| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2687481 | 233 (0.650) | 14 (0.050) | 9/138 | NT | 6.2% | intergenic (+35/+34) | clpL/USA300HOU_RS13835 | ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpL/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2687499 | 222 (0.720) | intergenic (+53/+16) | clpL/USA300HOU_RS13835 | ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpL/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 439 total aligned reads displayed.
TTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATT > USA300TCH1516_ALE/2687391‑2687571 | aaCATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCa > 1:1022174/1‑91 (MQ=255) cATGCGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAgg > 2:2398656/1‑91 (MQ=255) aTGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGt < 2:5786766/91‑1 (MQ=255) aTGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGt < 2:3085512/91‑1 (MQ=255) gtgGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCg < 1:688148/91‑1 (MQ=255) gtgGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCg > 2:1361421/1‑91 (MQ=255) ggATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGcc < 1:4872344/91‑1 (MQ=255) ggATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGcc > 2:4980281/1‑91 (MQ=255) ggATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGcc > 1:5445802/1‑91 (MQ=255) gATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGccc > 2:6634531/1‑91 (MQ=255) atatAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCAcaggcaagggcg < 1:412641‑M1/91‑13 (MQ=255) atatAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCt < 2:4055975/91‑1 (MQ=255) tataGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCtt > 2:466715/1‑91 (MQ=255) taGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGc > 1:5982683/1‑91 (MQ=255) aGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGcc < 2:473037/91‑1 (MQ=255) aTGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCtg > 1:3859527/1‑91 (MQ=255) gTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtg > 2:4277392‑M2/1‑89 (MQ=255) gTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtg < 2:683485‑M2/91‑3 (MQ=255) ttGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtgc > 1:1141543‑M2/1‑88 (MQ=255) ttGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtgc < 2:5967720‑M2/91‑4 (MQ=255) ttGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtgc > 1:3236473‑M2/1‑88 (MQ=255) tcgtgattgttgtggaacagaacagcacacagcgaatcattttccagggaaataattaaAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGc > 2:3478135‑M1/60‑91 (MQ=255) tGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtgct > 2:3882244‑M2/1‑87 (MQ=255) tGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtgct > 1:2825588‑M2/1‑87 (MQ=255) tGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtgct > 2:4983156‑M2/1‑87 (MQ=255) tGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtgct < 2:6482542‑M2/91‑5 (MQ=255) gAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtgctc > 2:3175792‑M2/1‑86 (MQ=255) ggATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtgctcat < 2:3950008‑M2/91‑8 (MQ=255) gattgttgtggaacagaacagcacacagcgaatcattttccagggaaataattaaAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCAt > 2:2823340‑M1/56‑91 (MQ=255) aTAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtgctcattg > 2:4754249‑M2/1‑82 (MQ=255) tAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtgctcatttt < 2:2261431‑M2/91‑11 (MQ=255) aaCGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtgctcattttt < 2:766999‑M2/91‑12 (MQ=255) aCGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCAtttttt > 1:1321201/1‑91 (MQ=255) cGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCAttttttt < 2:3073739/91‑1 (MQ=255) gAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTa > 1:2084946/1‑91 (MQ=255) gAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTa < 1:6424781/91‑1 (MQ=255) aTTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAat > 2:5348217/1‑91 (MQ=255) ttAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAatt > 1:1852255/1‑91 (MQ=255) aGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCCGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAattat < 2:4141914/91‑1 (MQ=255) aaaaGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCt > 1:2562627/1‑91 (MQ=255) ggTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGaa > 1:3431405/1‑91 (MQ=255) gTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGaaa > 1:6137248/1‑91 (MQ=255) gTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGaaa > 2:5258740/1‑91 (MQ=255) gTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGaaa < 2:701312/91‑1 (MQ=255) tAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGaaaa < 1:5196205/91‑1 (MQ=255) tAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGaaaa < 2:1321201/91‑1 (MQ=255) aaaTAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCCTCAGGTCGCCCATGCCTGTGCTCATTTTTTTGATTATTTCCCTCGaacct > 1:5833215/1‑88 (MQ=255) aaaTAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAAt > 1:1503243/1‑91 (MQ=255) aaaTAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAAt > 2:1410124/1‑91 (MQ=255) aaTAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATg > 2:6348571/1‑91 (MQ=255) aaTAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATg > 2:1079516/1‑91 (MQ=255) aTAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGa < 1:6556628/91‑1 (MQ=255) aTAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGa < 1:3544256/91‑1 (MQ=255) tAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGAt < 2:907762/91‑1 (MQ=255) aCGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTc > 2:4429201/1‑91 (MQ=255) acacTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCt > 2:1575598/1‑91 (MQ=255) acacTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCt > 1:2242875/1‑91 (MQ=255) cacTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCtg < 1:2722560/91‑1 (MQ=255) tttAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGtgctcatttttgatgcgcgatatgttaaagtgtcgttatttacc < 1:6682429‑M2/91‑45 (MQ=255) tttAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCtgtgt > 1:5325388/1‑91 (MQ=255) tAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGc < 1:5902354/91‑1 (MQ=255) tAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGc > 1:3127304/1‑91 (MQ=255) aaCATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGct < 1:1722167/91‑1 (MQ=255) aCATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctg > 2:3623391/1‑91 (MQ=255) aCATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctg > 1:3708328/1‑91 (MQ=255) cATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctgt < 1:2632960/91‑1 (MQ=255) cATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctgt < 2:6939756/91‑1 (MQ=255) cATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctgt < 2:5575509/91‑1 (MQ=255) cATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctgt < 1:6241440/91‑1 (MQ=255) atatCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctgtt > 1:3975980/1‑91 (MQ=255) cgcgCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctgttctgt < 2:3450009/91‑1 (MQ=255) cgcgCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTGCCCAGGAAAATGATTCGCTGTGTGctgttctgt < 2:3682508/91‑1 (MQ=255) cagcAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCca < 2:6176151/88‑1 (MQ=255) cATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCca < 2:5073736/91‑1 (MQ=255) cATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCca < 1:4646280/91‑1 (MQ=255) aTCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCcac < 1:4980281/91‑1 (MQ=255) tCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCcaca < 2:1887818/91‑1 (MQ=255) cAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCacaa > 1:2381935/1‑91 (MQ=255) 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GCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGa > 2:487791‑M1/1‑91 (MQ=255) cATCAGGTCGCCCTTGCCTGtgctcatttttgatgcgcgatatgttaaagtgtcgttatttaccttttacgactaattcgttatcctcaac < 1:2968701‑M2/91‑72 (MQ=255) CATCAGGTCGCCCTTGCGTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCACTGGAAAATGATTCGCTGTGGGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGAt > 2:1141596‑M1/1‑91 (MQ=255) CATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGAt > 2:3713958‑M1/1‑91 (MQ=255) ATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGAtt < 1:3591360‑M1/91‑1 (MQ=255) ATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGAtt < 1:6085785‑M1/91‑1 (MQ=255) | TTAAACATGTGGATATAGATGTTGAGGATAACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATT > USA300TCH1516_ALE/2687391‑2687571 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |