| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2772633 = | 408 (1.140) | 21 (0.070) | 7/134 | NT | 6.7% | intergenic (+7/+53) | phoB/USA300TCH1516_02632 | Alkaline phosphatase 3/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2772676 = | 240 (0.800) | intergenic (+50/+10) | phoB/USA300TCH1516_02632 | Alkaline phosphatase 3/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
TTAAAAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2772735‑2772633‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tcgggaa‑ttttttATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATGTTA > USA300TCH1516_ALE/2772676‑2772765 TTAAAAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCT < 1:3430503/91‑1TTAAAAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCT < 1:4152557/91‑1 TAAAAAATACCAATAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTC < 2:6844119/91‑1 TAAAAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTC > 1:4461117/1‑91 TAAAAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTC < 2:5469742/91‑1 TAAAAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTC < 2:2164582/91‑1 TAAAAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTC > 2:1951765/1‑91 AAAAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCG > 2:1579779/1‑91 AAAAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCG > 1:4369367/1‑91 AAAAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCG > 1:5044942/1‑91 AAAAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCG > 1:5715956/1‑91 AAAAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCG > 1:6042611/1‑91 AAAAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCG < 1:6323817/91‑1 AAAAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCG > 2:1423184/1‑91 AAAAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCG > 2:3210339/1‑91 AAAAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCG < 1:1579779/91‑1 AAAAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCG < 1:1578183/91‑1 AAAAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCG > 2:5945338/1‑91 AAAAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCG > 2:810729/1‑91 AAAAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCACAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCG < 1:6950276/91‑1 AAAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTGAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGG > 2:6770523/1‑91 AAAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGG > 1:2668781/1‑91 AAAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGG < 2:1164087/91‑1 AAAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGG < 2:4040462/91‑1 AAAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGG < 2:5063821/91‑1 AAAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGG < 1:2927242/91‑1 AAAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGG > 1:2979871/1‑91 AAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGG < 1:573948/91‑1 AAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGA > 1:210639/1‑91 AAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGA > 2:5884257/1‑91 AAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGA < 1:2792268/91‑1 AAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGA > 2:312573/1‑91 AATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA < 2:4586909/91‑1 AATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA < 1:1221852/91‑1 ATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑T > 1:1765822/1‑91 ATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑T < 2:6618239/91‑1 ATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑T < 1:1103491/91‑1 ATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑T > 2:6048501/1‑91 TACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TT < 2:1323196/91‑1 TACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TT < 1:5308606/91‑1 TACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TT > 2:4452170/1‑91 ACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTT > 2:2461885/1‑91 ACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCCTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTT > 1:4963715/1‑91 CCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTT < 2:1031728/91‑1 CCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTT > 2:1705310/1‑91 CCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTT < 1:6740574/91‑1 CAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTTT < 1:4371807/91‑1 CAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTTT < 1:881768/91‑1 CAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTTT < 1:3521218/91‑1 CAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTTT > 1:6101181/1‑91 CAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTTT > 2:3793961/1‑91 CAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTTT < 1:3107030/91‑1 CAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCG < 2:32865/82‑1 CAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCG > 1:32865/1‑82 CAAGAACGTGCTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTTT < 1:4671542/91‑1 AAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTTTT < 2:4573735/91‑1 AAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTTTT > 2:476617/1‑91 AAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTTTT > 1:896589/1‑91 AAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTTTT < 1:4402888/91‑1 TAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAATTTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAA > 1:3924564/1‑91 CCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAATTTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACG > 1:6379715/1‑91 AATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAATTTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGT > 2:4238776/1‑91 TTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATT > 1:3531219/1‑91 TTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATT > 1:4259957/1‑91 CCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAATTTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTT > 1:2044814/1‑91 CCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTT > 1:3157572/1‑91 CGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTT > 1:3751181/1‑91 CGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTT > 2:6145734/1‑91 CGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTT > 1:3752915/1‑91 GAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTTTTATGGTTTAAGTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTA > 2:6468126/1‑91 CCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGC > 2:4705580/1‑91 GTTATAGTGCTCGGGAATTTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAA > 1:2741392/1‑91 TCGGGAA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGC < 2:2878503/91‑1 TCGGGAA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGC > 1:3330926/1‑91 CGGGAA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCC > 2:3868806/1‑91 CGGGAA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACGCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCC < 1:6181300/91‑1 GGGAA‑TTTTTTATTGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCA > 2:6858600/1‑91 GGGAA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCA > 2:5896457/1‑91 GGGAA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCA < 1:1166942/91‑1 GGAA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAA < 2:3490684/91‑1 GGAA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAA < 1:2177493/91‑1 GAA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAAC > 2:5654358/1‑91 AA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACT < 1:3045980/91‑1 AA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACT < 1:5343575/91‑1 AA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACT < 2:5764638/91‑1 AA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACT > 1:2542271/1‑91 AA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACT > 2:4892029/1‑91 A‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTA > 1:3421148/1‑91 TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAA < 1:2701/91‑1 TTTTTATGTTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTATCATGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAAT > 2:5124037/1‑91 TTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTTTTTGCGAAGTATAAACCGCCAACTAAT > 2:2102360/1‑91 TTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATG < 2:6377223/91‑1 TTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATTCGAAGTATAAACCGCCAACTAATGT > 2:6481549/1‑91 TTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATGT < 2:6291776/91‑1 TTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATGT < 2:2909386/91‑1 TTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATGT < 1:4104240/91‑1 TTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATGTT > 1:1284613/1‑91 TTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATGTT > 2:2408529/1‑91 TTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATGTT < 2:5761496/91‑1 TATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATGTTA > 1:3894754/1‑91 TTAAAAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2772735‑2772633‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tcgggaa‑ttttttATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATGTTA > USA300TCH1516_ALE/2772676‑2772765 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |