| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1821730 | 107 (0.950) | 5 (0.050) | 5/258 | 16.3 | 4.5% | coding (309/1119 nt) | ald2 | Alanine dehydrogenase 2 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1821772 | 108 (1.000) | coding (267/1119 nt) | ald2 | Alanine dehydrogenase 2 | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
TTGTAGGAACTCTGCGCCAACTTGAGCTGACATTCTTCCTGCTACCTCACTCATTGGTGATAACAATGGTAAAGATCGGTCTGGTAACTGCACAGTCTCATATGCAATACTAATTACTTTTCTATCTATCAAAGCTTGTGTTAATTTTTCTTCATTTGCTAAATGAAGATAAGTGAATAATACAAGCCCTTCTTTAAAATATGGATATTCAGATTCAAGTGGTTCTTTAACTTTAATAACCATATCCACATCCCAAACTTTTGCTTGTTCAGCAACAAT > USA300TCH1516_ALE/1821592‑1821870 | ttGTAGGAACTCTGCGCCAACTTGAGCTGACATTCTTCCTGCTACCTCACTCATTGGTGATAACAATGGTAAAGATCGGTCTGGTAACTGCACAGTCTCATATGCAATACTAATTACTTTTCTATCTATCAAAGCTTgtgt > 3:210190/1‑141 (MQ=255)ttGTAGGAACTCTGCGCCAACTTGAGCTGACATTCTTCCTGCTACCTCACTCATTGGTGATAACAATGGTAAAGATCGGTCTGGTAACTGCACAGTCTCATATGCAATACTAATTACTTTTCTATCTATCAAAGCTTgtgt > 3:258521/1‑141 (MQ=255) tGTAGGAACTCTGCGCCAACTTGAGCTGACATTCTTCCTGCTACCTCACTCATTGGTGATAACAATGGTAAAGATCGGTCTGGTAACTGCACAGTCTCATATGCAATACTAATTACTTTTCTATCTATCAAAGCTTGTGtt < 2:655361/141‑1 (MQ=255) aGGAACTCTGCGCCAACTTGAGCTGACATTCTTCCTGCTACCTCACTCATTGGTGATAACAATGGTAAAGATCGGTCTGGTAACTGCACAGTCTCATATGCAATACTAATTACTTTTCTATCTATCAAAGCTTGTGTTAAt < 2:495403/141‑1 (MQ=255) ggAACTCTGCGCCAACTTGAGCTGACATTCTTCCTGCTACCTCACTCATTGGTGATAACAATGGTAAAGATCGGTCTGGTAACTGCACAGTCTCATATGCAATACTAATTACTTTTCTATCTATCAAAGCTTGTGTTAAtt > 2:456768/1‑141 (MQ=255) ggAACTCTGCGCCAACTTGAGCTGACATTCTTCCTGCTACCTCACTCATTGGTGATAACAATGGTAAAGATCGGTCTGGTAACTGCACAGTCTCATATGCAATACTAATTACTTTTCTATCTATCAAAGCTTGTGTTAAtt > 2:345832/1‑141 (MQ=255) ggAACTCTGCGCCAACTTGAGCTGACATTCTTCCTGCTACCTCACTCATTGGTGATAACAATGGTAAAGATCGGTCTGGTAACTGCACAGTCTCATATGCAATACTAATTACTTTTCTATCTATCAAAGCTTGTGTTAAtt > 1:608085/1‑141 (MQ=255) gAACTCTGCGCCAACTTGAGCTGACATTCTTCCTGCTACCTCACTCATTGGTGATAACAATGGTAAAGATCGGTCTGGTAACTGCACAGTCTCATATGCAATACTAATTACTTTTCTATCTATCAAAGCTTGTGTTAAttt < 3:243164/141‑1 (MQ=255) aaCTCTGCGCCAACTTGAGCTGACATTCTTCCTGCTACCTCACTCATTGGTGATAACAATGGTAAAGATCGGTCTGGTAACTGCACAGTCTCATATGCAATACTAATTACTTTTCTATCTATCAAAGCTTGTGTTAAtttt < 2:170999/141‑1 (MQ=255) cgcCAACTTGAGCTGACATTCTTCCTGCTACCTCACTCATTGGTGATAACAATGGTAAAGATCGGTCTGGTAACTGCACAGTCTCATATGCAATACTAATTACTTTTCTATCTATCAAAGCTTGTGTTAATTTTTCTTCAt > 1:120934/1‑141 (MQ=255) cgcCAACTTGAGCTGACATTCTTCCTGCTACCTCACTCATTGGTGATAACAATGGTAAAGATCGGTCTGGTAACTGCACAGTCTCATATGCAATACTAATTACTTTTCTATCTATCAAAGCTTGTGTTAATTTTTCTTCAt > 1:812604/1‑141 (MQ=255) gcCAACTTGAGCTGACATTCTTCCTGCTACCTCACTCATTGGTGATAACAATGGTAAAGATCGGTCTGGTAACTGCACAGTCTCATATGCAATACTAATTACTTTTCTATCTATCAAAGCTTGTGTTAATTTTTCTTCAtt < 2:241040/141‑1 (MQ=255) gcCAACTTGAGCTGACATTCTTCCTGCTACCTCACTCATTGGTGATAACAATGGTAAAGATCGGTCTGGTAACTGCACAGTCTCATATGAAATACTAAGTACTTTTCTATCTATCAAAGATTGTGTTCATTTTTCTTCAtt > 2:794611/1‑141 (MQ=255) aaCTTGAGCTGACATTCTTCCTGCTACCTCACTCATTGGTGATAACAATGGTAAAGATCGGTCTGGTAACTGCACAGTCTCATATGCAATACTAATTACTTTTCTATCTATCAAAGCTTGTGTTAATTTTTCTTCATTTGc < 2:821649/141‑1 (MQ=255) cTTGAGCTGACATTCTTCCTGCTACCTCACTCATTGGTGATAACAATGGTAAAGATCGGTCTGGTAACTGCACAGTCTCATATGCAATACTAATTACTTTTCTATCTATCAAAGCTTGTGTTAATTTTTCTTCATTTGCTa > 3:12152/1‑141 (MQ=255) cTTGAGCTGACATTCTTCCTGCTACCTCACTCATTGGTGATAACAATGGTAAAGATCGGTCTGGTAACTGCACAGTCTCATATGCAATACTAATTACTTTTCTATCTATCAAAGCTTGTGTTAATTTTTCTTCATTTGCTa > 3:12161/1‑141 (MQ=255) cTTGAGCTGACATTCTTCCTGCTACCTCACTCATTGGTGATAACAATGGTAAAGATCGGTCTGGTAACTGCACAGTCTCATATGCAATACTAATTACTTTTCTATCTATCAAAGCTTGTGTTAATTTTTCTTCATTTGCTa < 2:117207/141‑1 (MQ=255) ttcttcCTGCTACCTCACTCATTGGTGATAACAATGGTAAAGATCGGTCTGGTAACTGCACAGTCTCATATGCAATACTAATTACTTTTCTATCTATCAAAGCTTGTGTTAATTTTTCTTCATTTGCTAAATGAAGATAAg > 1:808095/1‑141 (MQ=255) tcttcCTGCTACCTCACTCATTGGTGATAACAATGGTAAAGATCGGTCTGGTAACTGCACAGTCTCATATGCAATACTAATTACTTTTCTATCTATCAAAGCTTGTGTTAATTTTTCTTCATTTGCTAAATGAAGATAAGt < 2:617539/141‑1 (MQ=255) cttcCTGCTACCTCACTCATTGGTGATAACAATGGTAAAGATCGGTCTGGTAACTGCACAGTCTCATATGCAATACTAATTACTTTTCTATCTATCAACCCTTGTGTTAATTTTTCTTCATTTGCTAAATGAAGATAAGTg < 1:671103/141‑1 (MQ=255) ttcCTGCTACCTCACTCATTGGTGATAACAATGGTAAAGATCGGTCTGGTAACTGCACAGTCTCATATGCAATACTAATTACTTTTCTATCTATCAAAGCTTGTGTTAATTTTTCTTCATTTGCTAAATGAAGATAAGTGa < 2:31031/141‑1 (MQ=255) ccTGCTACCTCACTCATTGGTGATAACAATGGTAAAGATCGGTCTGGTAACTGCACAGTCTCATATGCAATACTAATTACTTTTCTATCTATCAAAGCTTGTGTTAATTTTTCTTCATTTGCTAAATGAAGATAAGTGaat > 2:242847/1‑141 (MQ=255) aCCTCACTCATTGGTGATAACAATGGTAAAGATCGGTCTGGTAACTGCACAGTCTCATATGCAATACTAATTACTTTTCTATCTATCAAAGCTTGTGTTAATTTTTCTTCATTTGCTAAATGAAGATAAGTGAATAATACa > 1:236399/1‑141 (MQ=255) aCCTCACTCATTGGTGATAACAATGGTAAAGATCGGTCTGGTAACTGCACAGTCTCATATGCAATACTAATTACTTTTCTATCTATCAAAGCTTGTGTTAATTTTTCTTCATTTGCTAAATGAAGATAAGTGAATAATACa < 2:209118/141‑1 (MQ=255) aCCTCACTCATTGGGGATAACAATGGTAAAGATCGGTCTGGTAACTGCACAGTCTCATATGCAATACTAATTACTTTTCTATCTATCAAAGCTTGTGTTAATTTTTCTTCATTTGCTAAATGAAGTTAAGTGAATAATACa > 2:444322/1‑141 (MQ=255) ccTCGCTCATTGGTGATAACAATGGTAAAGATCGGGCTGGTAACTGCCCAGTCTCATATGCAATGCTAATTACTGTTCTATCTATCAAAGCTTGTGTTAATTTCTCTTCATTTGCTAAATGAAGATAAGTGAATAATACaa > 2:183608/1‑141 (MQ=255) ccTCACTCATTGGTGATAACAATGGTAAAGATCGGTCTGGTAACTGCACAGTCTCATATGCAATACTAATTACTTTTCTATCTATCAAAGCTTGTGTTAATTTTTCTTCATTTGCTAAATGAAGATAAGTGAATAATACaa > 2:914528/1‑141 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1:25065/1‑141 (MQ=255) ttGGTGATAACAATGGTAAAGATCGGTCTGGTAACTGCACAGTCTCATATGCAATACTAATTACTTTTCTATCTATCAAAGCTTGTGTTAATTTTTCTTCATTTGCTAAATGAAGATAAGTGAATAATACAAGCCcttctt > 1:557077/1‑141 (MQ=255) gTGATAACAATGGTAAAGATCGGTCTGGTAACTGCACAGTCTCATATGCAATACTAATTACTTTTCTATCTATCAAAGCTTGTGTTAATTTTTCTTCATTTGCTAAATGAAGATAAGTGAATAATACAAGCCCTTCTTTaa > 2:830859/1‑141 (MQ=255) tGATAACAATGGTAAAGATCGGTCTGGTAACTGCACAGTCTCATATGCAATACTAATTACTTTTCTATCTATCAAAGCTTGTGTTAATTTTTCTTCATTTGCTAAATGAAGATAAGTGAATAATACAAGCCCTTCTTTaaa > 3:214130/1‑141 (MQ=255) tGATAACAATGGTAAAGATCGGTCTGGTAACTGCACAGTCTCATATGCAATACTAATTACTTTTCTATCTATCAAAGCTTGTGTTAATTTTTCTTCATTTGCTAAATGAAGATAAGTGAATAATACAAGCCCTTCTTTaaa > 1:719252/1‑141 (MQ=255) cAATGGTAAAGATCGGTCTGGTAACTGCACAGTCTCATATGCAATACTAATTACTTTTCTATCTATCAAAGCTTGTGTTAATTTTTCTTCATTTGCTAAATGAAGATAAGTGAATAATACAAGCCCTTCTTTAAAATAggg < 4:337359/141‑1 (MQ=255) aaTGGTAAAGATCGGTCTGGTAACTGCACAGTCTCATATGCAATACTAATTACTTTTCTATCTATCAAAGCTTGTGTTAATTTTTCTTCATTTGCTAAATGAAGATAAGTGAATAATACAAGCCCTTCTTTAAAATATGGa > 3:331500/1‑141 (MQ=255) gTAAAGATCGGTCTGGTAACTGCACAGTCTCATATGCAATACTAATTACTTTTCTATCTATCAAAGCTTGTGTTAATTTTTCTTCATTTGCTAAATGAAGATAAGTGAATAATACAAGCCCTTCTTTAAAATATGGATAtt < 1:913004/141‑1 (MQ=255) gTAAAGATCGGTCTGGTAACTGCACAGTCTCATATGCAATACTAATTACTTTTCTATCTATCAAAGCTTGTGTTAATTTTTCTTCATTTGCTAAATGAAGATAAGTGAATAATACAAGCCCTTCTTTAAAATATGGATAtt < 1:720151/141‑1 (MQ=255) tAAAGATCGGTCTGGTAACTGCACAGTCTCATATGCAATACTAATTACTTTTCTATCTATCAAAGCTTGTGTTAATTTTTCTTCATTTGCTAAATGAAGATAAGTGAATAATACAAGCCCTTCTTTAAAATATGGATATTc < 1:329710/141‑1 (MQ=255) tAAAGATCGGTCTGGTAACTGCACAGTCTCATATGCAATACTAATTACTTTTCTATCTATCAAAGCTTGTGTTAATTTTTCTTCATTTGCTAAATGAAGATAAGTGAATAATACAAGCCCTTCTTTAAAATATGGATATTc < 4:147581/141‑1 (MQ=255) aaaGATCGGTCTGGTAACTGCACAGTCTCATATGCAATACTAATTACTTTTCTATCTATCAAAGCTTGTGTTAATTTTTCTTCATTTGCTAAATGAAGATAAGTGAATAATACAAGCCCTTCTTTAAAATATGGATATTCa > 4:182314/1‑141 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acaGTCTCATATGCAATACTAATTACTTTTCTATCTATCAAAGCTTGTGTTAATTTTTCTTCATTTGCTAAATGAAGATAAGTGAATAATACAAGCCCTTCTTTAAAATATGGATATTCAGATTCAAGTGGTTctttaact < 4:210190/141‑1 (MQ=255) acaGTCTCATATGCAATACTAATTACTTTTCTATCTATCAAAGCTTGTGTTAATTTTTCTTCATTTGCTAAATGAAGATAAGTGAATAATACAAGCCCTTCTTTAAAATATGGATATTCAGATTCAAGTGGTTctttaact < 4:258521/141‑1 (MQ=255) caGTCTCATATGCAATACTAATTACTTTTCTATCTATCAAAGCTTGTGTTAATTTTTCTTCATTTGCTaaa > 3:365532/1‑71 (MQ=255) caGTCTCATATGCAATACTAATTACTTTTCTATCTATCAAAGCTTGTGTTAATTTTTCTTCATTTGCTaaa < 4:365532/71‑1 (MQ=255) caGTCTCATATGCAATACTAATTACTTTTCTATCTATCAAAGCTTGTGTTAATTTTTCTTCATTTGCTAAATGAAGATAAGTGAATAATACAAGCCCTTCTTTAAAATATGGATATTCAGATTCAAGTGGTTctttaactt > 1:368731/1‑141 (MQ=255) tctcATATGCAATACTAATTACTTTTCTATCTATCAAAGCTTGTGTTAATTTTTCTTCATTTGCTAAATGAAGATAAGTGAATAATACAAGCCCTTCTTTAAAATATGGATATTCAGATTCAAGTGGTTctttaactttaa > 2:153680/1‑141 (MQ=255) 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aTTACTTTTCTATCTATCAAAGCTTGTGTTAATTTTTCTTCATTTGCTAAATGAAGATAAGTGAATAATACAAGCCCTTCTTTAAAATATGGATATTCAGATTCAAGTGGTTCTTTAACTTTAATAACCATATCCACATcc < 2:405990/141‑1 (MQ=255) ttACTTTTCTATCTATCAAAGCTTGTGTTAATTTTTCTTCATTTGCTAAATGAAGATAAGTGAATAATACAAGCCCTTCTTTAAACTATGGCAATTCGACTTCAAGTGTGCCGTTAACTGTAATAACCATATCCACATccc > 3:75868/1‑141 (MQ=255) ttACTTTTCTATCTATCAAAGCTTGTGTTAATTTTTCTTCATTTGCTAAATGAAGATAAGTGAATAATACAAGCCCTTCTTTAAAATATGGATATTCAGATTCAAGTGGTTCTTTAACTTTAATAACCATATCCACATccc > 2:433604/1‑141 (MQ=255) tACTTTTCTATCTATCAAAGCTTGTGTTAATTTTTCTTCATTTGCTAAATGAAGATAAGTGAATAATACAAGCCCTTCTTTAAAATATGGATATTCAGATTCAAGTGGTTCTTTAACTTTAATAACCATATCCACATCCCa > 2:13137/1‑141 (MQ=255) tACTTTTCTATCTATCAAAGCTTGTGTTAATTTTTCTTCATTTGCTAAATGAAGATAAGTGAATAATACAAGCCCTTCTTTAAAATATGGATATTCAGATTCAAGTGGTTCTTTAACTTTAATAACCATATCCACATCCCa < 4:331500/141‑1 (MQ=255) tACTTTTCTATCTATCAAAGCTTGTGTTAATTTTTCTTCATTTGCTAAATGAAGATAAGTGAATAATACAAGCCCTTCTTTAAAATATGGATATTCAGATTCAAGTGGTTCTTTAACTTTAATAACCATATCCACATCCCa < 2:463841/141‑1 (MQ=255) tttCTATCTATCAAAGCTTGTGTTAATTTTTCTTCATTTGCTAAATGAAGATAAGTGAATAATACAAGCCCTTCTTTAAAATATGGATATTCAGATTCAAGTGGTTCTTTAACTTTAATAACCATATCca < 2:621591/130‑1 (MQ=255) tttCTATCTATCAAAGCTTGTGTTAATTTTTCTTCATTTGCTAAATGAAGATAAGTGAATAATACAAGCCCTTCTTTAAAATATGGATATTCAGATTCAAGTGGTTCTTTAACTTTAATAACCATATCca > 1:621591/1‑130 (MQ=255) tttCTATCTATCAAAGCTTGTGTTAATTTTTCTTCATTTGCTAAATGAAGATAAGTGAATAATACAAGCCCTTCTTTAAAATATGGATATTCAGATTCAAGTGGTTCTTTAACTTTAATAACCATATCCACATCCCAAACt < 1:321863/141‑1 (MQ=255) ttCTATCTATCAAAGCTTGTGTTAATTTTTCTTCATTTGCTAAATGAAGATAAGTGAATAATACAAGCCCTTCTTTAAAATATGGATATTCAGATTCAAGTGGTTCTTTAACTTTAATAACCATATCCACATCCCAAACtt < 4:214130/141‑1 (MQ=255) tctatctaTCAAAGCTTGTGTTAATTTTTCTTCATTTGCTAAATGAAGATAAGTGAATAATACAAGCCCTTCTTTAAAATATGGATATTCAGATTCAAGTGGTTCTTTAACTTTAATAACCATATCCACATCCCAAACttt < 2:433428/141‑1 (MQ=255) ctatctatCAAAGCTTGTGTTAATTTTTCTTCATTTGCTAAATGAAGATAAGTGAATAATACAAGCCCTTCTTTAAAATATGGATATTCAGATTCAAGTGGTTCTTTAACTTTAATAACCATATCCACATCCCAAACtttt > 3:125058/1‑141 (MQ=255) 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tgtgTTAATTTTTCTTCATTTGCTAAATGAAGATAAGTGAATAATACAAGCCCTTCTTTAAAATATGGATATTCAGATTCAAGTGGTTCTTTAACTTTAATAACCATATCCACATCCCAAACTTTTGCTTGTTCAGcaaca > 1:713121/1‑141 (MQ=255) gtgtTAATTTTTCTTCATTTGCTAAATGAAGATAAGTGAATAATACAAGCCCTTCTTTAAAATATGGATATTCAGATTCAAGTGGTTCTTTAACTTTAATAACCATATCCACATCCCAAACTTTTGCTTGTTCAGcaacaa > 1:529762/1‑141 (MQ=255) tgtTAATTTTTCTTCATTTGCTAAATGAAGATAAGTGAATAATACAAGCCCTTCTTTAAAATATGGATATTCAGATTCAAGTGGTTCTTTAACTTTAATAACCATATCCACATCCCAAACTTTTGCTTGTTCAGCAACAAt < 3:55594/141‑1 (MQ=255) | TTGTAGGAACTCTGCGCCAACTTGAGCTGACATTCTTCCTGCTACCTCACTCATTGGTGATAACAATGGTAAAGATCGGTCTGGTAACTGCACAGTCTCATATGCAATACTAATTACTTTTCTATCTATCAAAGCTTGTGTTAATTTTTCTTCATTTGCTAAATGAAGATAAGTGAATAATACAAGCCCTTCTTTAAAATATGGATATTCAGATTCAAGTGGTTCTTTAACTTTAATAACCATATCCACATCCCAAACTTTTGCTTGTTCAGCAACAAT > USA300TCH1516_ALE/1821592‑1821870 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |