| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2218228 | 235 (0.660) | 13 (0.050) | 6/124 | NT | 6.4% | intergenic (+21/+38) | USA300HOU_RS11330/fabZ | hypothetical protein/3‑hydroxyacyl‑[acyl‑carrier‑protein] dehydratase FabZ |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2218242 | 197 (0.710) | intergenic (+35/+24) | USA300HOU_RS11330/fabZ | hypothetical protein/3‑hydroxyacyl‑[acyl‑carrier‑protein] dehydratase FabZ | |||||
Only 100 of 191 total aligned reads displayed.
GGATTATCTGGTGAAGAATTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAAATAAAAAACATTCAAAGATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2218121‑2218228‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaaaacattcaaagattTAATGTGTTGGCATAATCTTTGAATGTTTTTTATTTTACTCTTCTAATTTTTCATCCTTTAACTTTGGTTTAGACTGCATCATTCGATTA < USA300TCH1516_ALE/2218242‑2218153 GGATTATCTGGTGAAGAATTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAAATA > 2:5924458/1‑91 GATTATCTGGTGAAGAATTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAAATAA < 2:5340770/91‑1 GATTATCTGGTGAAGAATTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAAATAA < 1:1522447/91‑1 TATCTGGTGAAGAATTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAAATAAAAA > 1:5391643/1‑91 TATCTGGTGAAGAATTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAAATAAAAA > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |