| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 774819 = | 117 (1.040) | 5 (0.050) | 5/244 | 15.7 | 4.5% | intergenic (+110/‑198) | fruA/nagA | PTS system fructose‑specific EIIABC component/N‑acetylglucosamine‑6‑phosphate deacetylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 774873 = | 107 (1.050) | intergenic (+164/‑144) | fruA/nagA | PTS system fructose‑specific EIIABC component/N‑acetylglucosamine‑6‑phosphate deacetylase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
TAGCAAAGAGCTTCATATTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGACACCACAAATGTATAGACTTTTTTAATATTTTGCAAAAAGTTATGCCAAACGAAGCAGATATAGTAAAATATGAGTGTCTTAAAGTGAAAATTTATAAATAAAGAAGGGTTTA > USA300TCH1516_ALE/774733‑775013 | tAGCAAAGAGCTTCATATTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGtttttat > 1:690850/1‑141 (MQ=255) aGCAAAGAGCTTCATATTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGtttttatt > 1:515953/1‑141 (MQ=255) gCAAAGAGCTTCATATTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGtttttattt > 2:802602/1‑141 (MQ=255) cAAAGAGCTTCATATTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGtttttatttt < 1:355245/141‑1 (MQ=255) aaGAGCTTCATATTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGtttttattttta > 2:779752/1‑141 (MQ=255) agagCTTCATATTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAg < 3:187604/141‑1 (MQ=255) gagCTTCATATTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGa < 2:394652/141‑1 (MQ=255) gagCTTCATATTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGa < 3:157282/141‑1 (MQ=255) ttCATATTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATaaa < 3:8395/141‑1 (MQ=255) tatTAAGTTGTATGTTCAATGAGTGTGCGAATGTATAATAGATGGGGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAaatgaa > 2:41159/1‑141 (MQ=255) tatTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAaatgaa < 1:884997/141‑1 (MQ=255) atTAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAaatgaat < 1:268940/141‑1 (MQ=255) ttAAGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAaatgaatg < 2:135849/141‑1 (MQ=255) aaGTTGTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAAttaatgaa > 4:172014/1‑141 (MQ=255) gTATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAAt > 1:440311/1‑141 (MQ=255) tATGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATa > 2:680325/1‑141 (MQ=255) tGTTCAATGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGa > 2:307219/1‑141 (MQ=255) ttCAATGNATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTCAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTTGGTTTATTTTTAGATTAATGAATGAAGAAATAGaca < 2:691285/141‑1 (MQ=255) aTGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGAcaccac < 1:330729/141‑1 (MQ=255) aTGAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGAcaccac < 1:265575/141‑1 (MQ=255) gAATATATGTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGACACCACaa < 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gTTAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGACACCACAAATGTATAg > 1:826095/1‑141 (MQ=255) ttAGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGACACCACAAATGTATAGa > 4:290553/1‑141 (MQ=255) aGTTTTATATATCTTGTTAACGGTAGCTTATAA‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGACACCACAAATGTATAGACt < 3:373136/141‑1 (MQ=255) aGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGACACCACAAATGTATAGACt > 1:35567/1‑141 (MQ=255) aGTTTTATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTCAGATAAATGAATGAAGAAATAGACACCACAAATGTATAGACt < 1:792061/141‑1 (MQ=255) ttATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGACACCACAAATGTATAGACttttt < 1:629259/141‑1 (MQ=255) ttATATATCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGACACCACAAATGTATAGACttttt < 2:237373/141‑1 (MQ=255) tatataTCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGACACCACAAATGTATAGACtttttt > 2:436985/1‑141 (MQ=255) tatataTCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGACACCACAAATGTATAGACtttttt < 3:223871/141‑1 (MQ=255) atatatCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGacac > 4:1756/1‑119 (MQ=255) atatatCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGACACCACAAATGTATAGACTTTTTTa > 2:474526/1‑141 (MQ=255) tatatCGTGTTAACGGTAGCTTATAC‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGACACCACAAATGTATAGACTTTTTTaa > 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c‑AAAGCTGTAAAAACACTTTCTATTTATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGACACCACAAATGTATAGACTTTTTTAATATTTTGCAAAAAGTTATGCCAAAc < 1:573750/141‑1 (MQ=255) gCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGACACCACAAATGTATAGACTTTTTTAATATTTTGCAAAAAGTTATGCCAAACGAAg > 1:124488/1‑141 (MQ=255) gCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGACACCACAAATGTATAGACTTTTTTAATATTTTGCAAAAAGTTATGCCAAACGAAg > 2:813431/1‑141 (MQ=255) gCTGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGACACCACAAATGTATAGACTTTTTTAATATTTTGCAAAAAGTTATGCCAAACGAAg > 1:902679/1‑141 (MQ=255) tGTAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGACACCACAAATGTATAGACTTTTTTAATATTTTGCAAAAAGTTATGCCAAACGAAGCa < 1:828074/141‑1 (MQ=255) tAAAAACACTTTCTATTAATTCAGTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGACACCACAAATGTATAGACTTTTTTAATATTTTGCAAAAAGTTATGCCAAACGAAGCAGa < 1:875021/141‑1 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(MQ=255) gTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGACACCACAAATGTATAGACTTTTTTAATATTTTGCAAAAAGTTATGCCAAACGAAGCAGATATAGTAAAATATGAGTGTCTTa < 4:239974/141‑1 (MQ=255) gTTTTTATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGACACCACAAATGTATAGACTTTTTTAATATTTTGCAAAAAGTTATGCCAAACGAAGCAGATATAGTAAAATATGAGTGTCTTa > 1:177659/1‑141 (MQ=255) tttttATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGACACCACAAATGTATAGACTTTTTTAATATTTTGCAAAAAGTTATGCCAAACGAAGCAGATATAGTAATATATGAGTGTCTTaa > 1:761442/1‑141 (MQ=255) tttttATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGACACCACAAATGTATAGACTTTTTTAATATTTTGCAAAAAGTTATGCCAAACGAAGCAGATATAGTAAAATATGAGTGTCTTaa < 2:905858/141‑1 (MQ=255) ttATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGACACCACAAATGTATAGACTTTTTTAATATTTTGCAAAAAGTTATGCCAAACGAAGCAGATATAGTAAAATATGAGTGTCTTAAAGt < 2:636675/141‑1 (MQ=255) tATGAATTGATATGAAAGTGTTTTTATTTTTAGATAAATGAATGAAGAAATAGACACCACAAATGTATAGACTTTTTTAATATTTTGCAAAAAGTTATGCCAAACGAAGCAGATATAGTAAAATATGAGTGTCTTAAAGTg < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |