| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1804868 | 132 (0.370) | 19 (0.060) | 6/146 | NT | 11.5% | intergenic (‑156/+485) | USA300TCH1516_01684/pyk | hypothetical protein/Pyruvate kinase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1893298 | 172 (0.530) | intergenic (‑159/+188) | USA300TCH1516_01750/ytpA | hypothetical protein/Phospholipase YtpA | |||||
Only 100 of 282 total aligned reads displayed.
CATTTTATTGAATTTTACATTTATGTGCAAGTTGGGAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGACGGCACCCTAGGAAAGCGAAGCCATTCAATACGAA > USA300TCH1516_ALE/1893208‑1893388 | cATTTTATTGAATTTTACATTTATGTGCAAGTTGGGAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACgta < 1:2684279/91‑1 (MQ=255) aataaaaTGAATTTTACATTTATGTGCAAGTTGGGAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACgtag < 1:4889742‑M1/84‑1 (MQ=255) aTTTTATTGAATTTTACATTTATGTGCAAGTTGGGAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAg < 2:297019‑M2/91‑2 (MQ=255) aTTTTATTGAATTTTACATTTATGTGCAAGTTGGGAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAg < 2:4362527‑M2/91‑2 (MQ=255) aTTTTATTGAATTTTACATTTATGTGCAAGTTGGGAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAg < 1:3259758‑M2/91‑2 (MQ=255) aTTTTATTGAATTTTACATTTATGTGAAAGTAAAGAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAg > 2:1192651‑M2/1‑90 (MQ=255) 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ttATTGAATTTTACATTTATGTGCAAGTTGGGAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAgtat > 2:3668663‑M2/1‑87 (MQ=255) tATTGAATTTTACATTTATGTGCAAGTTGGGAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAgtatt > 2:5453980‑M2/1‑86 (MQ=255) aTTGAATTTTACATTTATGTGCAAGTTGGGAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAgtatta > 2:1400767‑M2/1‑85 (MQ=255) aTTGAATTTTACATTTATGTGCAAGTTGGGAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAgtatta > 1:1708014‑M2/1‑85 (MQ=255) aTTGAATTTTACATTTATGTGCAAGTTGGGAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAgtatta > 2:6420457‑M2/1‑85 (MQ=255) aTTGAATTTTACATTTATGTGCAAGTTGGGAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAgtatta > 1:1811726‑M2/1‑85 (MQ=255) ttGAATTTTACATTTATGTGCAAGTTGGGAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTACAATCACATGTTAATACGTAgtattaa < 2:6891003‑M2/91‑8 (MQ=255) ttGAATTTTACATTTATGTGCAAGTTGGGAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAgtattaa > 1:4680424‑M2/1‑84 (MQ=255) ttGAATTTTACATTTATGTGCAAGTTGGGAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAgtattaa < 1:4202568‑M2/91‑8 (MQ=255) GAATTTTACATTTATGTGCAAGTTGGGAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATg > 2:4290684‑M1/1‑91 (MQ=255) GAATTTTACATTTATGTGCAAGTTGGGAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATg > 1:3745520‑M1/1‑91 (MQ=255) GAATTTTACATTTATGTGCAAGTTGGGAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATg < 2:5897861‑M1/91‑1 (MQ=255) ATTTTACATTTATGTGCAAGTTGGGAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGc > 1:5209407‑M1/1‑91 (MQ=255) ATTTTACATTTATGTGCAAGTTGGGAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGc < 2:4554517‑M1/91‑1 (MQ=255) TTTTACATTTATGTGCAAGTTGGGAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCg < 2:5686579‑M1/91‑1 (MQ=255) TTTACATTTATGTGCAAGTTGGGAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCga > 2:4183636‑M1/1‑91 (MQ=255) TTACATTTATGTGCAAGTTGGGAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCgag > 1:193311‑M1/1‑91 (MQ=255) TACATTTATGTGCAAGTTGGGAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCgaga > 2:4601736‑M1/1‑91 (MQ=255) aCATTTATGTGCAAGTTGGGAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGAc < 2:2810482/91‑1 (MQ=255) cATTTATGTGCAAGTTGGGAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACt < 2:6782105/91‑1 (MQ=255) cATTTATGTGCAAGTTGGGAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACt > 2:606818/1‑91 (MQ=255) tttATGTGCAAGTTGGGAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTcc > 1:676196/1‑91 (MQ=255) tttATGTGCAAGTTGGGAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTcc > 2:3828802/1‑91 (MQ=255) tttATGTGCAAGTTGGGAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTcc > 1:5548026/1‑91 (MQ=255) tttATGTGCAAGTTGGGAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATCTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTcc > 1:6170615/1‑91 (MQ=255) tATGTGCAAGTTGGGAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTg > 1:4954767/1‑91 (MQ=255) tATGTGCAAGTTGGGAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTg < 1:2185239/91‑1 (MQ=255) tATGTGCAAGTTGGGAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTg > 2:6333461/1‑91 (MQ=255) tATGTGCAAGTTGGGAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTg > 1:5951849/1‑91 (MQ=255) aTGTGCAAGTTGGGAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGa > 2:4007723/1‑91 (MQ=255) tgtgCAAGTTGGGAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAg > 2:3746482/1‑91 (MQ=255) tgtgCAAGTTGGGAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAg < 1:789151/91‑1 (MQ=255) gtgCAAGTTGGGAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAgg < 1:6380075/91‑1 (MQ=255) gtgCAAGTTGGGAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAgg < 2:1122403/91‑1 (MQ=255) gtgCAAGTTGGGAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAgg < 1:5709260/91‑1 (MQ=255) gtgCAAGTTGGGAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAgg < 2:3470305/91‑1 (MQ=255) gtgCAAGTTGGGAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAgg < 1:4411960/91‑1 (MQ=255) gtgCAAGTTGGGAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAgg < 1:1502335/91‑1 (MQ=255) tgCAAGTTGGGAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAggg < 1:3628177/91‑1 (MQ=255) gCAAGTTGGGAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGa < 1:4012977/91‑1 (MQ=255) 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gtaAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAgtattaacatgtaattttacttttacatactttaaaaaataagacactttgcccaacttaca < 2:2732246‑M2/90‑63 (MQ=255) aTACGTAgtattaacatgtaattttacttttacatactttaaaaaaataaaacactttgcctaacttgcacataaatataaaattcaataa < 2:5180732‑M2/91‑85 (MQ=255) cGTAgtattaacatgtaattttacttttacatactttaaaaaaataaaacactttgcccaacttgcacataaatgtacaattcaataaaat < 1:937385‑M2/91‑88 (MQ=255) cGTAgtattaacatgtaattttacttttacatactttaaaaaaataaaacactttgcccaacttgcacataaatgtaaaattcaataaaat < 2:880603‑M2/91‑88 (MQ=255) gtagtattaacatgtaattttacttttacatactttaaaaaaataaaacactttgcccaacttgcacataaatgtaaaattcaataaaatg < 1:2416853‑M2/91‑89 (MQ=255) agtattaacatgtaattttacttttacatactttaaaaaaataaaacactttgcccaacttgcacataaatgtaaaattcaataaaatgaa < 1:5120671‑M2/91‑91 (MQ=255) | CATTTTATTGAATTTTACATTTATGTGCAAGTTGGGAAAAATGTCTTATTTTTTCAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGACGGCACCCTAGGAAAGCGAAGCCATTCAATACGAA > USA300TCH1516_ALE/1893208‑1893388 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |