| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2687481 | 233 (0.650) | 14 (0.050) | 9/138 | NT | 6.2% | intergenic (+35/+34) | clpL/USA300HOU_RS13835 | ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpL/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2687499 | 222 (0.720) | intergenic (+53/+16) | clpL/USA300HOU_RS13835 | ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpL/hypothetical protein | |||||
CATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2687381‑2687481‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaaatgagcaCAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTGATGCGCGATATGTTAAAGTGTCGTTATTTACCTTTTACGACTAATTCGTTATCCTCAACA < USA300TCH1516_ALE/2687499‑2687410 CATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCA > 1:4933473/1‑91CATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCA < 1:1442634/91‑1CATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCA > 2:6034748/1‑91 ATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAA > 1:5172042/1‑91 TACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAACTAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAA > 1:5392258/1‑91 ACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAA > 2:37087/1‑91 ACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAA < 2:6802152/91‑1 ACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAA > 2:2368416/1‑91 CAGACGTTAAACATGTGGATATGGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAA < 1:1233148/91‑1 CAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAA < 2:1835196/91‑1 AGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAAT > 2:1233498/1‑91 AGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAAT > 2:1223053/1‑91 AGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAAT > 2:2822612/1‑91 AGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAAT > 2:2897334/1‑91 AGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAAT > 1:2001145/1‑91 AGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAAT > 1:4444017/1‑91 GACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATG > 2:2054562/1‑91 GACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATG > 2:3291390/1‑91 GACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATG > 2:3455882/1‑91 GACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATG > 1:2199684/1‑91 GACGTTAAACATGTGGATATAGATCTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATG < 1:6625692/91‑1 GACGTTAAACATGTGGATATAGATCTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATG < 1:6625439/91‑1 ACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGA > 1:5794634/1‑91 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TATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGA < 2:2565477/91‑1 TATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGA < 1:3574474/91‑1 TAGATGTTGAGGATAACGCATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACC < 1:6885002/91‑1 TAGATGTTGAGGATAACGCATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACC < 1:6884181/91‑1 TAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACC < 1:4965215/91‑1 GATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTG < 1:5764426/91‑1 GTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATG < 1:2968701/91‑1 TGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCT < 2:369375/91‑1 GAGTATAACGTATTAGACCTAAAAAGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATAGGAAAAGGCGACCTGATGCTC < 2:4012468/91‑1 GAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTC < 1:2581630/91‑1 GAGGATAACGAATTAGGCGTAAAAGGTAAATAAGGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTC < 2:3078106/91‑1 GGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTGATGCGCGATATGTTAAA < 1:6682429/91‑1 AAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTGATGCGCGATATGTTAAAGTGTCGTTATTTACCTTTTACGACTAATTCGTT < 1:3755651/91‑1 AAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTGATGCGCGATATGTTAAAGTGTCGTTATTTACCTTTTACGACTAATTCGTT < 1:3757897/91‑1 AAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTGATGCGCGATATGTTAAAGTGTCGTTATTTACCTTTTACGACTAATTCGTT < 2:1358574/91‑1 AAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTGATGCGCGATATGTTAAAGTGTCGTTATTTACCTTTTACGACTAATTCGTT < 2:766999/91‑1 AAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTGATGCGCGATATGTTAAAGTGTCGTTATTTACCTTTTACGACTAATTCGTTA > 2:4980769/1‑91 AAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTGATGCGCGATATGTTAAAGTGTCGTTATTTACCTTTTACGACTAATTCGTTA < 2:2261431/91‑1 cAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTGATGCGCGATATGTTAAAGTGTCGTTATTTACCTTTTACGACTAATTCGTTAT > 2:4754249/2‑91 AAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTGATGCGCGATATGTTAAAGTGTCGTTATTTACCTTTTACGACTAATTCGTTAT > 2:4752218/1‑91 AATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTGATGCGCGATATGTTAAAGTGTCGTTATTTACCTTTTACGACTAATTCGTTATC > 2:993757/1‑91 AATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTGATGCGCGATATGTTAAAGTGTCGTTATTTACCTTTTACGACTAATTCGTTATC > 2:1973343/1‑91 AATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTGATGCGCGATATGTTAAAGTGTCGTTATTTACCTTTTACGACTAATTCGTTATC < 1:2903783/91‑1 AATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTGATGCGCGATATGTTAAAGTGTCGTTATTTACCTTTTACGACTAATTCGTTATC < 1:5902828/91‑1 AATGAGCACAGGCAACGGCGACCTGATGCTCATTTTTGATGCGCGATATGTTAAAGTGTCGTTATTTACCTTTTACGACTAATTCGTTATC < 2:5389859/91‑1 ATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTGATGCGCGATATGTTAAAGTGTCGTTATTTACCTTTTACGACTAATTCGTTATCC < 1:4367480/91‑1 ATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTGATGCGCGATATGTTAAAGTGTCGTTATTTACCTTTTACGACTAATTCGTTATCC < 2:597283/91‑1 ATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTGATGCGCGATATGTTAAAGTGTCGTTATTTACCTTTTACGACTAATTCGTTATCC > 2:710453/1‑91 ATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTGATGCGCGATATGTTAAAGTGTCGTTATTTACCTTTTACGACTAATTCGTTATCC > 2:4367480/1‑91 ATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTGATGCGCGATATGTTAAAGTGTCGTTATTTACCTTTTACGACTAATTCGTTATCC < 2:4058499/91‑1 ATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTGATGCGCGATATGTTAAAGTGTCGTTATTTACCTTTTACGACTAATTCGTTATCC < 2:3950008/91‑1 TGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTGATGCGCGATATGTTAAAGTGTCGTTATTTACCTTTTACGACTAATTCGTTATCCT > 1:477981/1‑91 GAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTGATGCGCGATATGTTAAAGTGTCGTTATTTACCTTTTACGACTAATTCGTTATCCTC > 1:6678377/1‑91 GAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTGATGCGCGATATGTTAAAGTGTCGTTATTTACCTTTTACGACTAATTCGTTATCCTC < 2:6588323/91‑1 GAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTGATGCGCGATATGTTAAAGTGTCGTTATTTACCTTTTACGACTAATTCGTTATCCTC > 1:5237157/1‑91 GAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTGATGCGCGATATGTTAAAGTGTCGTTATTTACCTTTTACGACTAATTCGTTATCCTC > 1:137751/1‑91 GAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTGATGCGCGATATGTTAAAGTGTCGTTATTTACCTTTTACGACTAATTCGTTATCCTC < 1:4135692/91‑1 GAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTGATGCGCGATATGTTAAAGTGTCGTTATTTACCTTTTACGACTAATTCGTTATCCTC > 2:3175792/1‑91 GAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTGATGCGCGATATGTTAAAGTGTCGTTATTTACCTTTTACGACTAATTCGTTATCCTC < 1:4625979/91‑1 AGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTGATGCGCGCTATGTTAAAGTGTCGTTATTTACCTTTTACGACTAATTCGTTATCCTCA > 2:6799229/1‑91 AGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTGATGCGCGATATGTTAAAGTGTCGTTATTTACCTTTTACGACTAATTCGTTATCCTCA > 1:6078008/1‑91 AGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTGATGCGCGATATGTTAAAGTGTCGTTATTTACCTTTTACGACTAATTCGTTATCCTCA > 2:3882244/1‑91 AGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTGATGCGCGATATGTTAAAGTGTCGTTATTTACCTTTTACGACTAATTCGTTATCCTCA < 2:6482542/91‑1 AGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTGATGCGCGATATGTTAAAGTGTCGTTATTTACCTTTTACGACTAATTCGTTATCCTCA < 1:2776030/91‑1 AGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTGATGCGCGATATGTTAAAGTGTCGTTATTTACCTTTTACGACTAATTCGTTATCCTCA > 2:4983156/1‑91 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GCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTGATGCGCGATATGTTAAAGTGTCGTTATTTACCTTTTACGACTAATTCGTTATCCTCAA > 1:1141543/1‑91 GCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATGTTTGATGCGCGATATGTTAAAGTGTCGTTATTTACCTTTTACGACTAATTCGTTATCCTCAA > 2:6701006/1‑91 CACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTGATGCGCGATATGTTAAAGTGTCGTTATTTACCTTTTACGACTAATTCGTTATCCTCAAC < 2:683800/91‑1 CACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTGATGCGCGATATGTTAAAGTGTCGTTATTTACCTTTTACGACTAATTCGTTATCCTCAAC > 2:2418387/1‑91 CACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTGATGCGCGATATGTTAAAGTGTCGTTATTTACCTTTTACGACTAATTCGTTATCCTCAAC < 2:683485/91‑1 CACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTGATGCGCGATATGTTAAAGTGTCGTTATTTACCTTTTACGACTAATTCGTTATCCTCAAC > 2:5781602/1‑91 CACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTGATGCGCGATATGTTAAAGTGTCGTTATTTACCTTTTACGACTAATTCGTTATCCTCAAC > 2:4277392/1‑91 ACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTGATGCGCGATATGTTAAAGTGTCGTTATTTACCTTTTACGACTAATTCGTTATCCTCAACA < 2:4680585/91‑1 CATACAGACGTTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2687381‑2687481‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaaatgagcaCAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTGATGCGCGATATGTTAAAGTGTCGTTATTTACCTTTTACGACTAATTCGTTATCCTCAACA < USA300TCH1516_ALE/2687499‑2687410 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |