| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1456995 = | 237 (0.660) | 34 (0.100) +TTAAA |
9/150 | NT | 11.4% | intergenic (‑109/‑135) | USA300HOU_RS07230/USA300HOU_RS07235 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1918582 | 328 (0.920) | intergenic (‑300/+198) | USA300HOU_RS07235/USA300HOU_RS09510 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 450 total aligned reads displayed.
TAGAACCTTTTCTGAACCATACGCATA‑GCGTATGGTTTTCTTTTTACAATTAAAGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCAATTTTATTACAACAATGTACATTTAAGGTGACCTTCATGCCAAAATCGCATCACTCAT > USA300TCH1516_ALE/1918492‑1918672 | tAGAACCTTTTCTGAACCATACGCATA‑GCGTATGGTTTTCTTTTTACAATTAAAGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGctc < 1:2262528/91‑1 (MQ=255) aGAACCTTTTCTGAACCATACGCATA‑GCGTATGGTTTTCTTTTTACAATTAAAGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGctcc < 1:696955/91‑1 (MQ=255) aGAACCTTTTCTGAACCATACGCATA‑GCGTATGGTTTTCTTTTTACAATTAAAGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGctcc < 2:6416348/91‑1 (MQ=255) aaCCTTTTCTGAACCATACGCATA‑GCGTATGGTTTTCTTTTTACAATTAAAGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGctcctc < 1:6858608/91‑1 (MQ=255) aaCCTTTTCTGAACCATACGCATA‑GCGTATGGTTTTCTTTTTACAATTAAAGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGctcctc < 1:4686529/91‑1 (MQ=255) aaCCTTTTCTGAACCATACGCATA‑GCGTATGGTGTTCTTTTTACAATTAAAGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGctcctc < 1:4522320/91‑1 (MQ=255) tccTTTTCTGAACCATACGCATA‑GCGTATGGTTTTCTTTTTACAATTAAAGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCctct < 2:2765657/90‑1 (MQ=255) aCCTTTTCTGAACCATACGCATA‑GCGTATGGTTTTCTTTTTACAATTAAAGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCctct > 2:611776/1‑91 (MQ=255) aCCTTTTCTGAACCATACGCATA‑GCGTATGGTTTTCTTTTTACAAGTAAAGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCACctct < 2:6851532/91‑1 (MQ=255) tCTGAACCATACGCATA‑GCGTATGGTTTTCTTTTTACAATTAAAGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTAtttt > 1:3955940/1‑91 (MQ=255) cTGAACCATACGCATA‑GCGTATGGTTTTCTTTTTACAATTAAAGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTa > 2:5100140/1‑91 (MQ=255) gAACCATACGCATA‑GCGTATGGTTTTCTTTTTACAATTAAAGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTAtg < 1:1294121/91‑1 (MQ=255) aaaCCATACGCTAT‑GCGTATGGTTTTCTTTTTACAATTAAAGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTAtg > 1:3668640/2‑91 (MQ=39) aaCCATACGCATA‑GCGTATGGTTTACTTTTTACAATTAAAGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTAtgt > 1:6757014/1‑91 (MQ=255) aaCCATACGC‑TATGCGTATGGTTTTCTTTTTACAATTAAAGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTAtgt > 1:2056599/1‑91 (MQ=39) aCCATACGC‑TATGCGTATGGTTTTCTTTTTACAATTAAAGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTAtgtg > 1:4848197/1‑91 (MQ=255) ccATACGCATA‑GCGTATGGTTTTCTTTTTACAATTAAAGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGc < 1:293019/91‑1 (MQ=255) ccATACGCATA‑GCGTATGGTTTTCTTTTTACAATTAAAGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGc < 1:2698163/91‑1 (MQ=255) cATACGCATA‑GCGTATGGTTTTCTTTTTACAATTAAAGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCt > 2:5736522/1‑91 (MQ=255) cATACGCATA‑GCGTATGGTTTTCTTTTTACAATTAAAGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCt < 1:4418614/91‑1 (MQ=255) aTACGCATA‑GCGTATGGTTTTCTTTTTACAATTAAAGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTa < 1:3214071/91‑1 (MQ=255) aTACGCATA‑GCGTATGGTTTTCTTTTTACAATTAAAGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTa < 2:1705077/91‑1 (MQ=255) aCGCATA‑GCGTATGGTTTTCTTTTTACAATTAAAGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTaaa < 2:104057/91‑1 (MQ=255) cGCATA‑GCGTATGGTTTTCTTTTTACAATTAAAGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTaaaa > 1:5187766/1‑91 (MQ=255) cGCATA‑GCGTATGGTTTTCTTTTTACAATTAAAGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTaaaa < 1:5306167/91‑1 (MQ=255) ctatgCGTATGGTTTTCTTTTTACAATTAAAGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAAt > 1:5047276/5‑91 (MQ=255) ctatgCGTATGGTTTTCTTTTTACAATTAAAGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAAt > 2:4124903/5‑91 (MQ=255) aTA‑GCGTATGGTTTTCTTTTTACAATTAAAGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAAtt < 1:3819963/91‑1 (MQ=255) tatgCGTATGGTTTTCTTTTTACAATTAAAGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAAtt > 1:3384266/4‑91 (MQ=255) agggTATGGTTTTCTTTTTACAATTAAAGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTta < 2:6178634/88‑1 (MQ=255) gTATGGTTTTCTTTTTACAATTAAAGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAg < 2:1291594/91‑1 (MQ=255) tATGGTTTTCTTTTTACAATTAAAGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAgg < 1:1707556/91‑1 (MQ=255) tATGGTTTTCTTTTTACAATTAAAGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAgg < 2:1939031/91‑1 (MQ=255) aTGGTTTTCTTTTTACAATTAAAGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGc > 2:3791337/1‑91 (MQ=255) aTGGTTTTCTTTTTACAATTAAAGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGc < 2:5767573/91‑1 (MQ=255) tGGTTTTCTTTTTACAATTACAGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCa < 1:2177664/91‑1 (MQ=255) tGGTTTTCTTTTTACAATTAAAGAGGCAACCGTTGTTATAGTCTAACACTGGTTGGTTCCTCTTATTTTATGTGCTAAATATTTATAGGCa < 2:2080088/91‑1 (MQ=255) tGGTTTTCTTTTTACAATTAAAGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCa > 1:159410/1‑91 (MQ=255) ggTTTTCTTTTTACAATTAAAGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCaa < 2:842881/91‑1 (MQ=255) gTTTTCTTTTTACAATTAAAGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCAAt < 1:745356/91‑1 (MQ=255) tttCTTTTTACAATTAAAGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCAAttt < 1:5929914/91‑1 (MQ=255) ttCTTTTTACAATTAAAGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCAAtttt > 1:6491273/1‑91 (MQ=255) ttCTTTTTACAATTAAAGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCAAtttt < 1:92700/91‑1 (MQ=255) ttCTTTTTACAATTAAAGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCAAtttt > 2:4055224/1‑91 (MQ=255) ttCTTTTTACAATTAAAGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTAGGTGCTAAAAATTTATAGGCAAtttt > 2:6494391/1‑91 (MQ=255) cTTTTTACAATTAAAGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCAATTttat < 1:6279643/91‑1 (MQ=255) tttACAATTAAAGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCAATTTTATTac < 1:6363259/91‑1 (MQ=255) cAATTAAAGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCAATTTTATTacaaca > 2:5373343/1‑91 (MQ=255) ttAAAGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCAATTTTATTACAACAATg > 2:2917657/1‑91 (MQ=255) ttAAAGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCAATTTTATTACAACAATg > 1:3575470/1‑91 (MQ=255) tAAAGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCAATTTTATTACAACAATGt < 2:893219/91‑1 (MQ=255) aaGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCAATTTTATTACAACAATg > 2:1142152/1‑88 (MQ=255) aaGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTGTATGTGCTAAAAATTTATAGGCAATTTTATTACAACAATGTAc < 2:395931/91‑1 (MQ=255) agagCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCAATTTTATTACAACAATGTACa > 2:553017/1‑91 (MQ=255) gCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCAATTTTATTACAACAATGTACAttt < 1:1025635/91‑1 (MQ=255) gCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCAATTTTATTACAACAATGTACAttt > 2:3295377/1‑91 (MQ=255) cAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCAATTTTATTACAACAATGTACATTTaa > 2:4931727/1‑91 (MQ=255) aCCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCAATTTTATTACAACAATGTACATTTAAgg > 2:181743/1‑91 (MQ=255) ccGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCAATTTTATTACAACAATGTACATTTAAGGt > 1:6580362/1‑91 (MQ=255) ccGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCAATTTTATTACAACAATGTACATTTAAGGt < 2:3464654/91‑1 (MQ=255) ccGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCAATTTTATTACAACAATGTACATTTAAGGt < 2:2810797/91‑1 (MQ=255) cGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCAATTTTATTACAACAATGTACATTTAAGGTg < 1:6532239/91‑1 (MQ=255) cGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCAATTTTATTACAACAATGTACATTTAAGGTg < 2:4428107/91‑1 (MQ=255) cGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCAATTTTATTACAACAATGTACATTTAAGGTg < 1:2364657/91‑1 (MQ=255) gttgttATAGTCTAACAATGGTTGGCTCtttaattgtaaaaagaaaaccatacgctatgcgtatggttcagaaaaggttctaccattgtca < 2:597120‑M2/91‑64 (MQ=255) ttgttATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCAATTTTATTACAACAATGTACATTTAAGGTGAc > 1:2472704/1‑91 (MQ=255) tgttATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCAATTTTATTACAACAATGAACATTTAAGGTGAcc < 2:3018727/91‑1 (MQ=255) gttATAGTCTAACAATGGTTGGCTCtttaattgtaaaaagaaaaccatacgctatgcgtatggttcagaaaaggttctaccattgtcacaa < 2:5007052‑M2/91‑67 (MQ=255) gttATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCAATTTTATTACAACAATGTACATTTAAGGTGACCt > 1:3484040/1‑91 (MQ=255) gttATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCAATTTTATTACAACAATGTACATGTAAGGTGACCt > 2:6981071/1‑91 (MQ=255) ataGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCAATTTTATTACAACAATGTACATTTAAGGTGACCTTCa < 1:2623518/91‑1 (MQ=255) ataGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCAATTTTATTACAACAATGTACATTTAAGGTGACCTTCa < 1:4961627/91‑1 (MQ=255) aGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCAATTTTATTACAACAATGTACATTTAAGGTGACCTTCATg < 1:5523532/91‑1 (MQ=255) gTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCAATTTTATTACAACAATGTACATTTAAGGTGACCTTCATGc < 1:580927/91‑1 (MQ=255) tCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCAATTTTATTACAACAATGTACATTTAAGGTGACCTTCATGcc < 1:3250735/91‑1 (MQ=255) cTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCAATTTTATTACAACAATGTACATTTAAGGTGACCTTCATGCCa < 2:3929272/91‑1 (MQ=255) cTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGAGCTAAAAATTTATAGGCAATTTTATTACAACAATGTACATTTAAGGTGACCTTCATGCCa < 1:5391754/91‑1 (MQ=255) tAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCAATTTTATTACAACAATGTACATTTAAGGTGACCTTCATGCCaa < 2:2279367/91‑1 (MQ=255) aaCAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCAATTTTATTACAACAATGTACATTTAAGGTGACCTTCATGCCaaa > 1:2640105/1‑91 (MQ=255) aaCAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCAATTTTATTACAACAATGTACATTTAAGGTGACCTTCATGCCaaa > 1:567834/1‑91 (MQ=255) aaCAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCAATTTTATTACAACAATGTACATTTAAGGTGACCTTCATGCCaaa > 2:2372232/1‑91 (MQ=255) aCAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCAATTTTATTACAACAATGTACATTTAAGGTGACCTTCATGCCaaaa > 2:4602878/1‑91 (MQ=255) cAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCAATTTTATTACAACAATGTACATTTAAGGTGACCTTCATGCCAAAAt < 2:5298158/91‑1 (MQ=255) aTGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCAATTTTATTACAACAATGTACATTTAAGGTGACCTTCATGCCAAAATCg > 2:2523086/1‑91 (MQ=255) ggTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCAATTTTATTACAACAATGTACATTTAAGGTGACCTTCATGCCAAAATCGCa > 1:1844822/1‑91 (MQ=255) ggTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCAATTTTATTACAACAATGTACATTTAAGGTGACCTTCATGCCAAAATCGCa > 2:734790/1‑91 (MQ=255) ttGGCTCtttaattgtaaaaagaaaaccatacgctatgcgtatggttcagaaaaggttctaccattgtaacaaaaaatgcatctctacgtg > 2:6291652‑M2/1‑7 (MQ=255) ttGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCAATTTTATTACAACAATGTACATTTAAGGTGACCTTCATGCCAAAATCGCATc > 1:424781/1‑91 (MQ=255) ttGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCAATTTTATTACAACAATGTACATTTAAGGTGACCTTCATGCCAAAATCGCATc > 1:6702514/1‑91 (MQ=255) tGGCTCtttaattgtaaaaagaaaaccatacgctatgcgtatggttcagaaaaggttctaccattgtcacaaaaaatgcatctctacgtgc < 2:5419186‑M2/91‑86 (MQ=255) tGGCTCtttaattgtaaaaagaaaaccatacgctatgcgtatggttcagaaaaggttctaccattgtcacaaaaaatgcatctctacgtgc < 1:6073820‑M2/91‑86 (MQ=255) tGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCAATTTTATTACAACAATGTACATTTAAGGTGACCTTCATGCCAAAATCGCATCa > 1:1372704/1‑91 (MQ=255) ggCTCtttaattgtaaaaagaaaaccatacgctatgcgtatggttcagaaaaggttctaccattgtcacaaaaaatgcatctctacgtgct < 2:2601759‑M2/91‑87 (MQ=255) ggCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCAATTTTATTACAACAATGTACATTTAAGGTGACCTTCATGCCAAAATCGCATCAc < 1:6222352/91‑1 (MQ=255) ggCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCAATTTTATTACAACAATGTACATTTAAGGTGACCTTCATGCCAAAATCGCATCAc < 1:1511469/91‑1 (MQ=255) ggCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCAATTTTATTACAACAATGTACATTTAAGGTGACCTTCATGCCAAAATCGCATCAc > 2:6713499/1‑91 (MQ=255) ggCTCCTCTTATATTAAGAACTAAAAATTTATAGGCAATTTTATTACAACAATGTACATTTAAGGTGACCTTCATGCCAAAATCGCATCAc < 2:3702782/91‑1 (MQ=255) gCTCtttaattgtaaaaagaaaaccatacgctatgcgtatggttcagaaaaggttctaccattgtcacaaaaaatgcatctctacgtgcta < 1:1145127‑M2/91‑88 (MQ=255) ctttaattgtaaaaagaaaaccatacgctatgcgtatggttcagaaaaggttctaccattgtcacaaaaaatgcatctctacgtgctagaa > 2:4688903‑M2/1‑1 (MQ=255) cctcTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCAATTTTATTACAACAATGTACATTTAAGGTGACCTTCATGCCAAAATCGCATCACTCAt < 1:1947885/91‑1 (MQ=255) | TAGAACCTTTTCTGAACCATACGCATA‑GCGTATGGTTTTCTTTTTACAATTAAAGAGCCAACCGTTGTTATAGTCTAACAATGGTTGGCTCCTCTTATTTTATGTGCTAAAAATTTATAGGCAATTTTATTACAACAATGTACATTTAAGGTGACCTTCATGCCAAAATCGCATCACTCAT > USA300TCH1516_ALE/1918492‑1918672 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |