| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1804868 | 132 (0.370) | 19 (0.060) | 6/146 | NT | 11.5% | intergenic (‑156/+485) | USA300TCH1516_01684/pyk | hypothetical protein/Pyruvate kinase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1893298 | 172 (0.530) | intergenic (‑159/+188) | USA300TCH1516_01750/ytpA | hypothetical protein/Phospholipase YtpA | |||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
CAGAAAATTCATTTTATTGAATTTTACATTTATGTGCAAGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1804772‑1804868‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttaatac‑TACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACTTTGAAAAAATAAGACATTTTTCCCAACTTGCACATAAATGTAAAATTCAATAAAAT < USA300TCH1516_ALE/1893298‑1893209 CAGAAAATTCATTTTATTGAATTTTACATTTATGTGCAAGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGT < 1:6681846/91‑1CAGAAAATTCATTTTATTGAATTTTACATTTATGTGCAAGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGT < 2:6843618/91‑1CAGAAAATTCATTTTATTGAATTTTACATTTATGTGCAAGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGT < 2:3681611/91‑1CAGAAAATTCATTTTATTGAATTTTACATTTATGTGCAAGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGT < 2:6809301/91‑1CAGAAAATTCATTTTATTGAATTTTACATTTATGTGCAAGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGT < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |