| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1878633 | 114 (1.060) | intergenic (+92/+25) | USA300HOU_RS09320/ebh_2 | Ferredoxin‑‑NADP reductase/Extracellular matrix‑binding protein ebh | |||||
Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
TGTCGCTGGATTATATGCCGGACATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGTAAATCCATTCCTTCAGAACCTGTATTTGGAAGTT > USA300TCH1516_ALE/1878493‑1878770 | tGTCGCTGGATTATATGCCGGACATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTc > 2:760483/1‑141 (MQ=255)tGTCGCTGGATTATATGCCGGACATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTc > 2:567960/1‑141 (MQ=255) cGCTGGATTATATGCCGGACATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCgtt < 1:897415‑M2/141‑4 (MQ=255) cGCTGGATTATATGCCGGACATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCgtt < 3:440477‑M2/141‑4 (MQ=255) 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atatAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGTAAATCCATTCCt < 2:742360/141‑1 (MQ=255) taACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGTAAATCCATTCCTTCa > 4:95283/1‑141 (MQ=255) aCTGAGTCACTAAAAAGTGTCTTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGTAAATCCATTCC‑TCAGaa > 2:495776/1‑141 (MQ=255) aCTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGTAAATCCATTCCTTCAGa > 3:106343/1‑141 (MQ=255) gTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTATGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCCATGGTACATCCATTCCTTCAGACCCTg < 4:318265/141‑1 (MQ=255) gTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGTAAATCCATTCCTTCAGAACCTg < 2:598986/141‑1 (MQ=255) acaaCTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGTAAATCCATTCCTTCAGAACCTg < 2:356365/138‑1 (MQ=255) cTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTTGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGTAAATCCATTCCTTCAGAACCTGTAtt > 4:156387/1‑141 (MQ=255) tAAAAAGTGTCgttatattaaggtcatttttatttgaatgaaaaagttgatctactaaagagaatcgaaccaaattttatactattattccattgatgcatgtgagtaatgtccggcatataatccagcgacatgtcctgt < 4:400373‑M2/141‑131 (MQ=255) aaaGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGTAAATCCATTCCTTCAGAACCTGTATTTGGa < 1:433799/141‑1 (MQ=255) aaGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGTAAATCCATTCCTTCAGAACCTGTATTTGGaa < 1:309220/141‑1 (MQ=255) aGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTTTTTTTTTTTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGTAAATCCATTCCTTCAGAACCTGTATTTGGAAg > 2:442019/1‑141 (MQ=255) aGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGTAAATCCATTCCTTCAGAACCTGTATTTGGAAg > 2:257255/1‑141 (MQ=255) tgtCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTTTTTTTTTTTTCGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGTAAATCCATTCCTTCAGAACCTGTATTTGGAAggt > 2:121923/1‑139 (MQ=255) tgtCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTTTTTTTTTTTTCGTCTTCTAACTACCAAAGCCGTACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGTACATCCATTCCCTCAGAACATGTATTTGGAAGtt > 2:1086634/1‑141 (MQ=255) tgtCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGTAAATCCATTCCTTCAGAACCTGTATTTGGAAGtt > 3:432990/1‑141 (MQ=255) tgtCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGTAAATCCATTCCTTCAGAACCTGTATTTGGAAGtt < 3:229783/141‑1 (MQ=255) | TGTCGCTGGATTATATGCCGGACATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGTAAATCCATTCCTTCAGAACCTGTATTTGGAAGTT > USA300TCH1516_ALE/1878493‑1878770 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |