New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 42564 = | 359 (1.200) | 17 (0.080) +TACATTATAAAATACATATC |
10/120 | NT | 6.8% | coding (1402/1524 nt) | USA300TCH1516_00035 | hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2479065 | 269 (0.900) | intergenic (+21/+119) | USA300HOU_RS12765/hrtA_2 | hypothetical protein/Putative hemin import ATP‑binding protein HrtA |
Only 100 of 325 total aligned reads displayed.
CAAGCTATATGAATGCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAACTTAATGTCCCAGCCTGTTTTTTGTAAACCCAAATCGTATTCTGTTATCTAACTTTTATACTACTATGTCTTAAAT > USA300TCH1516_ALE/2478975‑2479155 | cAAGCTATATGAATGCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCtttttt > 1:111970/1‑91 (MQ=255) cAAGCTATATGAATGCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCtttttt > 1:376172/1‑91 (MQ=255) aaaGCTATATGCATGCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCtttttt < 2:5840983/90‑1 (MQ=255) aGCTATATGAATGCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTAc > 1:1160034/1‑91 (MQ=255) aGCTATATGAATGCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTAc > 2:3823544/1‑91 (MQ=255) aGCTATATGAATGCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTAc > 2:3329287/1‑91 (MQ=255) 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ttATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAACTTAATGTCCCAGcc < 2:376172/91‑1 (MQ=33) tataAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTCACATTGCCTAAGAACTTAATGTCCCAGCCt > 1:4521342/1‑91 (MQ=18) ataAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAACTTAATGTCCCAGCCTg > 1:414963/1‑91 (MQ=35) ataAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAACTTAATGTCCCAGCCTg < 1:5783043/91‑1 (MQ=35) aaaaTACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAACTTAATGTCCCAGCCTGtt > 2:5595690/1‑91 (MQ=38) aaaTACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAACTTAATGTCCCAGCCTGttt > 2:4694489/1‑91 (MQ=39) aaaTACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAACTTAATGTCCCAGCCTGttt > 1:2386512/1‑91 (MQ=39) tACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAACTTAATGTCCCAGCCTGtttttt > 1:1481942/1‑91 (MQ=255) 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atCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTgatatgtattttataatgtacagctcgttgagctgctatttt < 2:3663933‑M2/91‑43 (MQ=255) tCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAACTTAATGTCCCAGCCTGTTTTTTGTAAAc > 1:1521522/1‑91 (MQ=255) cAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAACTTAATGTCCCAGCCTGTTTTTTGTAAAcc < 2:2699325/91‑1 (MQ=255) cAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAACTTAATGTCCCAGCCTGTTTTTTGTAAAcc < 1:739752/91‑1 (MQ=255) aaaaGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAACTTAATGTCCCAGCCTGTTTTTTGTAAACCCaa < 2:5380675/91‑1 (MQ=255) aaaGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAACTTAATGTCCCAGCCTGTTTTTTGTAAACCCaaa < 1:3478792/91‑1 (MQ=255) aaGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAACTTAATGTCCCAGCCTGTTTTTTGTAAACCCAAAt < 2:2568710/91‑1 (MQ=255) aGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTgatatgtattttataatgtacagctcgttgagctgctattttccttatat < 1:1560494‑M2/91‑51 (MQ=255) aGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAACTTAATGTCCCAGCCTGTTTTTTGTTAACCCAAATc > 2:5741141/1‑91 (MQ=255) aGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAACTTAATGTCCCAGCCTGTTTTTTGTAAACCCAAATc > 1:2666654/1‑91 (MQ=255) aGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAACTTAATGTCCCAGCCTGTTTTTTGTAAACCCAAATc < 2:1739792/91‑1 (MQ=255) gCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAACTTAATGTCCCAGCCTGTTTTTTGTAAACCCAAATCg < 2:3235827/91‑1 (MQ=255) gCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAACTTAATGTCCCAGCCTGTTTTTTGTAAACCCAAATCg < 1:3303282/91‑1 (MQ=255) gCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAACTTAATGTCCCAGCCTGTTTTTTGTAAACCCAAATCg < 1:5530102/91‑1 (MQ=255) gCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAACTTAATGTCCCAGCCTGTTTTTTGTAAACCCAAATCg < 2:1481942/91‑1 (MQ=255) gCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAACTTAATGTCCCAGCCTGTTTTTTGTAAACCCAAATCg < 1:4732001/91‑1 (MQ=255) cTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTATTTTgatatgtattttataatgtacagctcgttgagctgctattttccttatatta < 2:3486230‑M2/91‑53 (MQ=255) gATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTgatatgtattttataatgtacagctcgttgagctgctattttccttatattaat < 2:3066913‑M2/91‑55 (MQ=255) gATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAACTTAATGTCCCAGCCTGTTTTTTGTAAACCCAAATCGTAt > 2:4516208/1‑91 (MQ=255) aTTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAACTTAATGTCCCAGCCTGTTTTTTGTAAACCCAAATCGTAtt > 2:4966956/1‑91 (MQ=255) aTTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAACTTAATGTCCCAGCCTGTTTTTTGTAAACCCAAATCGTAtt < 1:1351792/91‑1 (MQ=255) aTTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAACTTAATGTCCCAGCCTGTTTTTTGTAAACCCAAATCGTAtt > 1:5244653/1‑91 (MQ=255) aTTTCTATCAAATAAATAATAGAAATCAGCTTTTTTgatatgtattttataatgtacagctcgttgagctgctattttccttatattaagt < 2:1616201‑M2/91‑56 (MQ=255) ttCTATTAAATAATTAATCGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAACTTAATGTCCCAGCCTGTTTTTTGTAAACCCAAATCGTATTCt < 1:4906381/91‑1 (MQ=255) 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ttttttACATTGCCTAAGAACTTAATGTCCCAGCCTGTTTTTTGTAAACCCAAATCGTATTCTGTTATCTAACTTTTATACTACTATGTCt < 2:4616493/91‑1 (MQ=255) ttttttACATTGCCTAAGAACTTAATGTCCCAGCCTGTTTTTTGTAAACCCAAATCGTATTCTGTTATCTAACTTTTATACTACTATGTCt < 2:2056876/91‑1 (MQ=255) tttttACATTGCCTAAGAACTTAATGTCCCAGCCTGTTTTTTGTAAACCCAAATCGTATTCTGTTATCTAACTTTTATACTACTATGTCtt < 1:904561/91‑1 (MQ=255) tttttACATTGCCTAAGAACTTAATGTCCCAGCCTGTTTTTTGTAAACCCAAATCGTATTCTGTTATCTAACTTTTATACTACTATGTCtt > 1:5311719/1‑91 (MQ=255) tttACATTGCCTAAGAACTTAATGTCCCAGCCTGTTTTTTGTAAACCCAAATCGTATTCTGTTATCTAACTTTTATACTACTATGTCTTaa > 1:3862793/1‑91 (MQ=255) tttACATTGCCTAAGAACTTAATGTCCCAGCCTGTTTTTTGTAAACCCAAATCGTATTCTGTTATCTAACGTTTATACTACTATGTCTTaa < 2:720312/91‑1 (MQ=255) | CAAGCTATATGAATGCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAACTTAATGTCCCAGCCTGTTTTTTGTAAACCCAAATCGTATTCTGTTATCTAACTTTTATACTACTATGTCTTAAAT > USA300TCH1516_ALE/2478975‑2479155 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |