| New junction evidence | |||||||||||
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CTATATTCACATTTTGAAATTGCTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCA‑TTTAGA‑CA‑AAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTTAAAAACAAAC > USA300TCH1516_ALE/2661692‑2661967 | cTATATTCACATTTTGAAATTGCTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCA‑TTTAGA‑CA‑AAATATAGTGTGAtata < 1:217133/141‑1 (MQ=255)cTATATTCACATTTTGAAATTGCTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCA‑TTTAGA‑CA‑AAATATAGTGTGAtata < 1:473362/141‑1 (MQ=255) atatTCACATTTTGAAATTGCTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGATGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATAA‑TTTAGA‑CA‑AAATATAGTGTGATATACt < 4:111185/141‑1 (MQ=255) atatTCACATTTTGAAATTGCTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCA‑TTTAGA‑CA‑AAATATAGTGTGATATACt < 1:1079286/141‑1 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2:507739‑M2/13‑141 (MQ=255) atagtgtgatatACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACGAAATAACTATTCTTTAAAAGTTaaa > 1:945347‑M2/13‑141 (MQ=255) atagtgtgatatACTAATTTATAACAGCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAGAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATTAAACTAAATATCTATTCTTTAAAAGTTaaa < 2:862150‑M2/129‑1 (MQ=255) agtgtgatatACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTTaaaaa > 3:178128‑M2/11‑141 (MQ=255) tgtgatatACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTTAAaaaca < 4:135160‑M2/133‑1 (MQ=255) tgatatACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCCTTTATACATAGGAGTTGTATACATGAAACTAAATAACTATTCTTTAAAAGTTAAaaacaaa < 1:615036‑M2/135‑1 (MQ=255) 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USA300TCH1516_ALE/2661692‑2661967 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |