCTCAACCTTATTGTTTAGCATTGAATAAACTTATGATCACaa < 1:1646071/91‑1 (MQ=255) aCTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATACGATTATGTCTCAACCTTATTGTTTAGCATTGAATAAACTTATGATCACaa < 1:1395081/91‑1 (MQ=255) 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aataatTTCAAGGTTGAGATACGATTATGTCTCAACCTTATTGTTTAGCATTGAATAAACTTATGATCACAAATTTCGAAATACGTTacac < 1:5106930/91‑1 (MQ=255) taatTTCAAGGTTGAGATACGATTATGTCTCAACCTTATTGTTTAGCATTGAATAAACTTATGATCACAAATTTCGAAATACGTTACACTa > 2:3275722/1‑91 (MQ=255) tCAAGGTTGAGATACGATTATGTCTCAACCTTATTGTTTAGCATTGAATAAACTTATGATCACAAATTTCGAAATACGTTACACTATTtat < 2:2516285/91‑1 (MQ=255) cAAGGTTGAGATACGATTATGTCTCAACCTTATTGTTTAGCATTGAATAAACTTATGATCACAAATTTCGAAATACGTTACACTATTtata > 1:2850545/1‑91 (MQ=255) cAAGGTTGAGATACGATTATGTCTCAACCTTATTGTTTAGCATTGAATAAACTTATGATCACAAATTTCGAAATACGTTACACTATTtata > 1:3635029/1‑91 (MQ=255) cAAGGTTGAGATACGATTATGTCTCAACCTTATTGTTTAGCATTGAATAAACTTATGATCACAAATTTCGAAATACGTTACACTATTtata < 1:4434384/91‑1 (MQ=255) aGGTTGAGAcataatcgtatctcaaccttgaaattattatacgttgacgtcactagtcattcagttttcttaatgctgctacaatctcttt < 2:534197‑M1/91‑83 (MQ=255) aGGTTGAGAcataatcgtatctcaaccttgaaattattatacgttgacgtcactagtcattcagttttcttaatgctgctacaatctcttt < 2:2929633‑M1/91‑83 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |