| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2218228 | 235 (0.660) | 13 (0.050) | 6/124 | NT | 6.4% | intergenic (+21/+38) | USA300HOU_RS11330/fabZ | hypothetical protein/3‑hydroxyacyl‑[acyl‑carrier‑protein] dehydratase FabZ |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2218242 | 197 (0.710) | intergenic (+35/+24) | USA300HOU_RS11330/fabZ | hypothetical protein/3‑hydroxyacyl‑[acyl‑carrier‑protein] dehydratase FabZ | |||||
Only 100 of 588 total aligned reads displayed.
ATTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAAATAAAAAACATTCAAAGATTATGCCAACACATTAAATCTTTGAATGTTTTTTTTGTTTTATTTTACATCTTGAATTGCAAATGTAAGTTCACAACTACAAGCAAGTTGAC > USA300TCH1516_ALE/2218138‑2218318 | aagctactgtcgatggtcaacttgcttgtagttgtgaacttacatttgcaattcaagatgtaaaataaaacaaAAAAAACATTCAAAGAtt < 1:4976614‑M1/18‑1 (MQ=255)aTTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAAATAAAAAACATTCAAAGATT < 2:4896196‑M1/91‑1 (MQ=255) ttAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAAATAAAAAACATTCAAAGATTa > 1:1435109/1‑91 (MQ=255) aaaaaTCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAAATAAAAAACATTCAAAGATTATGcc > 1:963736/1‑91 (MQ=255) aaaaaTCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAAATAAAAAACATTCAAAGATTATGcc < 2:5231355/91‑1 (MQ=255) aaTCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAAATAAAAAACATTCAAAGATTATGCCAac < 1:4742602/91‑1 (MQ=255) aaTCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAAATAAAAAACATTCAAAGATTATGCCAac < 1:6168717/91‑1 (MQ=255) tCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAAATAAAAAACATTCAAAGATTATGCCAacac > 2:219126/1‑91 (MQ=255) aTTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAAATAAAAAACATTCAAAGATTATGCCAACACAt < 1:1005927/91‑1 (MQ=255) aTTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAAATAAAAAACATTCAAAGATTATGCCAACACAt < 1:2647070/91‑1 (MQ=255) aTTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAAATAAAAAACATTCAAAGATTATGCCAACACAt > 2:3021617/1‑91 (MQ=255) aTTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAAATAAAAAACATTCAAAGATTATGCCAACACAt < 1:5939045/91‑1 (MQ=255) tttAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAGTTAGAAGAGTAAAATAAAAAACATTCAAAGATTATGCCAACACAtt > 2:6795541/1‑91 (MQ=255) tttAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAAATAAAAAACATTCAAAGATTATGCCAACACAtt < 2:3272094/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |