| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 774819 = | 117 (1.040) | 5 (0.050) | 5/244 | 15.7 | 4.5% | intergenic (+110/‑198) | fruA/nagA | PTS system fructose‑specific EIIABC component/N‑acetylglucosamine‑6‑phosphate deacetylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 774873 = | 107 (1.050) | intergenic (+164/‑144) | fruA/nagA | PTS system fructose‑specific EIIABC component/N‑acetylglucosamine‑6‑phosphate deacetylase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
AATCGAAGCTTCAAAATCAATGGACGAGTAGTTTTAATGATGTAAAATGATTGTTAGCAAAGAGCTTCATATTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGACACCACAAATGTATAGACTTTTTTAATATTTTGCAAAAAGTTATGCCAAACGAAGCAGA > USA300TCH1516_ALE/774679‑774959 | aaTCGAAGCTTCAAAATCAATGGACGAGTAGTTTTAATGATGTAAAATGATTGTTAGCAAAGAGCTTCATATTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑TAAGCTGt > 2:686669/1‑141 (MQ=255)aaTCGAAGCTTCAAAATCAATGGACGAGTAGTTTTAATGATGTAAAATGATTGTTAGCAAAGAGCTTCATATTAAGTTGTATGTTCAATGAATACATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGt > 1:905858/1‑141 (MQ=255)aaTCGAAGCTTCAAAATCAATGGACGAGTAGCTTTAATGATGTAAAATGATTGTTAGCAAAGAGCTTCATATTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGt > 3:295433/1‑141 (MQ=255) tCGAAGCTTCAAAATCAATGGACGAGTAGTTTTAATGATGTAAAATGATTGTTAGCAAAGAGCTTCATATTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTaa < 1:912404/141‑1 (MQ=255) tCGAAGCTTCAAAATCAATGGACGAGTAGTTTTAATGATGTAAAATGATTGTTAGCAAAGAGCTTCATATTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTaa > 2:495087/1‑141 (MQ=255) aGCTTCAAAATCAATGGACGAGTAGTTTTAATGATGTAAAATGATTGTTAGCAAAGAGCTTCATATTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAac < 3:161307/141‑1 (MQ=255) aGCTTCAAAATCAATGGACGAGTAGTTTTAATGATGTAAAATGATTGTTAGCAAAGAGCTTCATATTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAac < 1:336477/141‑1 (MQ=255) aGCTTCAAAATCAATGGACGAGTAGTTTTAATGATGTAAAATGATTGTTAGCAAAGAGCTTCATATTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAac > 2:499793/1‑141 (MQ=255) gCTTCAAAATCAATGGACGAGTATTTTTAATGATGTAAAATGATTGTTAGCAAAGAGCTTCATATTAAGTTGTATGTTCGATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAaca < 2:228236/141‑1 (MQ=255) ttCAAAATCAATGGACGAGTAGTTTTAATGATGTAAAATGATTGTTAGCAAAGAGCTTCATATTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACt < 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tGGACGAGTAGTTTTAATGATGTAAAATGATTGTTAGCAAAGAGCTTCATATTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAAtt > 2:330729/1‑141 (MQ=255) tGGACGAGTAGTTTTAATGATGTAAAATGATTGTTAGCAAAGAGCTTCATATTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAAtt > 2:265575/1‑141 (MQ=255) tGGACGAGTAGTTTTAATGATGTAAAATGATTGTTAGCAAAGAGCTTCATATTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAAtt < 2:508260/141‑1 (MQ=255) ggACGAGTAGTTTTAATGATGTAAAATGGTTGTTAGCAAAGAGCTTCATATTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAACTAATTC‑AAAGCTGTAAAGACACTTTCTATTAATTc < 2:732621/141‑1 (MQ=255) aCGAGTAGTTTTAATGATGTAAAATGATTGTTAGCAAAGAGCTTCATATTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAg > 2:240748/1‑141 (MQ=255) gAGTAGTTTTAATGATGTAAAATGATTGTTAGCAAAGAGCTTCATATTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGtt < 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atgatgTAAAATGATTGTTAGCAAAGAGCTTCATATTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTg > 1:192808/1‑141 (MQ=255) atgTAAAATGATTGTTAGCAAAGAGCTTCATATTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGata > 3:362350/1‑141 (MQ=255) tgTAAAATGATTGTTAGCAAAGAGCTTCATATTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGatat > 2:884997/1‑141 (MQ=255) tgTAAAATGATTGTTAGCAAAGAGCTTCATATTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGatat < 1:798012/141‑1 (MQ=255) tgTAAAATGATTGTTAGCAAAGAGCTTCATATTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGatat < 2:894295/141‑1 (MQ=255) aaaaTGATTGTTAGCAAAGAGCTTCATATTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGaa < 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atTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAaatgaat < 1:268940/141‑1 (MQ=255) ttAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAaatgaatg < 2:135849/141‑1 (MQ=255) gTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAAt > 1:440311/1‑141 (MQ=255) tATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATa > 2:680325/1‑141 (MQ=255) tGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGa > 2:307219/1‑141 (MQ=255) ttCAATGNATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTCAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTTGGTTTATTTTTAGATTAATGAATGAAGAAATAGaca < 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atCGTGTTAACGGTAGCTTATACAAAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGACACCACAAATGTATAGACTTTTTTAata < 4:122849/141‑1 (MQ=255) tggtgtTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGACACCACAAATGTATAGACTTTTTTaaaaaa < 2:779995/139‑5 (MQ=255) tCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGACACCACAAATGTATAGACTTTTTTAATAtt > 2:53550/1‑141 (MQ=255) cGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGACACCACAAATGTATAGACTTTTTTAATAttt > 4:256542/1‑141 (MQ=255) tgtTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTAAATAAAAATAAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATAAAAAAATAGACACCACAAATGTATATACTTTTTaaaaaaaaaa < 2:366863/141‑8 (MQ=255) gtTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATTAATGAAGAAATAGAAACAACAAATGTATATACTTTTTTAATATTTTGc > 2:139985/1‑141 (MQ=255) gtTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGACACCACAAATGTATAGACTTTTTTAATATTTTGc > 4:265384/1‑141 (MQ=255) tAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGACACCACAAATGTATAGACTTTTTTAATATTTTGCaa < 3:23240/141‑1 (MQ=255) aCGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGACACCACAAATGTATAGACTTTTTTAATATTTTGCaaaa < 1:215945/141‑1 (MQ=255) aCGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGACACCACAAATGTATAGACTTTTTTAATATTTTGCaaaa > 1:525110/1‑141 (MQ=255) gTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGACACCACAAATGTATAGACTTTTTTAATATTTTGCAAAAAGt < 1:3957/141‑1 (MQ=255) aGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGACACCACAAATGTATAGACTTTTTTAATATTTTGCAAAAAGTTa > 1:340948/1‑141 (MQ=255) ttATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTTTTTTTATTTATTTTTTTTTATAAATATACTTTACTAATTTATAGACTTTTTTAATATTTTTCAAAAAGTTAttc > 2:229317/1‑139 (MQ=255) tataC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGACACCACAAATGTATAGACTTTTTTAATATTTTGCAAAAAGTTATGcc < 1:818266/141‑1 (MQ=255) ataC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGACACCACAAATGTATAGACtttttt > 1:135053/1‑117 (MQ=255) ataC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGACACCACAAATGTATAGACTTTTTTAATATTTTGCAAAAAGTTATGCCa < 1:107094/141‑1 (MQ=255) taC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGACACCACAAATGTATAGACTTTTTTAATATTTTGCAAAAAGTTATGCCaa < 1:647248/141‑1 (MQ=255) taC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGACACCACAAATGTATAGACTTTTTTAATATTTTGCAAAAAGTTATGCCaa < 3:118680/141‑1 (MQ=255) gCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGACACCACAAATGTATAGACTTTTTTAATATTTTGCAAAAAGTTATGCCAAACGAAg > 1:124488/1‑141 (MQ=255) gCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGACACCACAAATGTATAGACTTTTTTAATATTTTGCAAAAAGTTATGCCAAACGAAg > 1:902679/1‑141 (MQ=255) gCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGACACCACAAATGTATAGACTTTTTTAATATTTTGCAAAAAGTTATGCCAAACGAAg > 2:813431/1‑141 (MQ=255) tGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGACACCACAAATGTATAGACTTTTTTAATATTTTGCAAAAAGTTATGCCAAACGAAGCa < 1:828074/141‑1 (MQ=255) tAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGACACCACAAATGTATAGACTTTTTTAATATTTTGCAAAAAGTTATGCCAAACGAAGCAGa < 1:875021/141‑1 (MQ=255) | AATCGAAGCTTCAAAATCAATGGACGAGTAGTTTTAATGATGTAAAATGATTGTTAGCAAAGAGCTTCATATTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGACACCACAAATGTATAGACTTTTTTAATATTTTGCAAAAAGTTATGCCAAACGAAGCAGA > USA300TCH1516_ALE/774679‑774959 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |