| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012417 | = 2937 | 673 (1.050) | 8 (0.010) | 5/268 | 46.9 | 1.3% | intergenic (‑263/–) | USA300HOU_RS14900/– | hypothetical protein/– |
| ? | NC_012417 | = 2949 | 593 (0.960) | intergenic (‑275/–) | USA300HOU_RS14900/– | hypothetical protein/– | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TTAATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_012417/2794‑2937‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gaaacTCGTTCACACTCGTTTCAAAAAACAACCTATTCCTTCTTCTTTTTATGACCCTCTAAACCTAAATAAATTAATGTGAAAACCAATGAATAAATAAAACTTTCTAAAAAGTCAAAAGGATTATCAAATAAAATCGAATTA < NC_012417/2949‑2811 TTAATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCTTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTATGTTTAGAAGTTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTG > 2:54778/1‑140TTAATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTCTTCATCGGTTGTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTG > 2:159137/1‑140TTAATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTG > 1:2976/1‑140TTAATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTG < 1:19920/140‑1TTAATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTG > 1:165899/1‑140 TAATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTTTTCATTGGTTTTCACATTATTTTATTTATGTTTATAGGTTTATATTAAGAAGAAGGAATTTGTTGTTTTTTGA > 2:113836/1‑140 TAATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGTTTTTCACATTAATTTATTTATGTTTATAGTGTCATAGAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGt > 2:150165/1‑139 TAATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAGAAACGAATGGGGATAGGTTGTTTTTTGA < 2:82685/140‑1 TAATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGA < 2:64372/140‑1 TAATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGA < 1:33765/140‑1 TAATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGA < 1:47267/140‑1 cATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGATTGTTTTTTGAA > 1:11974/2‑140 AATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGTTTTAGAGGTTTATAAAAAGATGAAGGTATATGTTGTTTTTTGAA > 2:151714/1‑140 AATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAACAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAA > 2:16337/1‑140 AATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAA > 1:15847/1‑140 AATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAA > 2:216574/1‑140 AATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGAGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAA < 2:201919/140‑1 ATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAA > 2:41818/1‑140 TTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATTCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAAC < 2:150776/140‑1 TTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGACAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTACTTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGCATAGGTTGTTTTTTGAAAC > 1:144810/1‑140 TTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGATAC > 1:108705/1‑140 TTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAAC < 2:167757/140‑1 TTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAAC > 1:115474/1‑140 TTTTTAATTTTGTTAATTCGATTGTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAAC < 1:251248/140‑1 TTTTGTTTATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAACTCGTTCA < 2:77157/140‑1 GTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAACTCGTTCACACT < 2:167719/140‑1 GTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAACTCGTTCACACT < 2:119990/140‑1 GTTAATTCGATATTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAACTCGTTCACACT < 1:153211/140‑1 TTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAACTCGTTCACACTC < 1:137504/140‑1 TTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAACTCGTTCACACTC < 1:94227/140‑1 ATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAACTCGTTCACACTCGTTTCAAAAAACAACCTATTC < 1:229668/140‑1 AGAAAGTTTTATTTATGCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAACTCGTTCACACTCGTTTCAAAAAACATCCTATTCCTTCTTCTTTTTATGA < 2:234802/140‑1 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AAACTCGTTCACACTCGTTTCAAAAAACAACCTATTCCTTCTTCTTTTTATGACCCTCTAAACCTAAATAAATTAATGTGAAAACCAATGAATAAATAAAACTTTCTAAAAAGTCAAAAGGATTATCAAATAAAATCGAA > 2:38114/1‑140 AAACTCGTTCACACTCGTTTCAAAAAACAACCTATTCCTTCTTCTTTTTATGACCCTCTAAACCTAAATAAATTAATGTGAAAACCAATGAATAAATAAAACTTTCTAAAAAGTCAAAAGGATTATCAAATAAAATCGAA > 1:136466/1‑140 AAACTCGTTCACACTCGTTTCAAAAAACAACCTATTCCTTCTTCTTTTTATGACCCTCTAAACCTAAATAAATTAATGTGAAAACCAATGAATAAATAAAACTTTCTAAAAAGTCAAAAGGATTATCAAATAAAATCGAA > 1:239145/1‑140 AAACTCGTTCACACTCGTTTCAAAAAACAACCTATTCCTTCTTCTTTTTATGACCCTCTAAACCTAAATAAATTAATGTGAAAACCAATGAATAAATAAAACTTTATAAAAAGTCAAAACGATTATTAAATAAAATCGAA > 2:194167/1‑140 AAACTCGTTCACACTCGTTTCAAAAAACAACCTATTCCTTCTTCTTTTTATGACCCTCTAAACCTAAATAAATTAATGTGAAAACAAATGAATAAATAAAACTTTCTAAAAAGTCAAAAGGATTATCAAATAAAATCGAA > 1:254940/1‑140 AAACTCGTTCACACTCGTTTCAAAAAACAACCTATTCCTTCTTCTTTTTATGACCCTCTAAACCTAAATAAATGAATGTGAAAACCAATGAATAATTAAAACTTTCTAAAAAGTCAAAAGGATTATTAAATAAAATTGAA > 2:232091/1‑140 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CTCGTTCACACTCGTTTCAAAAAACAACCTATTCCTTCTTCTTTTTATGACCCTCTAAACCTAAATAAATTAATGTGAAAACCAATGAATAAATAAAACTTTCTAAAAAGTCAAAAGGATTATCAAATAAAATCGAATTA < 2:61495/140‑1 CTCGTTCACACTCGTTTCAAAAAACAACCTATTCCTTCTTCTTTTTATGACCCTCTAAACCTAAATAAATTAATGTGAAAACCAATGAATAAAACACAATATCTAAAAAGTCAAAAGGATTATCAAATAAAATCGAATTA > 2:117892/1‑140 TTAATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_012417/2794‑2937‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gaaacTCGTTCACACTCGTTTCAAAAAACAACCTATTCCTTCTTCTTTTTATGACCCTCTAAACCTAAATAAATTAATGTGAAAACCAATGAATAAATAAAACTTTCTAAAAAGTCAAAAGGATTATCAAATAAAATCGAATTA < NC_012417/2949‑2811 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |