New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2653484 = | 26 (0.810) | 3 (0.100) | 3/254 | NT | 11.0% | intergenic (+90/‑254) | fbp/USA300HOU_RS13650 | Fructose‑1,6‑bisphosphatase class 3/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 2653543 = | 23 (0.730) | intergenic (+149/‑195) | fbp/USA300HOU_RS13650 | Fructose‑1,6‑bisphosphatase class 3/hypothetical protein |
TAGATATTTTGAAAATGTTAATGCATGATCGTTACTTAGACTAAAGACGACATTTGATGCATGTATCGTGCACTTATTTAGTGGTACTGTGTTTACGCATTGGCTACGCAAACACGATGATAAATAGGCGACCTAGCTACACCGAAAAAAATCCCCTCACTATTGCGAGTAGTGAGGGGATTGGTGTATCTATGCTAATTCCTGTTAACTGTATTATAACAACTTTACAGCAAAAAAATGCAAAATCAACTA > USA300TCH1516_ALE/2653351‑2653602 | tAGATATTTTGAAAATGTTAATGCATGATCGTTACTTAGACTAAAGACGACATTTGATGCATGTATCGTGCACTTATTTAGTGGTACTGTGTTTACGCATTGGCTACGGAGACCCGATGATACCTAGGCGACCTAGCTaca < 1:57925/141‑1 (MQ=255) tAGATATTTTGAAAATGTTAATGCATGATCGTTACTTAGACTAAAGACGACATTTGATGCATGTATCGTGCACTTATTTAGTGGTACTGTGTTTACGCATTGGCTACGCAAACACGATGATAAATAGGCGACCTAGCTaca > 1:26953/1‑141 (MQ=255) tatTTTGAAAATGTTAATGCATGATCGTTGCTTAGACTAAAGACGACATTTGATGCATGTATCGTGCACTTATTTAGTGGTACTGTGTTTACGCATTGGCTACGCACACATTACTATAAATAGGCGACCTAGCTACACCGa > 2:2185/1‑141 (MQ=255) gTTAATGCATGATCGTTACTTATACTAAAGACGACATTTGATGCATGTATCGTGCACTTATTTAGTGGTACTGTGTTTACGCATTGGCTACGCAAACACGATGATAAATAGGCGACCTAGCTACACCGAAAAAAATCCCCt < 1:29377/141‑1 (MQ=255) tgtCGTTAATTAGACTAAAGGCGGCATTGGATGCATGTATCGTGCACTTATTGAGTGGTACTGTGTTTACGCATTGTCTACGCAAACACGATGATAAAGAGGCGAACTAGCTACACCGAAAAAAATCCCCTCACTATTGCg < 2:231502/139‑1 (MQ=255) gTTACGTAGACTAAAGACGACATTTGATGCATGTATCGTGCACTTATGTAGGGGTACTGTGTTTACGCATTGGCTACGCAAACACGATGATAAATAGGCGACCTAGCTACACCGAAAAAAATCCCCTCACTATTGCGagta < 1:314127/141‑1 (MQ=255) aCTTAGCCTAAGGACGACATCTGATGCATGTATCGTGCACTTATTTAGTGGTACTGTGTTTACGCATTGGCTACGCAAACACGATGATAAATAGGCGACCTAGCTACACCGAAAAAAATCCCCTCACTATTGCGAGTAGTg < 1:6338/141‑1 (MQ=255) cTTAGACTAAAGACGACATTTGATGCATGTATCGTGCACTTATTTAGTGGTACTGTGTTTACGCATTGGCTACGCAAACACGATGATAAATAGGCGACCTAGCTACACCGAAAAAAATCCCCTCACTATTGCGAGTAGTGa > 2:220783/1‑141 (MQ=255) tAGACTCAGGACGACATTTGATAAATTTATCGTGCACTTATTTAGTGGTACTGTGTTTACGCATTGCCTACGCAAACACGATGATAAATAGGCGACCTAGCTACACCGAAAAAAATCCCCTCACTATTGCGAGTAGTGAgg < 1:165309/141‑1 (MQ=255) gtagaagcgagggtgtcggtcatttcattaatttattagttgattttgcatttttttgctgtaaagttgttataatacagttaacaggaattagcaTAGCTACACCGAAAAAAATCCCCTCACTATTGCGAGTAGTGAggg < 2:138811‑M1/45‑1 (MQ=255) cTAAAGACGACATTTGATGCATGTATCGTGCACTTATTTAGTGGTACTGTGTTTACGCATTGGCTACGCAAACACGATGATAAATAGGCGACCTAGCTACACCGAAAAAAATCCCCTCACTATTGCGAGTAGTGAGGGGAt > 1:279271/1‑141 (MQ=255) gcgagggtgtcggtcatttcattaatttattagttgattttgcatttttttgctgtaaagttgttataatacagttaacaggaattagcaTAGCTACACCGAAAAAAATCCCCTCACTATTGCGAGTAGTGAGGGGATTgg > 1:138811‑M1/91‑141 (MQ=255) gtgtcggtcattttattaagttatgagttgagtttgcattgttttgctgtaaagttgttataatacagttaacaggaattagcaTAGATACACC‑‑‑‑‑‑AATCCCCTCACTATTGCGAGTAGTGAGGGGATTGGTGTATCTATGCt > 2:228946‑M1/85‑141 (MQ=255) gCACTTATTTAGTGGTACTGTGTTTACGCATTGGCTACGCAAACACGATGATAAATAGGCGACCTAGCTACACCGAAAAAAATCCCCTCACTATTGCGAGTAGTGAGGGGATTGGTGTATCTATGCTACTTCCTGTTAACt > 1:115087/1‑141 (MQ=255) cACTTATTTAGTGGTACTGTGTTTACGCATTGGCTACGCAAACACGATGATAAATAGGCGACCTAGCTACACCGAAAAAAATCCCCTCACTATTGCGAGTAGTGAGGGGATTGGTGTATCTATGCTAATTCCTGTTAACTg > 1:28168/1‑141 (MQ=255) ttATTTAGTGGTACTGTGTTTACGCATTGGCTACGCAAACACGATGATAAATAGGCGACCTAGCTACACCGAAAAAAATCCCCTCACTATTGCGAGTAGTGAGGGGATTGGTGTATCTATGCTAATTCCTGTTAACTGtat > 1:88744/1‑141 (MQ=255) gTGGTAATGTGTTTATGCATTTGCGACGCAAACACGATGATAAATAGGCGAGCTAGCTACAGCGAAAAAAATCCCCTCACTATTGCGAGTAGTGAGGGGATTGGTGTATCTATGCTAATTCCTGTTAACTGTATTATaaca < 2:308291/141‑1 (MQ=255) tgtTTACGCATTGGCTACGCAAACACGATGATAAATAGGCGACCTAGCTACACCGAAAAAAATCCCCTCACTATTGCGAGTAGTGAGGGGATTGGTGTATCTATGCTAATTCCTGTTAACTGTATTATAACAACTTTACAg > 1:160999/1‑141 (MQ=255) gtTTACGCATTGGCTACGCAAACACGATGATAAATAGGCGACCTAGCTACACCGAAAAAAATCCCCTCACTATTGCGAGTAGTGAGGGGATTGGTGTATCTATGCTAATTCCTGTTAACTGTATTATAACAACTTTACAGc > 1:383579/1‑141 (MQ=255) tACGCATTGGCTACGCAAACACGATGATAAATAGGCGACCTAGCTACACCGAAAAACATTTTCTGACTATTGCGAGTTGGGAGGGGGTTGGTGTATCTATGCTAGTTCCTGTTAACTGTATTATAACTACTTTACAGCaaa > 1:248600/1‑141 (MQ=255) tGGCTACGCAAACACGATGATAAATAGGCGACCTAGCTACACCGAAAAAAATCCCCTCACTATTGCGAGTAGTGAGGGGATTGGTGTATCTATGCTAATTCCTGTTAACTGTATTATAACAACTTTACAGCAAAAAAATGc < 1:62064/141‑1 (MQ=255) tGGCTACGCAAACACGATGATAAATAGGCGACCTAGCTACACCGAAAAAAATCCCCTCACTATTGCGAGTAGTGAGGGGATTGGTGTATCTATGCTAATTCCTGTTAACTGTATTATAACAACTTTACAGCAAAAAAATGc < 1:300365/141‑1 (MQ=255) tGGATACGCAAACAAGATGATAAATAGGCGACCTAGCTACACCGAAAAAAATCCCCTCACTATTGCGAGTAGTGAGGGGATTGGTGTATCTATGCTAATTCCTGTTAACTGTATTATAACAACTTTACAGCAAAAAAATGc < 2:218807/141‑1 (MQ=255) cTACGCAAACACGATGATAAATAGGCGACCTGGCTACACCGAAAAAACCCCCCTACTTGTTGCGAGTAGTGAGGGGATTGGTGTATCTATGCTAATTCCTGTTAACTGTATTATAACAACTTTACAGCAAAAAAATGCaaa < 1:168626/141‑1 (MQ=255) cTACGCAAACACGATGATAAATAGGCGACCTAGCTACACCGAAAAAAATCCCCTCACTATTGCGAGTCGTGAGGGGAATGGTCTACCTATGCTAATTCATGTTAACTGTATTATAACAACTTTATCGC‑ATAAAATGCaaaa > 2:158515/1‑141 (MQ=255) cTACGCAAACACGATGATAAATAGGCGACCTAGCTACACCGAAAAAAATCCCCTCACTATTGCGAGTAGTGAGGGGATTGGTGTATCTATGCTAATTCCTGTTAACTGTATTATAACAACTTTACAGCAAAAAAATGCaaa < 1:66618/141‑1 (MQ=255) cTACGCAAACACGATGATAAATAGGCGACCTAGCTACACCGAAAAAAATCCCCTCACTATTGCGAGTAGTGAGGGGATTGGTGTATCTATGCTAATTCCTGTTAACTGTATTATAACAACTTTACAGCAAAAAAATGCaaa > 1:113984/1‑141 (MQ=255) cTACGCAAACACGATGATAAATAGGCGACCTAGCTACACCGAAAAAAATCCCCTCACTATTGCGAGTAGTGAGGGGATTGGTGTATCTATGCTAATTCCTGTTAACTGTATTATAACAACTTTACAGCAAAAAAATGCaaa < 2:269204/141‑1 (MQ=255) acacGATGATAAATAGGCGACCTAGCTACACCGAAAAAAATCCCCTCACTATTGCGAGTAGTGAGAGGATTGGTGTATCTATGCTAATTCCTGTTAACTGTATTATAACAACTTTACAGCAAAAAAATGCAAAATCAACta > 2:185576/1‑141 (MQ=255) | TAGATATTTTGAAAATGTTAATGCATGATCGTTACTTAGACTAAAGACGACATTTGATGCATGTATCGTGCACTTATTTAGTGGTACTGTGTTTACGCATTGGCTACGCAAACACGATGATAAATAGGCGACCTAGCTACACCGAAAAAAATCCCCTCACTATTGCGAGTAGTGAGGGGATTGGTGTATCTATGCTAATTCCTGTTAACTGTATTATAACAACTTTACAGCAAAAAAATGCAAAATCAACTA > USA300TCH1516_ALE/2653351‑2653602 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |