| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2057377 = | 215 (0.720) | 14 (0.050) | 8/138 | NT | 7.1% | intergenic (+134/+158) | USA300HOU_RS10370/USA300HOU_RS10375 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2057415 = | 180 (0.700) | intergenic (+172/+120) | USA300HOU_RS10370/USA300HOU_RS10375 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 381 total aligned reads displayed.
GTCTCTAGGAAGAAAAAATTTCATGCGATGAGATTGTTTTAGAAAAAGCGACGATATATATAATCTAACAATAATTTTTAAAATATTAAGAACCCCCAGCATATGCTTTATATAGCTTGCTGGGGGTTTCTCATACAATATGGATCGAGCATCTTGCATGTATAAACAAATAGGCTATTCA > USA300TCH1516_ALE/2057287‑2057467 | tctcTAGGAAGAAAAAATTTCATGCGATGAGATTGTTTTAGAAAAAGCGACGATATATATAATCTAACAATAATTTTTAAAATATTAAGAA < 2:3687621‑M1/91‑1 (MQ=255) gaggaaaggctattcaaagtttgagtaattttactttgaatagcctatttgtttatacatgcaagatgctcgatccatattgtatgagaaa < 2:1701682‑M1/2‑1 (MQ=255) ctctAGGAAGAAAAAATTTCATGCGATGAGATTGTTTTAGAAAAAGCGACGATATATATAATCTAACAATAATTTTTAAAATATTAAGAAC < 1:4178927‑M1/91‑1 (MQ=255) ctctAGGAAGAAAAAATTTCATGCGATGAGATTGTTTTAGAAAAAGCGACGATATATATAATCTAACAATAATTTTTAAAATATTAAGAAC < 2:43423‑M1/91‑1 (MQ=255) ctctAGGAAGAAAAAATTTCATGCGAGTAGATTGTTTTAGAAAAAGCGACGATATATATAATCTAACAATAATTTTTAAAATATTAAGAAC < 1:1394244‑M1/91‑1 (MQ=255) aggaaaggctattcaaagtttgagtaattttactttgaatagcctatttgtttatacatgcaagatgctcgatccatattgtatgagaAAc < 2:2381260‑M1/3‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |