New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2007531 = | 45 (1.010) | 3 (0.070) | 3/238 | NT | 7.0% | intergenic (+46/‑196) | hemL2/USA300HOU_RS10115 | Glutamate‑1‑semialdehyde 2,1‑aminomutase 2/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 2007597 = | 38 (0.920) | intergenic (+112/‑130) | hemL2/USA300HOU_RS10115 | Glutamate‑1‑semialdehyde 2,1‑aminomutase 2/hypothetical protein |
TAAAATAAATCATACATAATACTGATAGCGATGTAAAACTTTAGTTAGAGATTAAAATAGTATAAATTTGTAAAATAAAAACTCACATAGTGACATATCAAGTTAAACGTTAATAGTTAACGATATAAAATGAATCTACTATGTGAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2007677‑2007531 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑actatgtgagTTTTTATTTTACAAATTTATACTATTTTAATCTCTAACTAAAGTTTTACATCGCTATCAGTATTATGTATGATTTATTTTAACAACTATAAATAAGCTTGAATTTTGTAACTAGTAAGTGTATAACAGTAATGAATACG > USA300TCH1516_ALE/2007597‑2007735 TAAAATAAATCATACATAATACTGATAGCGATGTAAAACTTTAGTTAGAGATTAAAATAGTATAAATTTGTAAAATAAAAACTCACATAGTGACATATCAAGTTAAACGTTAATAGTTAACGATATAAAATGAATCTACT > 1:83654/1‑140 AAAATAAATCATACATAATACTGATAGCGATGTAAAACTTTAGTTAGAGATTAAAATAGTATAAATTTGTAAAATAAAAACTCACATAGTGACATATCAAGTTAAACGTTAATAGTTAACGATATAAAATGAATCTACTA > 1:13392/1‑140 AATAAATCATACATAATACTGATAGCGATGTAAAACTTTAGTTAGAGATTAAAATAGTATAAATTTGTAAAATAAAAACTCACATAGTGACATATCAAGTTAAACGTTAATAGTTAACGATATAAAATGAATCTACTATG < 1:479672/140‑1 ATAAATCATACATAATACTGATAGCGATGTAAAACTTTAGTTAGAGATTAAAATAGTATAAATTTGTAAAATAAAAACTCACATAGTGACATATCAAGTTAACCGTTAATAGTTAACGATATAAAATGAATCTACTATGT < 1:234405/140‑1 ATAAATCATACATAATACTGATAGCGATGTAAAACTTTAGTTAGAGATTAAAATAGTATAAATTTGTAAAATAAAAACTCACATAGTGACATATCAAGTTAAACGTTAATAGTTAACGATATAAAATGAATCTACTATGT > 2:124138/1‑140 TAAATCATACATAATACTGATAGCGATGTAAAACTTTAGTTAGAGATTAAAATAGTATAAATTTGTAAAATAAAAACTCACATAGTGACATATCAAGTTAAACGTTAATAGTTAACGATATAAAATGAATCTACTATGTG < 2:129009/140‑1 TACATAATACTGATAGCGATGTAAAACTTTAGTTAGAGATTAAAATAGTATAAATTTGTAAAATAAAAACTCACATAGTGACATAAACCACAATTTGTTTATAGTTAACGATATAAAATGAATCTACTATGTGAGTATTT > 2:119133/1‑140 GATGTAAAACTTTAGTTAGAGATTAAAATAGTATAAATTTGTAAAATAAAAACTCACATAGTGACATATCAAGTTAAACGTTAATAGTTAACGATATAAAATGAATCTACTATGTGAGTTTTTATTTTACAAATTTATAC > 1:426128/1‑140 GTATAAATTTGTAAAATAAAAACTCACATAGTGACATATCAAGTTAAACGTTAATAGTTAACGATATAAAATGAATCTACTATGTGAGTTTTTATTTTACAAATTTATACTATTTTAATCTCTAACTAAAGTTTTACATC < 2:426128/140‑1 AAACTCACATAGTGACATATCAAGTTAAACGTTAATAGTTAACGATATAAAATGAATCTACTATGTGAGTTTTTATTTTACAAATTTATACTATTTTAATCTCTAACTAAAGTTTTACATCGTTATCAGTATTATGTATa > 2:337137/1‑139 taGTGAGTTTTTATTTTACAAATTTATACTATTTTAATCTCTAACTAAAGTTTTACATCGCTATCAGTATTATGTATGATTTATTTTAACAACTATAAATAAGCTTGAATTTTGTAACTAGTAAGTGTATAACAGTAATG > 1:468526/3‑140 TGAGTTTTTATTTTACAAATTTATACTATTTTAATCTCTAACTAAAGTTTTACATCGCTATCAGTATTATGTATGATTTATTTTAACAACTATAAATAAGCTTGAATTTTGTAACTAGTAAGTGTATAACAGTAATGAAT < 2:333297/140‑1 TGAGGTTGTATTTTACAAATTTATACTATTTTAATCTCTAACTAAAGTTTTACATCGCTATCAGTATTATGTATGATTTATTTTAACAACTATAAATAAGCTTGAATTTTGTAACTAGTAAGTGTATAACAGTAATGAAT < 2:36176/140‑1 GTTTTTATTTTATAAATTTATACTATTTTAATCTCTAACTAAAGTTTTACATCGCTTTCATTATTATGTATGATTTATTTTAACAACTATAAATAAGCTTGAATTTTGTAACTATTAAGTGTATAACAGTAATAAATACt > 2:27653/1‑139 GTTTTTATTTTACAAATTTATACTATTTTAATCTCTAACTAAAGTTTTACATCGCTATCAGTATTATGTATGATTTATTTTAACAACTATAAATAAGCTTGAATTTTGTAACTAGTAAGTGTATAACAGTAATGAATACG > 1:365642/1‑140 GTTTTTATTTTACAAATTTAGACTAGTTTAATCTCTAACTAAAGTTTTACATCGCTATCAGTATTATGTATGATTTATTTTAACAACTATAAATAAGCTTGAATTTTGTAACTAGTAAGTGTATAACAGTAATGAATACG < 2:568616/140‑1 TAAAATAAATCATACATAATACTGATAGCGATGTAAAACTTTAGTTAGAGATTAAAATAGTATAAATTTGTAAAATAAAAACTCACATAGTGACATATCAAGTTAAACGTTAATAGTTAACGATATAAAATGAATCTACTATGTGAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2007677‑2007531 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑actatgtgagTTTTTATTTTACAAATTTATACTATTTTAATCTCTAACTAAAGTTTTACATCGCTATCAGTATTATGTATGATTTATTTTAACAACTATAAATAAGCTTGAATTTTGTAACTAGTAAGTGTATAACAGTAATGAATACG > USA300TCH1516_ALE/2007597‑2007735 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |