New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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? | NC_012417 | = 2949 | 593 (0.960) | intergenic (‑275/–) | USA300HOU_RS14900/– | hypothetical protein/– | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 682 total aligned reads displayed.
TTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAACGAGTGTGAACGAGTTTCTTCTTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAG > NC_012417/2798‑3076 | tttttaattttGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAAc < 2:167757/140‑1 (MQ=255) ttttacttgtATGAATTCGATTTTATCTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATCAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAACg < 1:122134/140‑1 (MQ=255) ttaattttGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTCTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAACGAg < 1:164705/140‑1 (MQ=255) taattttGTTAATTTGATTTTATTTGATTATTCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTGATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAACGAgt < 2:80514/140‑1 (MQ=255) taattttGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATACAGTTCTATTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGATGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATATGTTGTTTTTTGAAACGaat > 2:160210/1‑138 (MQ=255) aatgttGTTAATGCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAACGAgtg < 1:47322/140‑1 (MQ=255) tatGTTAATGTGATTTGATTTGATAACCCTTTTGACTGTTTAGAAAGGTTTTTTTATTCATTTGTTTACACATTCATTTATTTAGGTATATATGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGCTTGTTTTTTGAAACGAGTGTGa < 2:148354/138‑1 (MQ=255) ttGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAACGAGTGTGaa < 2:100063/140‑1 (MQ=255) tGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAACGAGTGTGAAc < 2:257688/140‑1 (MQ=255) gTTAATTCTATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAACGAGTGTGAACg < 1:41344/140‑1 (MQ=255) 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tttttGAAACGAGTGTGAACGAGTTTCTTCTTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATaaa < 2:108948/140‑1 (MQ=255) ttttGAAACGAGTGTGAACGAGTTTCTTCTTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATaaaa > 1:219076/1‑140 (MQ=255) ttttGAAACGAGTGTGAACGAGTTTCTTCTTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATaaaa < 1:150329/140‑1 (MQ=255) tGAAACGAGTGTGAACGATTTTCTTCTTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAAc < 1:147116/140‑1 (MQ=255) tGAAACGAGTGTGAACGAGTTTCTTCTTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAAc > 2:127470/1‑140 (MQ=255) aCGAGTGTGAACGAGTTTCTTCTTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCa < 1:97285/140‑1 (MQ=255) | TTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAACGAGTGTGAACGAGTTTCTTCTTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAG > NC_012417/2798‑3076 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |