| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2007531 = | 45 (1.010) | 3 (0.070) | 3/238 | NT | 7.0% | intergenic (+46/‑196) | hemL2/USA300HOU_RS10115 | Glutamate‑1‑semialdehyde 2,1‑aminomutase 2/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2007597 = | 38 (0.920) | intergenic (+112/‑130) | hemL2/USA300HOU_RS10115 | Glutamate‑1‑semialdehyde 2,1‑aminomutase 2/hypothetical protein | |||||
GTTTGAAGCTTGGTTCTTAACAACTGAACATACAGAAGAAGATATTAAACAAACTTTAAAAGCTGCAGACTATGCTTTTAGTCAAATGAAATAACTTTTAAGGAAGTATATTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGATTCATTTTATATCGTTAACTATTAACGTTTAACTTGATATGTCACTATGTGAGTTTTTATTTTACAAATTTATACTATTTTAATCTCTAACTAAAGTTTTACATCGCTATCAGTATTATGTAT > USA300TCH1516_ALE/2007392‑2007666 | gTTTGAAGCTTGGTTCTTAACAACTGAACATACAGAAGAAGATATTAAACAAACTTTAAAAGCTGCAGACTATGCTTTTAGTCAAATGAAATAACTTTTAAGGAAGTATATTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGc < 1:32925/140‑1 (MQ=255)cgtattcattactgttatacacttactagttacaaaattcaagcttatttatagttgttaaaataaatcatacataatactgatagcgatgtaaaactttagttagagattaaactagtctaaatttgtaaaataaaaac < 2:568616‑M1/1‑1 (MQ=255)cgtattcattactgttatacacttactagttacaaaattcaagcttatttatagttgttaaaataaatcatacataatactgatagcgatgtaaaactttagttagagattaaaatagtataaatttgtaaaataaaaac > 1:365642‑M1/140‑140 (MQ=255)agtatttattactgttatacacttaatagttacaaaattcaagcttatttatagttgttaaaataaatcatacataataatgaaagcgatgtaaaactttagttagagattaaaatagtataaatttataaaataaaaac > 2:27653‑M1/140‑140 (MQ=255) ttcaaGCTTGGTTCTTAACAACTGAACATACAGAAGAAGATATTAAACAAACTTTAAAAGCTGCAGACTATGCTTTTAGTCAAATGAAATAACTTTTAAGGAAGTATATTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTc > 2:278585/4‑140 (MQ=255) tGAAGCTTGGTTCTTAACAACTGAACATACAGAAGAAGATATTAAACAAACTTTAAAAGCTGCAGACTATGCTTTTAGTCAAATGAAATAACTTTTAAGGAAGTATATTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTca > 1:249674/1‑140 (MQ=255) attcattactgttatacacttactagttacaaaattcaagcttatttatagttgttaaaataaatcatacataatactgatagcgatgtaaaactttagttagagattaaaatagtataaatttgtaaaatacaacCTca < 2:36176‑M1/4‑1 (MQ=255) attcattactgttatacacttactagttacaaaattcaagcttatttatagttgttaaaataaatcatacataatactgatagcgatgtaaaactttagttagagattaaaatagtataaatttgtaaaataaaaaCTca < 2:333297‑M1/4‑1 (MQ=255) cattactgttatacacttactagttacaaaattcaagcttatttatagttgttaaaataaatcatacataatactgatagcgatgtaaaactttagttagagattaaaatagtataaatttgtaaaataaaaactcacta > 1:468526‑M1/134‑138 (MQ=255) tGGTTCTTAACAACTGAACATACAGAAGAAGATATTAAACAAACTTTAAAAGCTGCAGACTATGCTTTTAGTCAAATGAAATAACTTTTAAGGAAGTATATTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACAtagta > 2:299538/1‑140 (MQ=255) tAACAACTGAACATACAGAAGTAGATATTAAACAAACTTTAAAAGCTGCAGACTATGCTTTTAGTCAAATGAAATAACTTTTAAGGAAGTATATTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGATTCAt > 2:259550/1‑140 (MQ=255) tAACAACTGAACATACAGAAGAAGATATTAAACAAACTTTACAAGCTGCAGACTATGCTTTTAGTCAAATGAAATAACTTTTAAGGAAGTATATTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGATTCAt < 1:538274/140‑1 (MQ=255) tAACAACTGAACATACAGAAGAAGATATTAAACAAACTTTAAAAGCTGCAGACTATGCTTTTAGTCAAATGAAATAACTTTTAAGGAAGTATATTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGATTCAt > 2:281787/1‑140 (MQ=255) tAACAACTGAACATACAGAAGAAGATATTAAACAAACTTTAAAAGCTGCAGACTATGCTTTTAGTCAAATGAAATAACTTTTAAGGAAGTATATTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGATTCAt > 2:83654/1‑140 (MQ=255) tAACAACTGAACATACAGAAGAAGATATTAAACAAACTTTAAAAGCTGCAGACTATGCTCTTAGTCAAATGAAATAACTTTTAAGGAAGTATATTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGAAGATTCAt > 2:91881/1‑140 (MQ=255) acaacTGAACATACAGAAGAAGATATTAAACAAGCTTTAAAAGCTGCAGACTATGCTTTTAGTCAAATGAAATAACTTTTAAGGAAGTATATTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGATTCAttt < 2:91120/140‑1 (MQ=255) acTGAACATACAGAAGAAGATATTAAACAAACTTTAAAAGCTGCAGACTATGCTTTTAGTCAAATGAAATAACTTTTAAGGAAGTATATTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGATTCATTTtat < 1:119381/140‑1 (MQ=255) tGAACATACAGAAGAAGATATTAAACAAACTTTAAAAGCTGCAGACTATGCTTTTAGTCAAATGAAATAACTTTTAAGGAAGTATATTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGATTCATTTTatat > 1:189476/1‑140 (MQ=255) tGAACATACAGAAGAAGATATTAAACAAACTTTAAAAGCTGCAGACTATGCTTTTAGTCAAATGAAATAACTTTTAAGGAAGTATATTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGATTCATTTTatat > 1:544854/1‑140 (MQ=255) tGAACATACAGAAGAAGATATTAAACAAACTTTAAAAGCTGCAGACTATGCTTTTAGTCAAATGAAATAACTTTTAAGGAAGTATATTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAAATTCATTTTatat > 2:520495/1‑140 (MQ=255) gaTACAGAAGAAGATATTAAACAAACTTTAAAAGCTGCAGACTATGCTTTTAGTCAAATGAAATAACTTTTAAGGAAGTATATTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGATTCATTTTATATCGtt < 1:367370/139‑1 (MQ=255) tatTAAACAAACTTTAAAAGCTGCAGACTATGCTTTTAGTCAAATGAAATAACTTTTAAGGAAGTATATTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGATTCATTTTATATCGTTAACTATTAACGttt > 2:292137/1‑140 (MQ=255) caaacTTTAAAAGCTGCAGACTATGCTTTTAGTCAAATGAAATAACTTTTAAGGAAGTATATTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGATTCATTTTATATCGTTAACTCTTAACTTTTAACTTGa > 2:60863/1‑140 (MQ=255) caaacTTTAAAAGCTGCAGACTATGCTTTTAGTCAAATGAAATAACTTTTAAGGAAGGATATTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGATACATTTTATCTCGACGACGACGAACGATTAACTTGa > 2:63137/1‑140 (MQ=255) cTTTAAAAGCTGCAGACTATGCTTTTAGTCAAATGAAATAACTTTTAAGGAAGTATATTTTTAATTGAATTACAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGTTTCATTTTATATCGTTAACTATTAACGTTTAACTTGATATg < 2:546605/140‑1 (MQ=255) ttAAAAGCTGCAGACTATGCTTTTAGTCAAATGAAATAACTTTTAGGGAAGGATATTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGATTCATTTTATATCGTTAACTATTAACGTTTAACTTGATATGTc < 1:388330/140‑1 (MQ=255) ttAAAAGCTGCAGACTATGCTTTTAGTCAAATGAAATAACTTTTAAGGAAGTATATTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGATTCATTTTATATCGTTAACTATTAACGTTTAACTTGATATGTc < 1:32457/140‑1 (MQ=255) gCTGCAGACTATGCTTTTAGTCAAATGAAATAACTTTTAAGGAAGTATATTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGATTCATTTTATATCGTTAACTATTAACGTTTAACTTGATATGTCACTAtg > 1:319047/1‑140 (MQ=255) tGCAGACTATGCTTTTAGTCAAATGAAATAACTTTTAAGGAAGTATATTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGATTCATTTTATATCGTTAACTATTAACGTTTAACTTGATATGTCACTAtgtg > 2:13392/1‑140 (MQ=255) caaaCTATGCTTTTAGTCAAATGAAATAACTTTTAAGGAAGTATATTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGATTCATTTTATATCGTTAACTATTAACGTTTAACTTGATATGTCACTATGTGAg < 1:303731/137‑1 (MQ=255) gACTATGCTTTTAGTCAAATGAAATAACTTTTAAGGAAGTATATTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGATTCATTTTATATCGTTAACTATTAACGTTTAACTTGATATGTCACTATGTGAGtt < 2:83201/140‑1 (MQ=255) gACTATGCTTTTAGTCAAATGAAATAACTTTTAAGGAAGTATATTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGATTCATTTTATATCGTTAACTATTAACGTTTAACTTGATATGTCACTATGTGAGtt < 2:9528/140‑1 (MQ=255) gACTATGCTTTTAGTCAAATGAAATAACTTTTAAGGAAGTATATTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGATTCATTTTATATCGTTAACTATTAACGTTTAACTTGATATGTCACTATGTGAGtt < 2:9529/140‑1 (MQ=255) gACTATGCTTTTAGTCAAATGAAATAACTTTTAAGGAAGTATATTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGATTCATTTTATATCGTTAACTATTAACGTTTAACTTGATATGTCACTATGTGAGtt < 2:9531/140‑1 (MQ=255) tatacataatactgataacgatgtaaaactttagttagagattaaaatagtataaatttgtaaaataaaaaCTCACATAGTAGATTCATTTTATATCGTTAACTATTAACGTTTAACTTGATATGTCACTATGTGAGttt > 2:337137‑M1/72‑140 (MQ=255) aTGCTTTTAGTCAAATGAAATAACTTTTAAGGAAGTATATTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGATTCATTTTATATTGTTTACTATTAACGTTTAACTTGAGATGTCACGATGTGAGTtttta < 1:313223/140‑1 (MQ=255) ttAGTCAAATGAAATAACTTTTAAGGAAGTATATTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGATTCATTTTATATCGTTAACTATTAACGTTTAAATTGATATGTCACTATGTGAGTTTTTATTTTAc > 2:542235/1‑140 (MQ=255) aaTGAAATAACTTTTAAGGAAGTATATTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGATTCATTTTATATCGTTAACTATTAACGTTTAACTTGATATGTCACTATGTGAGTTTTTATTTTACAAATTta > 1:365177/1‑140 (MQ=255) gatgtaaaactttagttagagattaaaatagtataaatttgtaaaataaaaaCTCACATAGTAGATTCATTTTATATCGTTAACTATTAACGTTTAACTTGATATGTCACTATGTGAGTTTTTATTTTACAAATTTATAc < 2:426128‑M1/88‑1 (MQ=255) 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ttttAAGGAAGTATATTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGATTCATTTTATATCGTTAACTATTAACGTTTAACTTAATATGTTACTATGTGAGTTTTTATTTTACAAATTTATACTATTATaa > 2:309410/1‑140 (MQ=255) aGGTAGTATATTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGATTCATTTTATATCGTTAACTATTAACGTTTAACTTGATATGTCACTATGTGAGTTTTTATTTTACAAATTTATACTATTTTAATctct < 2:476358/140‑1 (MQ=255) gAAGTATATTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGATTCATTTTATATCGTTAACTATTAACGTTTAACTTGATATGTCACTATGTGAGTTTTTATTTTACAAATTTATACTATTTTAATCTctaa < 2:384401/140‑1 (MQ=255) aGTATATTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGATTCATTTTATATCGTTAACTATTACGGTTCAGCTGGAGATGTCACTATGTGAGTTTTTATTTTACAAATTTATACTATTTTAATCTctaact > 1:417300/1‑140 (MQ=255) aGTATATTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGATTCATTTTATATCGTTAACTATTAACGTTTAACTTGATATGTCACTATGTGAGTTTTTATTTTATATGTTGATAATATTTTAATCTctacct > 2:521998/1‑140 (MQ=255) aGTATATTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGATTCATTTTATATCGTTAACTATTAACGTTTAACTTGATATGTCACTATGTGAGTTTTTATTTTACAAATTTATATTATTTTAATCTctaact > 2:223950/1‑140 (MQ=255) tatTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGATTCATTTTATATCGTTAACTATTAACGTTTAACTTGATATGTCACTATGTGAGTTTTTATTTTACAAATTTATACTATTTTAATCTCTAACTAAAg > 1:423136/1‑140 (MQ=255) tttttAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGATTCATTTTATATCGTTAACTATTAACGTTTAACTTGATATGTCACTATGTGAGTTTTTATTTTACAAATTTATACTATTTTAATCTCTAACTAAAGtt > 1:171379/1‑140 (MQ=255) tAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGATTCATTTTATATCGTTAACTATTAACGTTTAACTTGATATGTCACTATGTGAGTTTTTATTTTACAAATTTATACTATTTTAATCTCTAACTAAAGTTTTAc < 1:542411/140‑1 (MQ=255) tAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGATTCATTTTATATCGTTAACTATTAACGTTTAACTTGATATGTCACTATGTGAGTTTTTATTTTACAAATTTATACTATTTTAATCTCTAACTAAAGTTTTAc < 2:314236/140‑1 (MQ=255) ttGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGATTCATTTTATATCGTTAACTATTAACGTTTAACTTGATATGTCACTATGTGAGTTTTTATTTTACAAATTTATACTATTTTAATCTCTAACTAAAGTTTTACATc < 1:259550/140‑1 (MQ=255) gtataaatttgtaaaataaaaaCTCACATAGTAGATTCATTTTATATCGTTAACTATTAACGTTTAACTTGATATGTCACTATGTGAGTTTTTATTTTACAAATTTATACTATTTTAATCTCTAACTAAAGTTTTACATc > 1:426128‑M1/23‑140 (MQ=255) aaataCTCACATAGTAGATTCATTTTATATCGTTAACTATAAACAAATTGTGGTTTATGTCACTATGTGAGTTTTTATTTTACAAATTTATACTATTTTAATCTCTAACTAAAGTTTTACATCGCTATCAGTATtatgta > 2:119133‑M1/6‑140 (MQ=255) aaTGCTCACAAAGTAGATTAATTTTATATCGTTAATTATTAACGTTTAACTTGATATGTCACTATGTGAGTTTTTATTTTACAAATTTATACTATTTTAATCTCTAACTAAAGTTTTACATCGCTATCAGTATtatgtat < 1:246740/140‑1 (MQ=255) | GTTTGAAGCTTGGTTCTTAACAACTGAACATACAGAAGAAGATATTAAACAAACTTTAAAAGCTGCAGACTATGCTTTTAGTCAAATGAAATAACTTTTAAGGAAGTATATTTTTAATTGAATTAAAATAAAGCAAATGCTCACATAGTAGATTCATTTTATATCGTTAACTATTAACGTTTAACTTGATATGTCACTATGTGAGTTTTTATTTTACAAATTTATACTATTTTAATCTCTAACTAAAGTTTTACATCGCTATCAGTATTATGTAT > USA300TCH1516_ALE/2007392‑2007666 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |