| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2687481 | 233 (0.650) | 14 (0.050) | 9/138 | NT | 6.2% | intergenic (+35/+34) | clpL/USA300HOU_RS13835 | ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpL/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2687499 | 222 (0.720) | intergenic (+53/+16) | clpL/USA300HOU_RS13835 | ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpL/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 385 total aligned reads displayed.
ATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACA > USA300TCH1516_ALE/2687409‑2687589 | taatcgtgattgttgtggaacagaacagcacacagcgaatcattttccagggaaataattaaAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCtg > 1:2221575‑M1/63‑91 (MQ=255) ttGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtgc < 2:3458814‑M2/91‑4 (MQ=255) ttGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtgc > 1:930796‑M2/1‑88 (MQ=255) ttGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtgc > 1:2924013‑M2/1‑88 (MQ=255) tGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtgct < 2:6482542‑M2/91‑5 (MQ=255) tGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtgct > 1:6078008‑M2/1‑87 (MQ=255) tGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtgct > 1:2825588‑M2/1‑87 (MQ=255) tGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATAGCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtgct > 2:6799229‑M2/1‑87 (MQ=255) ggATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtgctcat > 2:4367480‑M2/1‑84 (MQ=255) ggATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtgctcat < 1:4367480‑M2/91‑8 (MQ=255) tAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtgctcatttt < 2:2261431‑M2/91‑11 (MQ=255) aaCGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtgctcattttt < 2:766999‑M2/91‑12 (MQ=255) aCGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑tttttt > 1:1321201/1‑91 (MQ=255) aCGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑tttttt < 1:3014744/91‑1 (MQ=255) caaaTTAGTCGCAAAGGGTGAATAACGACACTTTAGCATAGCGCGCATCATAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑ttttttt < 2:5652150/89‑1 (MQ=255) cGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑ttttttt > 2:6193008/1‑91 (MQ=255) gAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTa > 1:171861/1‑91 (MQ=255) aTTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAat > 2:6836923/1‑91 (MQ=255) aTTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAat < 2:1558404/91‑1 (MQ=255) aTTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAat > 2:5348217/1‑91 (MQ=255) ttAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAatt > 2:203388/1‑91 (MQ=255) ttAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAatt > 1:1852255/1‑91 (MQ=255) ttAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAatt < 2:4034032/91‑1 (MQ=255) ttAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TCTTTTTAatt > 2:6625821/1‑91 (MQ=255) tAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAatta > 1:305314/1‑91 (MQ=255) tAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAatta < 2:5172042/91‑1 (MQ=255) gttgTAAAAGGTAAATAACGGCACTTTAACATATATCGCATCAATAATGAGCATCAAGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAattatt < 2:5859179/88‑1 (MQ=255) gTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAattatt < 2:4853585/91‑1 (MQ=255) gTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAattatt > 2:6585016/1‑91 (MQ=255) cGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTc > 1:3974265/1‑91 (MQ=255) cGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTc > 2:3164963/1‑91 (MQ=255) aaaaGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCt < 2:6403439/91‑1 (MQ=255) aaaaGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCt > 1:5246276/1‑91 (MQ=255) aaaaGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCt > 2:1918677/1‑91 (MQ=255) aaGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTgg < 2:4107586/91‑1 (MQ=255) ggTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAATATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATCTCCCTGGaa < 2:1116796/91‑1 (MQ=255) gTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGaaa > 1:26098/1‑91 (MQ=255) gTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGaaa > 2:3687531/1‑91 (MQ=255) tAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGaaaa < 2:1692614/91‑1 (MQ=255) aaaTAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAAt > 2:1409979/1‑91 (MQ=255) aaTAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATg < 2:494180/91‑1 (MQ=255) aaTAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATg < 2:4928166/91‑1 (MQ=255) aTAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGa > 1:4715897/1‑91 (MQ=255) tAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGAt < 2:907762/91‑1 (MQ=255) aaCGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGAtt > 1:6552586/1‑91 (MQ=255) cGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCg < 1:235402/91‑1 (MQ=255) cacTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCtg < 1:3393175/91‑1 (MQ=255) tttAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtgctcatttttgatgcgcgatatgttaaagtgtcgttatttacc < 1:6682429‑M2/91‑45 (MQ=255) tttAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCtgtgt < 1:3572234/91‑1 (MQ=255) tttAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCtgtgt > 2:3523237/1‑91 (MQ=255) tttAACATATCACGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCtgtgt < 2:6975265/91‑1 (MQ=255) tAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGc > 1:3829950/1‑91 (MQ=255) tAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGc > 1:5389106/1‑91 (MQ=255) aaCATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGct < 2:2404869/91‑1 (MQ=255) aaCATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGct > 2:13286/1‑91 (MQ=255) aCATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctg > 2:3623391/1‑91 (MQ=255) aCATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctg > 1:77936/1‑91 (MQ=255) cATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctgt < 1:6241440/91‑1 (MQ=255) cATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctgt < 1:3250576/91‑1 (MQ=255) atatCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctgtt < 1:6193008/91‑1 (MQ=255) atCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctgttct > 1:1922968/1‑91 (MQ=255) tCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctgttctg > 2:3933052/1‑91 (MQ=255) 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cAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCacaa > 1:5165072/1‑91 (MQ=255) AAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCAcaacaa < 2:2131011‑M1/91‑1 (MQ=255) AAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCAcaacaa < 1:4191163‑M1/91‑1 (MQ=255) ATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGCGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATc > 1:6760896‑M1/1‑91 (MQ=255) GAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCAc < 1:5879895‑M1/91‑1 (MQ=255) ATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGAtt < 2:3070626‑M1/91‑1 (MQ=255) tCAGGTCGCACTTGCCTGTGCTCA‑TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGAGTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTa < 2:4266692/91‑1 (MQ=255) cAGGTCGCCCTTGCCTGtgctcatttttgatgcgcgatatgttaaagtgtcgttatttaccttttacgactaattcgttatcctcaacatc < 1:5764426‑M2/91‑75 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |