| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1804868 | 132 (0.370) | 19 (0.060) | 6/146 | NT | 11.5% | intergenic (‑156/+485) | USA300TCH1516_01684/pyk | hypothetical protein/Pyruvate kinase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1893298 | 172 (0.530) | intergenic (‑159/+188) | USA300TCH1516_01750/ytpA | hypothetical protein/Phospholipase YtpA | |||||
Only 100 of 308 total aligned reads displayed.
ATTCATTTTATTGAATTTTACATTTATGTGCAAGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGACGGCACCCTAGGAAAGCGAAGCCATTCAATAC > USA300TCH1516_ALE/1804778‑1804958 | aTTCATTTTATTGAATTTTACATTTATGTGCAAGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATAC > 2:2154703‑M1/1‑91 (MQ=255) ttCATTTTATTGAATTTTACATTTATGTGCAAGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACt < 1:5120332‑M1/91‑2 (MQ=255) cATTTTATTGAATTTTACATTTATGTGCAAGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACgta > 2:4545786/1‑91 (MQ=255) aTTTTATTGAATTTTACATTTATGTGCAAGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACtacg < 2:880603‑M1/91‑5 (MQ=255) aTTTTATTGAATTTTACATTTATGTGCAAGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACtacg < 1:2772196‑M1/91‑5 (MQ=255) aTTTTATTGAATTTTACATTTATGTGCAAGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAG > 2:5709359‑M1/1‑91 (MQ=255) aTTTTATTGAATTTTACATTTATGTGCAAGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAG > 1:3237389‑M1/1‑91 (MQ=255) ttttATTGAATTTTACATTTATGTGCAAGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGT > 2:4760134‑M1/1‑91 (MQ=255) ttttATTGAATTTTACATTTATGTGCAAGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGT > 2:4463423‑M1/1‑91 (MQ=255) ttttATTGAATTTTACATTTATGTGCAAGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGT < 1:2287781‑M1/91‑1 (MQ=255) ttttATTGAATTTTACATGTATGTGCAAGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGT < 2:2599408‑M1/91‑1 (MQ=255) ttttATTGAATTTTAATTTTATGTGAAAGTTGGGCAAAGTGTTTTATATTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGT < 1:5449002‑M1/91‑1 (MQ=255) tttATTGAATTTTACATTTATGTGCAAGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTA < 2:1120629‑M1/91‑1 (MQ=255) taaaaTGAATTTTACATTTATGTGCAAGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACgtagta < 1:2248998‑M1/86‑1 (MQ=255) taaaaTGAATTTTACATTTATGTGCAAGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACgtagta < 1:1014010‑M1/86‑1 (MQ=255) ttATTGAATTTTATATTTATGTGCAAGTTAGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACtacgtat < 2:5180732‑M1/91‑8 (MQ=255) ttATTGAATTTTACATTTATGTGCAAGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTAT < 2:188642‑M1/91‑1 (MQ=255) ttATTGAATTTAACATTTATGTGCAAGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTAT > 2:6947041‑M1/1‑91 (MQ=255) tagtgaaTTTTACATTTATGTGCAAGTTGGGCAAAGGGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACtacgtatt < 2:588338‑M1/88‑9 (MQ=255) aTTGAATTTTACATTTATGTGCTAGTCGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTA < 2:6890216‑M1/91‑1 (MQ=255) aTTGAATTTTACATTTATGTGCAAGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTA < 2:3959860‑M1/91‑1 (MQ=255) ttGAATTTTACATTTATGTGCAAGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAA > 1:6848358‑M1/1‑91 (MQ=255) GAATTTTACATTTATGTGCAAGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATg > 1:4370656‑M1/1‑91 (MQ=255) ATTTTACATTTATGTGCAAGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGc < 1:6008511‑M1/91‑1 (MQ=255) ATTTTACATTTATGTGCAAGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAACACGTAGTACTAATGGc < 2:6660046‑M1/91‑1 (MQ=255) TTTACATTTATGTGCAAGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCga > 2:5116013‑M1/1‑91 (MQ=255) TTACATTTATGTGCAAGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCgag > 2:6094271‑M1/1‑91 (MQ=255) tACATTTATGTGCAAGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACtacgtattaacatgtaat < 2:3886566‑M1/91‑19 (MQ=255) TACATTTATGTGCAAGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCgaga > 2:279452‑M1/1‑91 (MQ=255) TACATTTATGTGCAAGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCgaga > 1:1712140‑M1/1‑91 (MQ=255) aCATTTATGTGCAAGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTTGTATTAATGGCGAGAc > 1:1446461/1‑91 (MQ=255) aCATTTATGTGCAAGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGAc > 1:6675294/1‑91 (MQ=255) aCATTTATGTGCAAGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGAc > 1:3467217/1‑91 (MQ=255) aCATTTATGTGCAAGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGAc < 1:4291368/91‑1 (MQ=255) cATTTATGTGCAAGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACt > 2:3485580/1‑91 (MQ=255) cATTTATGTGCAAGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACt > 2:5658062/1‑91 (MQ=255) aTTTATGTGCAAGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTc > 2:6361158/1‑91 (MQ=255) aTTTATGTGCAAGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTc < 1:330749/91‑1 (MQ=255) aTTTATGTGCAAGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTc < 1:5774650/91‑1 (MQ=255) aTTTATGTGCAAGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTc > 1:6253543/1‑91 (MQ=255) tATGTGCAAGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTCTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACGTGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTg > 1:6386756/1‑91 (MQ=255) aTGTGCAAGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGa > 1:2457441/1‑91 (MQ=255) aTGTGCAAGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGa < 2:1583150/91‑1 (MQ=255) ttgCAAGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAgg < 1:3813078/90‑1 (MQ=255) gtgCAAGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAgg < 1:1536652/91‑1 (MQ=255) gtgCAAGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAgg > 1:1704130/1‑91 (MQ=255) tgtaagttGGGCAAAGTGTCTTA‑TTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACtacgtattaacatgtaattttacttttac < 2:2732246‑M1/88‑30 (MQ=255) gtaagtTGGGCAAAGTGTCTTA‑TTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACtacgtattaacatgtaattttacttttaca < 2:2088773‑M1/89‑31 (MQ=255) gCAAGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGa < 2:5445824/91‑1 (MQ=255) cAAGTTGGGCAAAGTGTTTCATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAg < 1:4058385/91‑1 (MQ=255) aaGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGc < 1:4783767/91‑1 (MQ=255) aaGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGc < 2:5534919/91‑1 (MQ=255) aGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCa > 1:2011155/1‑91 (MQ=255) gTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAg < 1:3049131/91‑1 (MQ=255) 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gtTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAg > 1:3965943/1‑91 (MQ=38) ttttATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCAAGTCGAAGa > 2:6624994/1‑91 (MQ=37) tttATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGAc < 2:3730667/91‑1 (MQ=35) tttATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGAc < 2:176253/91‑1 (MQ=35) tttATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGAc > 2:4672348/1‑91 (MQ=35) tATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCg < 1:3662100/91‑1 (MQ=33) tttttttAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAg < 1:2559015/91‑1 (MQ=31) tttttttAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAg < 2:2857934/91‑1 (MQ=31) 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aTACtacgtattaacatgtaattttacttttaaatactttgaaaaaataagacatttttcccaacttgcacataaatgtaaaattcaataa > 2:3668663‑M1/1‑4 (MQ=255) aTACtacgtattaacatgtaattttacttttaaatactttgaaaaaataagacatttttcccaacttgcacataaatgtaaaattcaataa > 2:1276245‑M1/1‑4 (MQ=255) tactacgtattaacatgtaattttacttttaaatactttgaaaaaataagacatttttcccaacttgcacataaatgtaaaattcaataaa < 2:6227209‑M1/91‑89 (MQ=255) actacgtattaacatgtaattttacttttaaatactttgaaaaaataagacatttttcccaacttgcacataaatgtaaaattcaataaaa > 1:1145776‑M1/1‑2 (MQ=255) actacgtattaacatgtaattttacttttaaatactttgaaaaaataagacatttttcccaacttgcacataaatgtaaaattcaataaaa > 2:787965‑M1/1‑2 (MQ=255) actacgtattaacatgtaattttacttttaaatactttgaaaaaataagacatttttcccaacttgcacataaatgtaaaattcaataaaa > 1:4595644‑M1/1‑2 (MQ=255) actacgtattaacatgtaattttacttttaaatactttgaaaaaataagacatttttcccaacttgcacataaatgtaaaattcaataaaa > 1:711877‑M1/1‑2 (MQ=255) ctacgtattaacatgtaattttacttttaaatactttgaaaaaataagacatttttctttactttcacataaatgtaaaattcaataaaat > 2:1192651‑M1/1‑1 (MQ=255) ctacgtattaacatgtaattttacttttaaatactttgaaaaaataagacatttttcccaacttgcacataaatgtaaaattcaataaaat < 1:3259758‑M1/91‑91 (MQ=255) ctacgtattaacatgtaattttacttttaaatactttgaaaaaataagacatttttcccaacttgcacataaatgtaaaattcaataaaat < 2:297019‑M1/91‑91 (MQ=255) ctacgtattaacatgtaattttacttttaaatactttgaaaaaataagacatttttcccaacttgcacataaatgtaaaattcaataaaat < 2:3534713‑M1/91‑91 (MQ=255) ctacgtattaacatgtaattttacttttaaatactttgaaaaaataagacatttttcccaacttgcacataaatgtaaaattcaataaaat < 2:4326131‑M1/91‑91 (MQ=255) cGTAGTATTAAcatgtaattttacttttacatactttgaaaaataagacactttgcccaacttacactaccaatagaaacctctgttagaa > 1:5355833‑M1/1‑11 (MQ=255) cGTAGTATTAAcatgtaattttacttttacatactttaaaaaataagacactttgcccaacttacactaccaatagaaacctctgttagaa > 1:5635877‑M1/1‑11 (MQ=255) | ATTCATTTTATTGAATTTTACATTTATGTGCAAGTTGGGCAAAGTGTTTTATTTTTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCGAAGACCGAGGCTGAGACGGCACCCTAGGAAAGCGAAGCCATTCAATAC > USA300TCH1516_ALE/1804778‑1804958 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |