| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2661788 = | 121 (0.970) | 6 (0.050) | 6/226 | NT | 5.9% | intergenic (‑181/‑140) | ybiV/yydI | Sugar phosphatase YbiV/putative peptide export ATP‑binding protein YydI |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2661832 = | 85 (0.780) | intergenic (‑225/‑96) | ybiV/yydI | Sugar phosphatase YbiV/putative peptide export ATP‑binding protein YydI | |||||
AGTTATTTAGTTTCATGTATACAACTCCTATGTATAAAGGGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAATATAGTGTGATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2661943‑2661788‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaatatagtgtgatatACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTTAAAAACAAAC > USA300TCH1516_ALE/2661832‑2661967 AGTTATTTAGTTTCATGTATACAACTCCTATGTATAAAGGGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATA < 1:849555/141‑1 gttgtgTAGTTGCATGTATACAACTCCTATGTATAAAGGGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAA < 2:314209/135‑1 GTTATTTAGTTTCATGTATACAACTCCTATGTATAAAGGGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAA < 3:291617/141‑1 GTTATTTAGTTTCATGTATACAACTCCTATGTATAAAGGGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAA > 1:727945/1‑141 TATTTAGTTTCATTTATACAACTCCTATTTATAAAGTGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAAT < 2:807743/141‑1 TATTTAGTTTCATGTATACAACTCCTATGTATAAAGGGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAAT > 1:1026522/1‑141 TATTTAGTTTCATGTATACAACTCCTATGTATAAAGGGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAAT > 1:908243/1‑141 ATTTAGTTTCATGTATACAACTCCTATGTATAAAGGGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAATA < 1:400948/141‑1 ATTTAGTTTCATGTATACAACTCCTATGTATAAAGGGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAATA < 1:588892/141‑1 ATTTAGTTTCATGTATACAACTCCTATGTATAAAGGGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAATA > 2:117663/1‑141 TTTAGTTTCATGTATACAACTCCTATGTATAAAGGGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAATAT > 1:516993/1‑141 GTTTCATGTCTACAACTCCTATGTATAAAGGGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAATATAGTG > 1:954661/1‑141 TTTCATGTATACAACTCCTATGTATAAAGGGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAATATAGTGT < 3:113585/141‑1 TTCATGTATACATCTCTTATGTATAAAGGGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAATATAGTGTG < 4:288901/141‑1 TTCATGTATACAACTCCTATGTATAAAGGGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAATATAGTGTG < 1:881081/141‑1 TAAAGGGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAGATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAATATAGTGTGATATAATAATTTATAACATCTAT > 1:14781/1‑141 TAAAGGGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTAT > 2:14781/1‑141 TAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTA > 1:824359/1‑141 GTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATA > 1:994147/1‑141 ACTATATTTTGTCTAAATGATAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACT > 1:687767/1‑141 TTTTGTCTAAATGATAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAA > 3:372903/1‑141 AAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGT > 1:818161/1‑141 AATATATTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCTGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTT < 2:902037/141‑1 AATATAGTGTTATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTT < 2:293878/141‑1 AATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTT < 2:478431/141‑1 AATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTT < 3:366942/141‑1 AATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTT < 3:137893/141‑1 ATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTTAAA < 1:653186/141‑1 ATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTTAAA > 4:100132/1‑141 ATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTTAAA > 2:507739/1‑141 ATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACGAAATAACTATTCTTTAAAAGTTAAA > 1:945347/1‑141 ATAGTGTGATATACTAATTTATAACAGCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAGAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATTAAACTAAATATCTATTCTTTAAAAGTTAAA < 2:862150/141‑1 AGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTTAAAAA > 3:178128/1‑141 TGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTTAAAAACA > 2:402531/1‑141 TGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTTAAAAACA < 4:135160/141‑1 TGATATAGTAATTTATAACATCGATTCATCATGTGAAAGAATTATTATAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTATATTACTATTCTTTAAAAGTTAAAAACAta < 2:952977/141‑3 TGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTTAAAAACAAA < 2:431410/141‑1 TGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTTAAAAACAAA < 2:588892/141‑1 TGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTTAAAAACAAA < 1:615036/141‑1 TGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTTAAAAACAAA < 2:504555/141‑1 GATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTTAAAAACAAAC < 1:185842/141‑1 AGTTATTTAGTTTCATGTATACAACTCCTATGTATAAAGGGATTTATTACACCGATATTTAATTGTATTTTTAAAAATTCTTTCACATTATGTATAGATGTTATAAATTAGTATATCACACTATATTTTGTCTAAATGATAAATATAGTGTGATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2661943‑2661788‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaatatagtgtgatatACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTTAAAAACAAAC > USA300TCH1516_ALE/2661832‑2661967 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |