New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2772633 = | 408 (1.140) | 21 (0.070) | 7/134 | NT | 6.7% | intergenic (+7/+53) | phoB/USA300TCH1516_02632 | Alkaline phosphatase 3/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 2772676 = | 240 (0.800) | intergenic (+50/+10) | phoB/USA300TCH1516_02632 | Alkaline phosphatase 3/hypothetical protein |
Only 100 of 530 total aligned reads displayed.
GCTTACGGACCTAGATCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTT > USA300TCH1516_ALE/2772543‑2772723 | aacattagttggcggtttatacttcgcatttaaaaaataccaagaacgtgttaaccaagcacctaacattgagtactaaattaaaccataa < 2:5761496‑M1/2‑1 (MQ=255) acattagttagcggtttatacttcgcatttaaaaaataccaagaacgtgttaaccaagcacctaacattgagtactaaattaaaccataaa > 1:5008032‑M1/89‑91 (MQ=255) attagttggcggtttatacttcgcatttaaaaaataccaagaacatgataaccaagcacctaacattgagtactaaattaaaacataaaaa > 2:5124037‑M1/87‑91 (MQ=255) aCGGACCTAGATCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATGCAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTATAGCATaaaaaa < 2:6958071/91‑1 (MQ=255) aCGGACCTAGATCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATaaaaaa > 2:2387440/1‑91 (MQ=255) cGGACCTAGATCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATaaaaaaa > 2:6309580/1‑91 (MQ=255) cGGACCTAGATCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATaaaaaaa > 2:1609890/1‑91 (MQ=255) cGGACCTAGATCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATaaaaaaa > 1:1414681/1‑91 (MQ=255) ggACCTAGATCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑t < 1:2543517/91‑1 (MQ=255) ggACCTAGATCAGAATCATTTAGTGGTAAGATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑t < 1:6187966/91‑1 (MQ=255) agttggcggtttatacttcgcatttaaaaaataccaagaacgtgttaaccaagcacctaacattgagtactaaattaaaccatAAAAAA‑tt > 1:6144282‑M1/84‑91 (MQ=255) tAGATCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAACATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCg > 1:6836620/1‑91 (MQ=255) tAGATCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCg > 1:2226065/1‑91 (MQ=255) ggcggtttatacttcgcatttaaaaaataccaagaacgtgttaaccaagcacctaacattgagtactaaattaaaccatAAAAAA‑TTCCCg > 2:3868806‑M1/80‑91 (MQ=255) ggcggtttatacttcgcatttaaaaaataccaagaacgtgttaaccaagcacctaacattgagtactaaattaaaccatAAAAAA‑TTCCCg > 2:20341‑M1/80‑91 (MQ=255) gcggtttatacttcgcatttaaaaaataccaagaacgtgttaaccaagcacctaacattgagtactaaattaaaccatAAAAAA‑TTCCCGa > 2:1775517‑M1/79‑91 (MQ=255) aGATCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATaaaa < 1:3077122/81‑1 (MQ=255) aGATCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGa > 2:1008091/1‑91 (MQ=255) ataaGAATCATATAGTGATAATATCGAAAATACAGAAAACGAAAAAATAATAGTTGATATATTCAAAAAAAAAAAAAAAAAA‑TTCCCGAGc < 2:3471455/88‑1 (MQ=255) tCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTccc < 1:5605549/86‑1 (MQ=255) tCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCa > 2:4899735/1‑91 (MQ=255) tCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCa < 2:623107/91‑1 (MQ=255) cAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCTCGAGCAc < 1:6722732/91‑1 (MQ=255) cAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCAc < 1:3669206/91‑1 (MQ=255) cAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCAc < 1:5076939/91‑1 (MQ=255) aaTCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACtat > 2:3800308/1‑91 (MQ=255) tCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATaa < 2:585069/91‑1 (MQ=255) tCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATaa > 1:2607934/1‑91 (MQ=255) tCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATaa > 1:426898/1‑91 (MQ=255) tCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATaa < 1:1656157/91‑1 (MQ=255) ttAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAg > 1:5945338/1‑91 (MQ=255) ttAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAg > 1:2073937/1‑91 (MQ=255) tAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAGAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAgg > 1:6622661/1‑91 (MQ=255) gcatttaaaaaataccaagaacgtgttaaccaagcacctaacattgagtactaaattaaaccatAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAgg > 2:4705580‑M1/65‑91 (MQ=255) aGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAACTAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGgt > 1:6951954/1‑91 (MQ=255) gTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGgtg > 2:5994219/1‑91 (MQ=255) ggTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGtt < 1:1771897/91‑1 (MQ=255) taaaaaataccaagaacgtgttaaccaagcacctaacattgagtactaacttaaaccatAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTc > 2:6468126‑M1/60‑91 (MQ=255) tAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCg > 2:2635292/1‑91 (MQ=255) tAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCg < 2:2877230/91‑1 (MQ=255) aaaaaataccaagaacgtgttaaccaagcacctaacattgagtactaaattaaaccatAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCg > 1:3751181‑M1/59‑91 (MQ=255) aaTATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCgg < 2:2591907/91‑1 (MQ=255) aaTATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCgg > 2:3682343/1‑91 (MQ=255) aaTATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCgg > 1:2414690/1‑91 (MQ=255) atatCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCggg > 2:3266887/1‑91 (MQ=255) atatCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCggg < 2:78050/91‑1 (MQ=255) atatCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCggg < 1:4899735/91‑1 (MQ=255) tatCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGa < 1:4710603/91‑1 (MQ=255) aaataccaagaacgtgttaaccaagcacctaacattgagtactaaattaaagcatAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCggg > 1:6349825‑M1/56‑91 (MQ=255) atCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGaa > 2:4876008/1‑91 (MQ=255) aataccaagaacgtgttaaccaagcacctaacattgagtactaaattaaaccatAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGaa > 1:3531219‑M1/55‑91 (MQ=255) ataccaagaacgtgttaaccaagcacctaacattgagtactaaattaaaccatAAAAAAATTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGaa > 1:784853‑M1/54‑91 (MQ=255) cGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAAtt > 1:343097/1‑91 (MQ=255) aaaTACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAAttttt > 1:1229659/1‑91 (MQ=255) 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aaGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAaca < 1:4209146/91‑1 (MQ=255) aaGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCAATATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAaca < 1:5243973/91‑1 (MQ=255) aGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAacac > 2:666956/1‑91 (MQ=255) gCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACg > 1:4631235/1‑91 (MQ=255) cATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGt > 1:5550667/1‑91 (MQ=255) aaaaaaa‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCt < 1:3266887/91‑1 (MQ=255) | GCTTACGGACCTAGATCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTT > USA300TCH1516_ALE/2772543‑2772723 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |