New junction evidence
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*	?	USA300TCH1516_ALE	2007531 =	45 (1.010)	3 (0.070)	3/238	NT	7.0%	intergenic (+46/‑196)	hemL2/USA300HOU_RS10115	Glutamate‑1‑semialdehyde 2,1‑aminomutase 2/hypothetical protein
	?	USA300TCH1516_ALE	2007597 =	38 (0.920)					intergenic (+112/‑130)	hemL2/USA300HOU_RS10115	Glutamate‑1‑semialdehyde 2,1‑aminomutase 2/hypothetical protein

GACTATGCTTTTAGTCAAATGAAATAACTTTTAAGGAAGTATATTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGATTCATTTTATATCGTTAACTATTAACGTTTAACTTGATATGTCACTATGTGAGTTTTTATTTTACAAATTTATACTATTTTAATCTCTAACTAAAGTTTTACATCGCTATCAGTATTATGTATGATTTATTTTAACAACTATAAATAAGCTTGAATTTTGTAACTAGTAAGTGTATAACAGTAATGAATACG  >  USA300TCH1516_ALE/2007459‑2007735                                                                                                                                           |                                                                                                                                           gACTATGCTTTTAGTCAAATGAAATAACTTTTAAGGAAGTATATTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGATTCATTTTATATCGTTAACTATTAACGTTTAACTTGATATGTCACTATGTGAGtt                                                                                                                                           <  2:9531/140‑1 (MQ=255) gACTATGCTTTTAGTCAAATGAAATAACTTTTAAGGAAGTATATTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGATTCATTTTATATCGTTAACTATTAACGTTTAACTTGATATGTCACTATGTGAGtt                                                                                                                                           <  2:9529/140‑1 (MQ=255) gACTATGCTTTTAGTCAAATGAAATAACTTTTAAGGAAGTATATTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGATTCATTTTATATCGTTAACTATTAACGTTTAACTTGATATGTCACTATGTGAGtt                                                                                                                                           <  2:9528/140‑1 (MQ=255) gACTATGCTTTTAGTCAAATGAAATAACTTTTAAGGAAGTATATTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGATTCATTTTATATCGTTAACTATTAACGTTTAACTTGATATGTCACTATGTGAGtt                                                                                                                                           <  2:83201/140‑1 (MQ=255) 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          ttAGTCAAATGAAATAACTTTTAAGGAAGTATATTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGATTCATTTTATATCGTTAACTATTAACGTTTAAATTGATATGTCACTATGTGAGTTTTTATTTTAc                                                                                                                                 >  2:542235/1‑140 (MQ=255)                  aaTGAAATAACTTTTAAGGAAGTATATTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGATTCATTTTATATCGTTAACTATTAACGTTTAACTTGATATGTCACTATGTGAGTTTTTATTTTACAAATTta                                                                                                                          >  1:365177/1‑140 (MQ=255)                     gatgtaaaactttagttagagattaaaatagtataaatttgtaaaataaaaactcacatagtgacatatcaagttaaacgttaatagttaacgatataaaatgaatctactatgtgagTTTTTATTTTACAAATTTATAc                                                                                                                       >  1:426128‑M2/119‑140 (MQ=255)                     gatgtaaaactttagttagagattaaaatagtataaatttgtaaaataaaaaCTCACATAGTAGATTCATTTTATATCGTTAACTATTAACGTTTAACTTGATATGTCACTATGTGAGTTTTTATTTTACAAATTTATAc                                                                                                                       <  2:426128‑M1/88‑1 (MQ=255)                        aTAACTTTTAAGGAAGTATATTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGATTCATTTTATATCGTTAACTATTAACGTTTAACTTGATATGTCACTATGTGAGTTTTTATTTTACAAATTTATACTAt                                                                                                                    <  1:402699/140‑1 (MQ=255)                        aTAACTTTTAAGGAAGTATATTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGATTCATTTTATATCGTTAACTATTAACGTTTAACTTGATATGTCACTATGTGAGTTTTTATTTTACAAATTTATACTAt                                                                                                                    >  1:526827/1‑140 (MQ=255) 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                           cTTTTAAGGAAGTATATTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGATTCATTTTATATCGTTAGCTATTAACGTTTAACTTGATATGTCACTATGTGAGTTTTTATTTTACAAATTTATACTATTTTa                                                                                                                >  1:568616/1‑140 (MQ=255)                             ttttAAGGAAGTATATTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGATTCATTTTATATCGTTAACTATTAACGTTTAACTTAATATGTTACTATGTGAGTTTTTATTTTACAAATTTATACTATTATaa                                                                                                               >  2:309410/1‑140 (MQ=255)                                  aGGTAGTATATTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGATTCATTTTATATCGTTAACTATTAACGTTTAACTTGATATGTCACTATGTGAGTTTTTATTTTACAAATTTATACTATTTTAATctct                                                                                                          <  2:476358/140‑1 (MQ=255) 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                                     aGTATATTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGATTCATTTTATATCGTTAACTATTAACGTTTAACTTGATATGTCACTATGTGAGTTTTTATTTTACAAATTTATATTATTTTAATCTctaact                                                                                                      >  2:223950/1‑140 (MQ=255)                                          tatTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGATTCATTTTATATCGTTAACTATTAACGTTTAACTTGATATGTCACTATGTGAGTTTTTATTTTACAAATTTATACTATTTTAATCTCTAACTAAAg                                                                                                  >  1:423136/1‑140 (MQ=255)                                            tttttAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGATTCATTTTATATCGTTAACTATTAACGTTTAACTTGATATGTCACTATGTGAGTTTTTATTTTACAAATTTATACTATTTTAATCTCTAACTAAAGtt                                                                                                >  1:171379/1‑140 (MQ=255) 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                                                                                                                      ttGATATGTCACTATGTGAGTTTTTATTTTACAAATTTATACTATTTTAATCTCTAACTAAAGTTTTACATCGCTATCAGTATTATGTATGATTTATTTTAACAACTATAAATAAGCTTGAATTTTGTAACTAGTAAgtg                     <  2:81519/140‑1 (MQ=255)                                                                                                                               tCACTATGTGAGTTTTTATTTTACAAATTTATACTATTTTAATCTCTAACTAAAGTTTTACATCGCTATCAGTATTATGTATGATTTATTTTAACAACTATAAATAAGCTTGAATTTTGTAACTAGTAAGTGTATAACAg             <  2:99062/140‑1 (MQ=255)                                                                                                                                    tagtgagTTTTTATTTTACAAATTTATACTATTTTAATCTCTAACTAAAGTTTTACATCGCTATCAGTATTATGTATGATTTATTTTAACAACTATAAATAAGCTTGAATTTTGTAACTAGTAAGTGTATAACAGTAATg        >  1:468526‑M2/8‑140 (MQ=255)                                                                                                                                       tgagTTTTTATTTTACAAATTTATACTATTTTAATCTCTAACTAAAGTTTTACATCGCTATCAGTATTATGTATGATTTATTTTAACAACTATAAATAAGCTTGAATTTTGTAACTAGTAAGTGTATAACAGTAATGAAt     <  2:333297‑M2/136‑1 (MQ=255)                                                                                                                                       tgagGTTGTATTTTACAAATTTATACTATTTTAATCTCTAACTAAAGTTTTACATCGCTATCAGTATTATGTATGATTTATTTTAACAACTATAAATAAGCTTGAATTTTGTAACTAGTAAGTGTATAACAGTAATGAAt     <  2:36176‑M2/136‑1 (MQ=255)                                                                                                                                          gTTTTTATTTTATAAATTTATACTATTTTAATCTCTAACTAAAGTTTTACATCGCTTTCATTATTATGTATGATTTATTTTAACAACTATAAATAAGCTTGAATTTTGTAACTATTAAGTGTATAACAGTAATAAATact  >  2:27653‑M2/2‑139 (MQ=255)                                                                                                                                          gTTTTTATTTTACAAATTTATACTATTTTAATCTCTAACTAAAGTTTTACATCGCTATCAGTATTATGTATGATTTATTTTAACAACTATAAATAAGCTTGAATTTTGTAACTAGTAAGTGTATAACAGTAATGAATACg  >  1:365642‑M2/2‑140 (MQ=255)                                                                                                                                          gTTTTTATTTTACAAATTTAGACTAGTTTAATCTCTAACTAAAGTTTTACATCGCTATCAGTATTATGTATGATTTATTTTAACAACTATAAATAAGCTTGAATTTTGTAACTAGTAAGTGTATAACAGTAATGAATACg  <  2:568616‑M2/139‑1 (MQ=255)                                                                                                                                           |                                                                                                                                           GACTATGCTTTTAGTCAAATGAAATAACTTTTAAGGAAGTATATTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGATTCATTTTATATCGTTAACTATTAACGTTTAACTTGATATGTCACTATGTGAGTTTTTATTTTACAAATTTATACTATTTTAATCTCTAACTAAAGTTTTACATCGCTATCAGTATTATGTATGATTTATTTTAACAACTATAAATAAGCTTGAATTTTGTAACTAGTAAGTGTATAACAGTAATGAATACG  >  USA300TCH1516_ALE/2007459‑2007735

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.