| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2628271 = | 123 (0.990) | 4 (0.030) | 4/242 | NT | 3.5% | intergenic (+141/+70) | sarU/gtaB | HTH‑type transcriptional regulator SarU/UTP‑‑glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2628335 = | 103 (0.880) | intergenic (+205/+6) | sarU/gtaB | HTH‑type transcriptional regulator SarU/UTP‑‑glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
AATAAAAATACATAATTAACTTTCTTTTGTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGCATATTCTATGGTAGTTTTAACGAAGCCTAATTTTTCTCCAACGTCATAACGTTCGCCTTCGAAGTCATATGC > USA300TCH1516_ALE/2628195‑2628475 | aataaaAATACATAATTAACTTTCTTTTGTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCttt < 1:981631/141‑1 (MQ=255)aataaaAATACATAATTAACTTTCTTTTGTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCttt > 1:15893/1‑141 (MQ=255) atatgcattgaaagatgacagtatgcgagaagaattaacacgatttattaaagcattaggtttataacattaaAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTaa > 1:707239‑M1/74‑141 (MQ=255) aaaaTACATAATTAACTTTCTTTTGTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAAt > 2:646060/1‑141 (MQ=255) aaaaTACATAATTAACTTTCTTTTGTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAAt < 2:868487/141‑1 (MQ=255) aaaTACATAATTAACTTTCTTTTGTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATg > 2:854712/1‑141 (MQ=255) aaTACATAATTAACTTTCTTTTGTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTATTGAGTATCATGCTTTTAAtat < 3:328369/141‑3 (MQ=255) aTACATAATTAACTTTCTTTTGTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGtt > 2:641932/1‑141 (MQ=255) aCATAATTAACTTTCTTTTGTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAACTTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTtat > 2:283202/1‑141 (MQ=255) tAATTAACTTTCTTTTGTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATaaa < 3:413994/141‑1 (MQ=255) aTTAACTTTCTTTTGTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAAcc < 2:938537/141‑1 (MQ=255) ttAACTTTCTTTTGTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCt < 4:367199/141‑1 (MQ=255) ctttctttTGTTTTTTTTTTTTTTTAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTTCTGTGTATCATGTTTTTAATGTTATAAACCTAAta > 2:308716/1‑140 (MQ=255) tttctttTGTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGCTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGc > 2:1085133/1‑141 (MQ=255) ttctttTGTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCt > 3:281656/1‑141 (MQ=255) ttttGTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTta < 2:1006795/141‑1 (MQ=255) tGTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTtaata < 2:600521/141‑1 (MQ=255) tttttATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATaaa > 2:403333/1‑141 (MQ=255) tttttATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATaaa > 3:242502/1‑141 (MQ=255) tttttATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGAAACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCTAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATaaa > 1:795843/1‑141 (MQ=255) tttttATATTATTTAAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCCATTTTATTGAGCATCCTGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGATTTCATaaa > 2:516792/1‑141 (MQ=255) tttATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACGGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCGTTAATaaagc < 2:372165/141‑3 (MQ=255) tataTTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTta > 1:987143/1‑116 (MQ=255) tataTTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTta < 2:987143/116‑1 (MQ=255) atatTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCgtg > 1:212758/1‑141 (MQ=255) atatTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCgtg > 2:182061/1‑141 (MQ=255) atatTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCgtg > 1:746576/1‑141 (MQ=255) atatTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCgtg > 2:853140/1‑141 (MQ=255) tattatTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCgtgt < 1:255373/141‑1 (MQ=255) tattatTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCgtgt < 4:316515/141‑1 (MQ=255) ttattTCAATACCCTACTATATATCAGAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTa < 2:861470/141‑1 (MQ=255) ttattTCAATACCCTACTATATATCACAACACATTAATTAATCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTa < 4:341271/141‑1 (MQ=255) ttattTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTa < 2:1043399/141‑1 (MQ=255) attTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAAt < 2:600762/141‑1 (MQ=255) tttCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAAtt > 3:437901/1‑141 (MQ=255) tCAATCCCCTAATATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAAttct < 2:918140/141‑1 (MQ=255) tCAATACCCTACTATATATCTCATCACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAAttct < 2:487369/141‑1 (MQ=255) tCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAAttct < 1:4690/141‑1 (MQ=255) tCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCCTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAAttct > 1:394381/1‑141 (MQ=255) cAATACCCTACTATATNTCACAACACATANATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAAttctt > 1:684931/1‑141 (MQ=255) aaTACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAAttcttc > 1:289630/1‑141 (MQ=255) aTACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATtcttct < 2:854125/141‑1 (MQ=255) cccTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGc > 2:72012/1‑141 (MQ=255) ccTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCa > 1:447653/1‑141 (MQ=255) ctaTATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACt < 2:145559/141‑1 (MQ=255) ctaTATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACt < 2:839065/141‑1 (MQ=255) tatataTCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTg < 2:458151/141‑1 (MQ=255) tatatCACTACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTc < 2:603781/141‑1 (MQ=255) tatatCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCAATCAAGTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCGTTTAATGTTATAACCCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCCGCTCGCATCCTGTc < 2:790403/141‑1 (MQ=255) atatCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCa < 1:693672/141‑1 (MQ=255) tatCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCAt > 3:93364/1‑141 (MQ=255) tatCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCAt > 3:325356/1‑141 (MQ=255) cacaACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCtt > 1:840277/1‑141 (MQ=255) acacATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTTTAAACCTAATGCTTTAATAAATCTTTTTAATTCTTCTCGTATACTGTCATTTTTCaa > 2:161465/1‑141 (MQ=255) caTAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGc > 3:71663/1‑141 (MQ=255) aTAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGCa < 2:287549/141‑1 (MQ=255) tAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGCat > 1:1045860/1‑141 (MQ=255) taaaagcatgatactcagtaaaattggaacacgaaatggtgaactaaattgaatgagtgtcatgcttTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGCATAtt > 2:114594‑M2/68‑141 (MQ=255) tAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGCATATTCt < 2:220739/141‑1 (MQ=255) tAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGCATATTCt < 1:1069370/141‑1 (MQ=255) AGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACAGAGTATCATGATTTTCCTGTAATACACGTATTGCGTTAATAATGCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGCATATTCtac > 1:1029197‑M1/1‑140 (MQ=255) gcatgatactcagtaaaattggaacacgaaatggtgaactaaattgaatgagtgtcatgcttTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGCATATTCTATg > 1:717757‑M2/63‑141 (MQ=255) GCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGCATATTCTATg < 2:948472‑M1/141‑1 (MQ=255) GCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGCATATTCTATg < 2:810222‑M1/141‑1 (MQ=255) caggagacTCAAGCAATATAGTTCACCATGTCGTGATCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTGTAATAAATCGTGTGAATTCTTCGCGCATACTGTCATCTTTCAATGCATATTCTATgg < 2:158239/135‑1 (MQ=255) CATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGCATATTCTATgg < 1:56300‑M1/141‑1 (MQ=255) atgatactcagtaaaattggaacacgaaatggtgaactaaattgaatgagtgtcatgcttTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGCATATTCTATGGt > 1:968702‑M2/61‑141 (MQ=255) TGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGCATATTCTATGGTa > 4:58319‑M1/1‑141 (MQ=255) ACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGCATATTCTATGGTAGt > 3:268949‑M1/1‑141 (MQ=255) cacTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGCATATTCTATGGTAGtt < 1:208427/141‑1 (MQ=255) acTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGCATATTCTATGGTAGttt < 4:143982/141‑1 (MQ=255) cATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGCATATTCTATGGTAGTTTTaa > 1:27322/1‑141 (MQ=255) aTTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGCATATTCTATGGTAGTTTTAACGAAGc > 2:1004524/1‑141 (MQ=255) aTTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGCATATTCTATGGTAGTTTTAACGAAGc < 2:962588/141‑1 (MQ=255) tttAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGCATATTCTATGGTAGTTTTAACGAAGcc < 2:925911/141‑1 (MQ=255) ttAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGCATATTCTATGGTAGTTTTAACGAAGCCt > 3:137807/1‑141 (MQ=255) aGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGCATATTCTATGGTAGTTTTAACGAAGCCTaa < 1:576128/141‑1 (MQ=255) aGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGCATATTCTATGGTAGTTTTAACGAAGCCTaa < 1:576394/141‑1 (MQ=255) gTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGCATATTCTATGGTAGTTTTAACGCAGCCTAAt > 1:597344/1‑141 (MQ=255) gTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGCATATTCTATGGTAGTTTTAACGAAGCCTAAt > 3:311434/1‑141 (MQ=255) gTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGCATATTCTATGGTAGTTTTAACGAAGCCTAAt > 3:406665/1‑141 (MQ=255) gTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGCATATTCTATGGTAGTTTTAACGAAGCCTAAt > 4:32971/1‑141 (MQ=255) cACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGCATATTCTATGGTAGTTTTAACGAAGCCTAAtttt > 1:907176/1‑141 (MQ=255) ttCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGCATATTCTATGGTAGTTTTAACGAAGCCTAATTTTTCTCCa > 1:321214/1‑141 (MQ=255) cGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGCATATTCTATGGTAGTTTTAACGAAGCCTAATTTTTCTCCAAc < 3:448904/141‑1 (MQ=255) cGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGCATATTCTATGGTAGTTTTAACGAAGCCTAATTTTTCTCCAAc > 1:144874/1‑141 (MQ=255) gtgtTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGCATATTCTATGGTAGTTTTAACGAAGCCTAATTTTTCTCCAACg > 4:1870/1‑141 (MQ=255) gtgtTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGCATATTCTATGGTAGTTTTAACGAAGCCTAATTTTTCTCCAACg > 1:349106/1‑141 (MQ=255) tgtTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGCATATTCTATGGTAGTTTTAACGAAGCCTAATTTTTCTCCAACGt > 1:7836/1‑141 (MQ=255) tgtTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGCATATTCTATGGTAGTTTTAACGAAGCCTAATTTTTCTCCAACGt > 1:1086368/1‑141 (MQ=255) ccAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGCATATTCTATGGTAGTTTTAACGAAGCCTAATTTTTCTCCAACGTCATa > 1:870400/1‑141 (MQ=255) aaTTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGCATATTCTATGGTAGTTTTAACGAAGCCTAATTTTTCTCCAACGTCATAAc < 1:978869/141‑1 (MQ=255) ttACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGCATATTCTATGGTAGTTTTAACGAAGCCTAATTTTTCTCCAACGTCATAACGTTc < 2:107706/141‑1 (MQ=255) tACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGCATATTCTATGGTAGTTTTAACGAAGCCTAATTTTTCTCCAACGTCATAACGTTcc < 1:1029864/141‑2 (MQ=255) tACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGCATATTCTATGGTAGTTTTAACGAAGCCTAATTTTTCTCCAACGTCATAACGTTCg > 1:104937/1‑141 (MQ=255) tcTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGCATATTCTATGGTAGTTTTAACGAAGCCTAATTTTTCTCCAACGTCATAACGTTCGc < 2:399563/140‑1 (MQ=255) aGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGCATATTCTATGGTAGTTTTAACGAAGCCTAATTTTTCTCCAACGTCATAACGTTCGCCTTc < 2:893859/141‑1 (MQ=255) aTCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGCATATTCTATGGTAGTTTTAACGAAGCCTAATTTTTCTCCAACGTCATAACGTTCGCCTTCGaa < 3:20686/141‑1 (MQ=255) atgcttTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGCATATTCTATGGTAGTTTTAACGAAGCCTAATTTTTCTCCAACGTCATAACGTTCGCCTTCGAAGTc < 2:370755‑M2/135‑1 (MQ=255) ttAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGCATATTCTATGGTAGTTTTAACGAAGCCTAATTTTTCTCCAACGTCATAACGTTCGCCTTCGAAGTCATATGc < 4:71663/141‑1 (MQ=255) | AATAAAAATACATAATTAACTTTCTTTTGTTTTTATATTATTTCAATACCCTACTATATATCACAACACATAAATTAAGCATGACACTCATTCAATTTAGTTCACCATTTCGTGTTCCAATTTTACTGAGTATCATGCTTTTAATGTTATAAACCTAATGCTTTAATAAATCGTGTTAATTCTTCTCGCATACTGTCATCTTTCAATGCATATTCTATGGTAGTTTTAACGAAGCCTAATTTTTCTCCAACGTCATAACGTTCGCCTTCGAAGTCATATGC > USA300TCH1516_ALE/2628195‑2628475 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |