| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 133002 = | 356 (1.000) | 21 (0.060) | 11/152 | NT | 5.8% | coding (118/996 nt) | yfiZ_1 | putative siderophore transport system permease protein YfiZ |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 133036 = | 340 (1.000) | coding (84/996 nt) | yfiZ_1 | putative siderophore transport system permease protein YfiZ | |||||
ATCGTTATTGCTGGTTTATGTCTTGCAATAGTAGCTATCTTAAGTTTAATGATTGGAAATACGCTTGTGTCACCAGGTACGGTGATACAGGCGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/133095‑133002‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gcgtATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTATTTTGGTTTAAGTAGCATCGTAAA > USA300TCH1516_ALE/133036‑133125 ATCGTTATTGCTGGTTTATGTCTTGCAATAGTAGCTATCTTAAGTTTAATGATTGGAAATACGCTTGTGTCACCAGGTACGGTGATACAGG > 2:1428818/1‑91ATCGTTATTGCTGGTTTATGTCTTGCAATAGTAGCTATCTTAAGTTTAATGATTGGAAATACGCTTGTGTCACCAGGTACGGTGATACAGG > 1:4427840/1‑91 TCGTTATTGCTGGTTTATGTCTTGCAATAGTAGCTATCTTAAGTTTAATGATTGGAAATACGCTTGTGTCACCAGGTACGGTGATACAGGC < 1:4192618/91‑1 TCGTTATTGCTGGTTTATGTCTTGCAATAGTAGCTATCTTAAGTTTAATGATTGGAAATACGCTTGTGTCACCAGGTACGGTGATACAGGC < 1:1168492/91‑1 TCGTTATTGCTGGTTTATGTCTTGCAATAGTAGCTATCTTAAGTTTAATGATTGGAAATACGCTTGTGTCACCAGGTACGGTGATACAGGC < 1:4192774/91‑1 TCGTTATTGCTGGTTTATGTCTTGCAATAGTAGCTATCTTAAGTTTAATGATTGGAAATACGCTTGTGTCACCAGGTACGGTGATACAGGC < 1:347364/91‑1 TCGTTATTGCTGGTTTATGTCTTGCAATAGTAGCTATCTTAAGTTTAATGATTGGAAATACGCTTGTGTCACCAGGTACGGTGATACAGGC < 1:2392021/91‑1 CGTTATTGCTGGTTTATGTCTTGCAATAGTAGCTATCTTAAGTTTAATGATTGGAAATACGCTTGTGTCACCAGGTACGGTGATACAGGCG < 1:3693378/91‑1 CGTTATTGCTGGTTTATGTCTTGCAATAGTAGCTATCTTAAGTTTAATGATTGGAAATACGCTTGTGTCACCAGGTACGGTGATACAGGCG < 1:3699822/91‑1 CGTTATTGCTGGTTTATGTCTTGCAATAGTAGCTATCTTAAGTTTAATGATTGGAAATACGCTTGTGTCACCAGGTACGGTGATACAGGCG < 2:4980411/91‑1 GTTATTGCTGGTTTATGTCTTGCAATAGTAGCTATCTTAAGTTTAATGATTGGAAATACGCTTGTGTCACCAGGTACGGTGATACAGGCGT > 2:6233067/1‑91 GTTATTGCTGGTGTATGTCTTGCAATAGTAGCTATCTTAAGTTTAATGATTGGAAATACGCTTGTGTCACCAGGTACGGTGATACAGGCGT < 2:5394733/91‑1 GTTATTGCTGGTGTATGTCTTGCAATAGTAGCTATCTTAAGTTTAATGATTGGAAATACGCTTGTGTCACCAGGTACGGTGATACAGGCGT < 2:4453870/91‑1 TGTCTTGCAATAGTAGCTATCTTAAGTTTAATGATTGGAAATACGCTTGTGTCACCAGGTACGGTGATACAGGC < 2:6017809/74‑1 TGTCTTGCAATAGTAGCTATCTTAAGTTTAATGATTGGAAATACGCTTGTGTCACCAGGTACGGTGATACAGGC > 1:6017809/1‑74 GCTATCTTAAGTTTAATGATTGGAAATACGCTTGTGTCACCAGGTACGGTGATACAGGCGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTAC > 1:4684269/1‑91 AAGTTTAATGGTTGCAGATACGCCTGTGTCACCAGGTACGGGGATACAGGCGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAA < 1:4170826/91‑1 ATACGCTTGTGTCACCAGGTACGGTGATACAGGCGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATA > 2:3578834/1‑91 CGCTTGTGTCACCAGGTACGGTGATACAGGCGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACG > 1:2357011/1‑91 CGCTTGTGTCACCAGGTACGGTGATACAGGCGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACG > 2:2167616/1‑91 CGCTTGTGTCACCAGGTACGGTGATACAGGCGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACG > 2:2687715/1‑91 TGTGTCACCAGGTACGGTGATACAGGCGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTT > 1:25931/1‑91 GTCACCAGGTACGGTGATACAGGCGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGT > 2:5996473/1‑91 TCACCAGGTACGGTGATACAGGCGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTA > 1:5923343/1‑91 TCACCAGGTACGGTGATACAGGCGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTA > 1:5922704/1‑91 CACCAGGTACGGTGATACAGGCGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTAT > 2:5912429/1‑91 ACCAGGTACGGTGATACAGGCGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCTAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTATT > 1:6486176/1‑91 ACCAGGTACGGTGATACAGGCGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTATT > 1:805065/1‑91 ACCAGGTACGGTGATACAGGCGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTATT > 1:4803418/1‑91 ACCAGGTACGGTGATACAGGCGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTATT > 1:4800471/1‑91 ACCAGGTACGGTGATACAGGCGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTATT > 2:3652119/1‑91 ACCAGGTACGGTGATACAAGCGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCTAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGAATT > 1:6498037/1‑91 CCAGGTACGGTGATACAGGCGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTATTT > 1:4357097/1‑91 CCAGGTACGGTGATACAGGCGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTATTT > 2:2460235/1‑91 CCAGGTACGGTGATACAAGCGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTATTT > 2:4569378/1‑91 GGTACGGTGATACAGGCGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTATTTTGG > 1:2695384/1‑91 GCGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTATTTTGGTTTAAGTAGCATCGT < 2:6307441/91‑1 GCGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTATTTTGGTTTAAGTAGCATCGT > 2:2112845/1‑91 GCGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTATTTTGGTTTAAGTAGCATCGT > 2:2502154/1‑91 CGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTATTTTGGTTTAAGTAGCATCGTA > 1:459399/1‑91 CGTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTATTTTGGTTTAAGTAGCATCGTA > 1:459208/1‑91 CGTATTACCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTATTTTGGTTTAAGTAGCATCGTA < 2:2353418/91‑1 GTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTATTTTGGTTTAAGTAGCATCGTAA > 2:2997634/1‑91 GTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTATTTTGGTTTAAGTAGCATCGTAA > 1:2684029/1‑91 GTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTATTTTGGTTTAAGTAGCATCGTAA > 1:5021667/1‑91 GTATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACACAAACCAGCAATAACGATTTGGTATTTTGGTTTAAGTAGCATCGTAA > 2:2691274/1‑91 TATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTATTTTGGTTTAAGTAGCATCGTAAA < 1:4435144/91‑1 TATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTATTTTGGTTTAAGTAGCATCGTAAA < 1:4069435/91‑1 TATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTATTTTGGTTTAAGTAGCATCGTAAA > 2:2018779/1‑91 TATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTATTTTGGTTTAAGTAGCATCGTAAA > 1:4975126/1‑91 TATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTATTTTGGTTTAAGTAGCATCGTAAA > 1:2631630/1‑91 ATCGTTATTGCTGGTTTATGTCTTGCAATAGTAGCTATCTTAAGTTTAATGATTGGAAATACGCTTGTGTCACCAGGTACGGTGATACAGGCGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/133095‑133002‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gcgtATTTCCAATCATTAAACTTAAGATAGCTACTATTGCAAGACATAAACCAGCAATAACGATTTGGTATTTTGGTTTAAGTAGCATCGTAAA > USA300TCH1516_ALE/133036‑133125 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |