New junction evidence | |||||||||||
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? | USA300TCH1516_ALE | = 1878633 | 114 (1.060) | intergenic (+92/+25) | USA300HOU_RS09320/ebh_2 | Ferredoxin‑‑NADP reductase/Extracellular matrix‑binding protein ebh |
Only 100 of 154 total aligned reads displayed.
TGCACTCGTAACAGGACATGTCGCTGGATTATATGCCGGACATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGTAAATCCATTCCTTCAGAA > USA300TCH1516_ALE/1878475‑1878754 | cACTCGTAACAGGACATGTCGCTGGATTATATGCCGGACATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGa > 1:281397/1‑141 (MQ=255) aCTCGTAACAGGACATGTCGCTGGATTATATGCCGGACATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACaaaa < 4:108556‑M1/141‑5 (MQ=255) tCGTAACAGGACATGTCGCTGGATTATATGCCGGACATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTc > 2:59777/1‑141 (MQ=255) cGTAACAGGACATGTCGCTGGATTATATGCCGGACATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCa > 1:356365/1‑141 (MQ=255) aaCAGGACATGTCGCTGGATTATATGCCGGACATTACTCACATGCATCAATGGAGTAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTa > 3:273494/1‑141 (MQ=255) gACATGTCGCTGGATTATATGCCGGACATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAg > 2:125959/1‑141 (MQ=255) tGTCGCTGGATTATATGCCGGACATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTc > 2:567960/1‑141 (MQ=255) cGCTGGATTATATGCCGGACATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCgtt < 1:897415‑M2/141‑4 (MQ=255) cGCTGGATTATATGCCGGACATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCgtt < 3:178142‑M2/141‑4 (MQ=255) gCTGGATTATATGCCGGACATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCgtta < 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tGCCGGTCATTACTCACATACATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAATTAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCgttatattaaggtca < 1:128206‑M2/141‑16 (MQ=255) tGCCGGACATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCgttatattaaggtca < 2:738403‑M2/141‑16 (MQ=255) tGCCGGACATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCgttatattaaggtca < 1:754938‑M2/141‑16 (MQ=255) ccGGACATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCgttatattaaggtcatt < 2:1004167‑M2/141‑18 (MQ=255) ggACATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTc < 2:501308/141‑1 (MQ=255) ttACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTaa < 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1:754938‑M1/141‑127 (MQ=255) tGACCTTAATATAACgacactttttagtgactcagttatattaaggtcatttttatttgaatgaaaaagttgatctactaaagagaatcgaaccaaattttatactattattccattgatgcatgtgagtaatgtccggca < 1:754886‑M1/141‑127 (MQ=255) tGACCTTAATATAACgacactttttagtgactcagttatattaaggtcatttttaattgaatgaaaaagttgatctactaaagagaatcgaaccaaattttatactattattccattgatgtatgtgagtaatgaccggca < 1:128206‑M1/141‑127 (MQ=255) tGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCgttatattaaggtcatttttatttgaatgaaaaagttgatctactaaagagaatcgaaccaaattttatactattattccattgatgcatgtgagtaatgtccggca < 2:569294‑M2/141‑108 (MQ=255) gACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCgttatattaaggtcatttttatttgaatgaaaaagttgatctactaaagagaatcgaaccaaattttatactattattccattgatgcatgtgagtaatgtccggcat < 1:984333‑M2/141‑109 (MQ=255) gACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCgatatattaagctcatttttatttgaatgaaaaagttgatctactaaagagaattggaccaaattttatattattatcccaatgacgcatgtgagtaatgtcgggcat < 4:66076‑M2/141‑109 (MQ=255) cTTAATATAACgacactttttagtgattcagttatattaaggtcatttttatttgaatgaaaaagttgatctactaaagagaatcgaacgaaattttatactattattccattgatgcatgtgtgtaatgtcgggcatata > 1:313097‑M1/1‑11 (MQ=255) tAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCgttatattaaggtcatttttatttgaatgaaaaagttgatctactaaagagaatcgaaccaaattttatactattattccattgatgcatgtgagtaatgtccggcatataat < 1:761270‑M2/141‑114 (MQ=255) tAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCgttatattaaggtcatttttatttgaatgaaaaagttgatctactaaagagaatcgaaccaaattttatactattattccattgatgcatgtgagtaatgtccggcatataat < 4:322875‑M2/141‑114 (MQ=255) tAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTGTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGTAAATCCATTc > 3:7947/1‑141 (MQ=255) atatAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGTAAATCCATTCCt < 2:742360/141‑1 (MQ=255) taACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGTAAATCCATTCCTTCa > 4:95283/1‑141 (MQ=255) aaCgacactttttagtgactcagttatattaaggtcatttttatttgaatgaaaaagttgatctactaaagagaatcgaaccaaattttatactattattccattgatgcatgtgagtaatgtccggcatataatccagcg < 1:388628‑M1/141‑139 (MQ=255) aaCgacactttttagtgactcagttatattaaggtcatttttatttgaatgaaaaagttgatctactaaagagaatcgaaccaaattttatactattattccattgatgcatgtgagtaatgtccggcatataatccagcg < 1:897415‑M1/141‑139 (MQ=255) aaCgacactttttagtgactcagttatattaaggtcatttttatttgaatgaaaaagttgatctactaaagagaatcgaaccaaattttatactattattccattgatgcatgtgagtaatgtccggcatataatccagcg < 3:440477‑M1/141‑139 (MQ=255) aaCgacactttttagtgactcagttatattaaggtcatttttatttgaatgaaaaagttgatctactaaagagaatcgaaccaaattttatactattattccattgatgcatgtgagtaatgtccggcatataatccagcg < 3:178142‑M1/141‑139 (MQ=255) aCTGAGTCACTAAAAAGTGTCTTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGTAAATCCATTCC‑TCAGaa > 2:495776/1‑141 (MQ=255) aCTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGTAAATCCATTCCTTCAGa > 3:106343/1‑141 (MQ=255) | TGCACTCGTAACAGGACATGTCGCTGGATTATATGCCGGACATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGTAAATCCATTCCTTCAGAA > USA300TCH1516_ALE/1878475‑1878754 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |