New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2693379 | 249 (0.830) | 14 (0.060) | 9/136 | NT | 6.2% | intergenic (+50/+306) | mtrR/rocA | HTH‑type transcriptional regulator MtrR/1‑pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2693404 | 212 (0.840) | intergenic (+75/+281) | mtrR/rocA | HTH‑type transcriptional regulator MtrR/1‑pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase |
Only 100 of 488 total aligned reads displayed.
ATAACATTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGT‑GTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATACACAACACATAAACT > USA300TCH1516_ALE/2693289‑2693469 | aaCATTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAgt‑gt < 2:2913240/91‑1 (MQ=255) aaCATTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAgt‑gt < 2:4590012/91‑1 (MQ=255) aCATTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGT‑GTa < 1:5488742/91‑1 (MQ=255) aCATTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGT‑GTa < 1:1348619/91‑1 (MQ=255) aCATTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGACGAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGT‑GTa < 2:5676873/91‑1 (MQ=255) aTTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGT‑GTaca > 1:1032932/1‑91 (MQ=255) aTTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGT‑GTaca > 2:3141519/1‑91 (MQ=255) ttttCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGT‑GTacac < 2:4945811/91‑1 (MQ=255) ttCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGT‑GTACACGt > 2:2386243/1‑91 (MQ=255) tgccATAGAGTAATCAATATTAACAGTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCCTTACCAACATTCATAAT‑AAAACCGATAGT‑GTACACGt < 2:4385398/89‑1 (MQ=255) cATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGT‑GTACACGTTaa > 2:2433267/1‑91 (MQ=255) cATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGT‑GTACACGTTaa < 1:3127956/91‑1 (MQ=255) aTAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGT‑GTACACGTTAAt < 2:2685819/91‑1 (MQ=255) gATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGT‑GTACACGTTAATGaa < 1:531438/91‑1 (MQ=255) 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cAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGT‑GTACACGTTAATGAATTCgtgt < 2:5812370/91‑1 (MQ=255) aaTATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGT‑GTACACGTTAATGAATTCGTGta < 2:1947571/91‑1 (MQ=255) atatTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGT‑GTACACGTTAATGAATTCGTGtac > 2:818925/1‑91 (MQ=255) tatTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGT‑GTACACGTTAATGAATTCGTGtact > 2:3626629/1‑91 (MQ=255) atTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTagtacacgaattcattaacgtgtaca < 1:4614394‑M1/91‑27 (MQ=255) ttAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGT‑GTACACGTTAATGAATTCGTGTACTac > 2:4325617‑M2/1‑89 (MQ=255) aGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAAACGATAGTagtacacgaattcattaacgtgtacacta < 1:5644994‑M1/91‑30 (MQ=255) aGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGT‑GTACACGTTAATGAATTCGTGTACTactat < 1:1542229‑M2/91‑6 (MQ=255) aGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGT‑GTACACGTTAATGAATTCGTGTACTactat < 1:953995‑M2/91‑6 (MQ=255) gATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGT‑GTACACGTTAATGAATTCGTGTACTactatc > 1:5702798‑M2/1‑85 (MQ=255) aTTAAATATTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTgtacacgaattcattaacgtgtacactatcgt < 2:1165712‑M1/91‑33 (MQ=255) aTTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGT‑GTACACGTTAATGAATTCGTGTACTactatcg < 2:1820823‑M2/91‑8 (MQ=255) ttAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGT‑GTACACGTTAATGAATTCGTGTACTactatcgt > 1:3554729‑M2/1‑83 (MQ=255) tAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGT‑GTACACGTTAATGAATTCGTGTACTactatcgtt < 2:1244449‑M2/91‑10 (MQ=255) tAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGT‑GTACACGTTAATGAATTCGTGCACTactatcgtt < 2:3754171‑M2/91‑10 (MQ=255) aaaTAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGT‑GTACACGTTAATGAATTCGTGTACTactatcgttt < 1:624814‑M2/91‑11 (MQ=255) actagtagATGAGAAACTCATGAGCTTTACCAACGTTCATAAT‑AAACACGATAGT‑CTACACGTTAATGAAGTCGTGTACTACTATCGtctt > 2:4898211/3‑91 (MQ=255) aaTAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGT‑GTACACGTTAATGAATTCGTGTACTactatcgtttt < 2:5728022‑M2/91‑12 (MQ=255) aaTAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGT‑GTACACGTTAATGAATTCGTGTACTactatcgtttt < 2:1131903‑M2/91‑12 (MQ=255) tagtagATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTgtacacgaattcattaacgtgtacactatcgtttttat < 1:4777250‑M1/91‑39 (MQ=255) tagtagATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGT‑GTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGtttttt > 1:3734241/1‑91 (MQ=255) agtagATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGT‑GTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTttttta > 1:1832446/1‑91 (MQ=255) gtagATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGT‑GTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTtttttat < 1:4688644/91‑1 (MQ=255) tagATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGT‑GTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTtttttatt < 1:2322484/91‑1 (MQ=255) gtatcagttgttttaatagcgataagcacgataaaaataAAAAACGATAGT‑GTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTtttttat > 1:4340803‑M1/40‑91 (MQ=255) atcagttgttttaatagcgataagcacgataaaaataAAAAACGATAGT‑GTACACGCTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTtttttattt > 1:5397370‑M1/38‑91 (MQ=255) aTGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGT‑GTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTtttttattttt > 2:202970/1‑91 (MQ=255) tGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGT‑GTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTtttttattttta > 2:2632858/1‑91 (MQ=255) tGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGT‑GTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTtttttattttta > 1:1127244/1‑91 (MQ=255) aCTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGT‑GTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGc < 1:3458462/91‑1 (MQ=255) cTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGT‑GTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCt > 1:1973632/1‑91 (MQ=255) cTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGT‑GTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCt > 2:2754656/1‑91 (MQ=255) 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tagtagtacacgaattcattaacgtgtacactatcgtttttattatgaatgttggtaacgctcatgagtttctcatctactatttaatctt < 1:3303850‑M1/91‑88 (MQ=255) tAGT‑GTACACGTTAATGAATTCGTGTACTactatcgtttttattatgaatgttggtaacgctcatgagtttctcatctactatttaatctt < 2:2105319‑M2/91‑63 (MQ=255) AGT‑GTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATACACAACACATaaa < 1:4106684‑M1/91‑1 (MQ=255) tagtacacgaattcattaacgtgtacactatcgtttttattatgaatgttggtaacgctcatgagtttctcatctactatttaatcttaat > 1:2392771‑M1/1‑1 (MQ=255) tagtacacgaattcattaacgtgtacactatcgtttttattatgaatgttggtaacgctcatgagtttctcatctactatttaatcttaat > 1:3215674‑M1/1‑1 (MQ=255) T‑GTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTTCTTATCGCTATTAAAACAACTGATACACAACACATAAACt < 2:4540163‑M1/91‑1 (MQ=255) | ATAACATTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGT‑GTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATACACAACACATAAACT > USA300TCH1516_ALE/2693289‑2693469 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |