| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2693379 | 249 (0.830) | 14 (0.060) | 9/136 | NT | 6.2% | intergenic (+50/+306) | mtrR/rocA | HTH‑type transcriptional regulator MtrR/1‑pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2693404 | 212 (0.840) | intergenic (+75/+281) | mtrR/rocA | HTH‑type transcriptional regulator MtrR/1‑pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase | |||||
Only 100 of 391 total aligned reads displayed.
TATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATACACAACACATAAACTATGAAGAAAAAAATAAATCCGCTAT > USA300TCH1516_ALE/2693314‑2693494 | tatTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGtact > 2:3626629/1‑91 (MQ=255) aTTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTa > 1:2392771‑M2/1‑90 (MQ=255) gtttatgtgttgtgtatcagttgttttaatagcgataagcacgataaaaataAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGtactac > 2:3041807‑M1/53‑91 (MQ=255) aGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTactat > 1:2049878‑M2/1‑86 (MQ=255) gATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTactatc > 1:3235970‑M2/1‑85 (MQ=255) aTTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTactatcg < 2:703165‑M2/91‑8 (MQ=255) aTTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTactatcg > 2:5168684‑M2/1‑84 (MQ=255) aaaTAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTactatcgttt < 1:624814‑M2/91‑11 (MQ=255) aaaTAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTactatcgttt > 1:1926838‑M2/1‑81 (MQ=255) aaaTAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTactatcgttt > 2:1819691‑M2/1‑81 (MQ=255) aaaTAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTactatcgttt > 1:5215099‑M2/1‑81 (MQ=255) aTAGTAGATGAGACACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTactatcgttttt > 1:5682855‑M2/1‑79 (MQ=255) aTAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTactattgttttt < 2:2421715‑M2/91‑13 (MQ=255) aTAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTactatcgttttt > 1:2458702‑M2/1‑79 (MQ=255) 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gATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTtttttatttt > 2:855962/1‑91 (MQ=255) tGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTtttttattttta > 2:2632858/1‑91 (MQ=255) gaAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCg < 2:2821109/91‑1 (MQ=255) gaAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCg < 1:5599312/91‑1 (MQ=255) gaAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCg < 1:1560931/91‑1 (MQ=255) aaaCTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGt > 2:4733978/1‑91 (MQ=255) cTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCt > 2:1580444/1‑91 (MQ=255) tCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCtt < 1:1381078/91‑1 (MQ=255) tCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATGCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCtt < 1:3469861/91‑1 (MQ=255) cATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTa > 1:2873698/1‑91 (MQ=255) cATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTa < 1:861221/91‑1 (MQ=255) cATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTa > 1:4367035/1‑91 (MQ=255) aTGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTAt > 2:494650/1‑91 (MQ=255) tGAGCGTTACCAGCATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATc < 2:3761598/91‑1 (MQ=255) tGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATc < 1:1233388/91‑1 (MQ=255) gAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATcc > 2:5723374/1‑90 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |