| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2525575 = | 131 (1.050) | 3 (0.030) | 3/228 | NT | 2.8% | intergenic (‑147/+83) | sirB/ytmI | Sirohydrochlorin ferrochelatase/putative N‑acetyltransferase YtmI |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2525640 = | 95 (0.860) | intergenic (‑212/+18) | sirB/ytmI | Sirohydrochlorin ferrochelatase/putative N‑acetyltransferase YtmI | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 162 total aligned reads displayed.
CAACCCTTTCACACGTATTGTATACCAAATCATTTTGTTTTTGTGAAAAGAATCACATTATAATGTAAAATC‑AGGGAATTCCCTGATGCCTGT‑AGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTGTTTCGTCAAAGCGCTCGGGTATCAATACTTTG > USA300TCH1516_ALE/2525435‑2525715 | cAACCCTTTCACACGTATTGTATACCAAATCATTTTGTTTTTGTGAAAAGAATCACATTATAATGTAAAATC‑AGGGAATTCCCTGATGCCTGT‑AGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCaaaaaa < 1:394134/141‑1 (MQ=255)cAACCCTTTCACACGTATTGTATACCAAATCATTTTGTTTTTGTGAAAAGAATCACATTATAATGTAAAATC‑AGGGAATTCCCTGATGCCTGT‑AGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTAAGTaaaaaaaaaaaa < 2:998634/141‑1 (MQ=255) aaCCCTTTCACACGTATTGTATACCAAATCATTTTGTTTTTGTGAAAAGAATCGCATTATAATGTAAAATC‑AGGGAATTCCCTGATGCCTGT‑AGTCATGCATATTCATTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAAGCaaaaaaa > 2:512775/1‑141 (MQ=255) aaCCCTTTCACACGTATTGTATACCAAATCATTTTGTTTTTGTGAAAAGAATCACATTATAATGTAAAATC‑AGGGAATTCCCTGATGCCTGT‑AGTCATGCATATTCATTCTACATATTCCCTTATTGTTAAATCaaaaaaa < 2:594491/141‑1 (MQ=255) aCCCTTTCACACGTATTGTATACCAAATCATTTTGTTTTTGTGAAAAGAATCACATTATAATGTAAAATC‑AGGGAATTCCCTGATGCCTGT‑AGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAg < 1:539575/141‑1 (MQ=255) cccTTTCACACGTATTGTATACCAAATCATTTTGTTTTTGTGAAAAGAATCACATTATAATGTAAAATC‑AGGGAATTCCCTGATGCCTGT‑AGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGc < 3:431712/141‑1 (MQ=255) aagaggttatgaaatatacagcgaacatgaaaatgatgatggcgatttaggtgtgatcatgcgcaaagtattgatacccgagcgctttgacgaaacaatattaggccaaccaccattttaagataataatatacactacaa < 4:423850‑M1/2‑1 (MQ=255) ccTTTCACACGTATTGTATACCAAATCATTTTGTTTTTGTGAAAAGAATCACATTATAATTTAAAATC‑AGGGAATTCCCTGATGCCTGT‑AGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCg < 2:258887/141‑1 (MQ=255) cTTTCAAACGTATTGTATACCAAATCAATTTATTTTTGTGAAAAGAATCACATTATAATGTAAAATC‑AGGGAATTCCCTGATGCCTGT‑AGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTAATTAATAAAAAAAAAAAAGCGa < 4:195908/141‑1 (MQ=255) ttCACACGTATTGTATACCAAATCATTTTGTTTTTGTGAAAAGAATCACATTATAATGTAAAATC‑AGGGAATTCCCTGATGCCTGT‑AGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGAcc > 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ccAAATCATTTTGTTTTTGTGAAAAGAATCACATTATAATGTAAAATC‑AGGGAATTCCCTGATGCCTGT‑AGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTAc < 1:650487/141‑1 (MQ=255) aaaTCATGTTTTTTTCGTGAAAACAATCATATTATAATGGAAAATC‑AAGGAATTCTCAAATACCTAT‑AGTCATGCATATTCCTTGTACATTTTCCCTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTc < 2:980384/141‑1 (MQ=255) aTTTTGTTTTTGTGAAAAGAATCACATTATAATGTAAAATC‑AGGGAATTCACTGATGCCTGT‑AGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTATTAAAAAAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACat < 1:89465/141‑1 (MQ=255) tttgtttttgtGAAAAGAATCACATTATAATGTAAAATC‑AGGGAATTCCATGATGCCTGT‑AGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACattt > 3:194060/1‑141 (MQ=255) ttgtttttgtGAAAAGAATCACATTATAATGTAAAATC‑AGGGAATTCCCTGATGCCTGT‑AGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACattta > 1:150781/1‑141 (MQ=255) gtttttgtGAAAAGAATCACATTATAATGTAAAATC‑AGGGAATTCCCTGATGCCTGT‑AGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACatttatt > 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gtgAAAAGAATCACATTATAATGTAAAATC‑AGGGAATTCCCTGATGCCTGT‑AGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGagca < 3:455804/141‑1 (MQ=255) aaaaGAATCACATTATAATGTAAAATC‑AGGGAATTCCCTGATGCCTGT‑AGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCACCATTTCTTTGagcaagc > 2:1024548/1‑141 (MQ=255) aaaaGAATCACATTATAATGTAAAATC‑AGGGAATTCCCTGATGCCTGT‑AGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGagcaagc > 4:430308/1‑141 (MQ=255) aaaGAATCACATTATAATGTAAAATC‑AGGGAATTCCCTGATGCCTGT‑AGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGagcaagca < 3:165988/141‑1 (MQ=255) tttttttacaTTATAATGTAAAATC‑AGGGAATTCCCTGATGCGTGT‑AGTCATGCATTTTTCTTCTGCTTTTTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCAt > 2:342592/8‑141 (MQ=255) aaGAATCACATTATAATGTAAAATC‑AGGGAATTCCCTGATGCCTGT‑AGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCAt < 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cacaTTATAATGTAAAATC‑AGGGAATTCCCTGATGCCTGT‑AGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatat > 1:168142/1‑141 (MQ=255) acaTTATAATGTAAAATC‑AGGGAATTCCCTGATGCCTGT‑AGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatata > 2:465887/1‑141 (MQ=255) caTTATAATGTAAAATC‑AGGGAATTCCCTGATGCCTGT‑AGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatat < 2:8430/141‑1 (MQ=255) accatgcgcaaagtattgatacccgagcgctttgacgaaacaatattaggccaaccaccattttaagataataatatacactacAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTGATATATc > 3:353241‑M1/85‑141 (MQ=255) taATGTAAAATC‑AGGGAATTCCCTGATGCCTGT‑AGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTc > 3:170131/1‑141 (MQ=255) catgcgcaaagtattgatacccgagcgctttgacgaaacaatattaggccaaccaccattttaagataataatatacactacAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCgg > 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(MQ=255) ccTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAatat > 4:33351/1‑141 (MQ=255) ccTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAatat < 3:295982/141‑1 (MQ=255) ccTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAatat > 2:139224/1‑141 (MQ=255) ccTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACAATTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAatat > 1:1060104/1‑141 (MQ=255) ccTTATACATTTTCCCTTTAAGAAAAATAAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAatat < 2:184548/141‑1 (MQ=255) ttATACATTTTCCCTTTTTTTTTTTTTTTTTAAAGCAACCTATATATGAATTTCTTCTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCTTTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATTGTGTTTTTCCTAATAttt > 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ataCATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTGtt > 1:100206/1‑141 (MQ=255) ttCCGTTTTTGTAAAAAAAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTGTTTCGTCaa < 2:729696/141‑1 (MQ=255) ttCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTGTTTCGTCaa < 4:53361/141‑1 (MQ=255) ttCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTGTTTCGTCaa > 1:588688/1‑141 (MQ=255) tttGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTTATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATATTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTGTTTCGTCAAAGCtctc > 2:59613/1‑141 (MQ=255) tttGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTGTTTCGTCAAAGCGCTc > 3:139043/1‑141 (MQ=255) tttGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTGTTTCGTCAAAGCGCTc < 3:112919/141‑1 (MQ=255) aTCAAAACAAGCGGCAGATATAACAATCCCTTCAGAATGTTTTTTTGAGCAAGCAGTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTATAATGGTGGTTGGCCTAATATTGTTTCGTCAAAGCGCTCGGGAATCa < 2:263034/141‑1 (MQ=255) tCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATAAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTGTTTCGTCAAAGCGCTCGGGTATCaa < 4:283728/141‑1 (MQ=255) aaaaaaGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTGTTTCGTCAAAGCGCTCGGGTATCAATAc < 1:470311/141‑1 (MQ=255) aaaaaGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTGTTTCGTCAAAGCGCTCGGGTATCAATACt > 1:860483/1‑141 (MQ=255) aaaaaGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTGTTTCGTCAAAGCGCTCGGGTATCAATACt > 2:96826/1‑141 (MQ=255) AAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTGTTTCGTCAAAGCGCTGGGGTATCAATATTTTg < 1:326688‑M1/141‑1 (MQ=255) | CAACCCTTTCACACGTATTGTATACCAAATCATTTTGTTTTTGTGAAAAGAATCACATTATAATGTAAAATC‑AGGGAATTCCCTGATGCCTGT‑AGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTGTTTCGTCAAAGCGCTCGGGTATCAATACTTTG > USA300TCH1516_ALE/2525435‑2525715 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |