| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 823754 = | 96 (0.980) | 11 (0.130) | 9/134 | NT | 12.8% | intergenic (‑129/+67) | yjjP_2/dosC | Inner membrane protein YjjP/Diguanylate cyclase DosC |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 823814 = | 70 (0.850) | intergenic (‑189/+7) | yjjP_2/dosC | Inner membrane protein YjjP/Diguanylate cyclase DosC | |||||
CAAAGTAATGTTTAACCCTATTATCAATTTATAACAACGACAAAACTGTTAATCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAAGATTAACAGTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/823854‑823754‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gattaacagttttGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTCTGCATCTTTAA > USA300TCH1516_ALE/823814‑823903 CAAAGTAATGTTTAACCCTATTATCAATTTATAGCAACGACAAACCTGTTAATCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCTAAGAT < 1:3676236/91‑1 AGTAATGTTTAACCCTATTATCAATTTATAACAACGACAAAACTGTTAATCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAAGATTAA < 1:1306984/91‑1 AGTAATGTTTAACCCTATTATCAATTTATAACAACGACAAAACTGTTAATCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAAGATTAA < 1:3377788/91‑1 AGTAATGTTTAACCCTATTATCAATTTATAACAACGACAAAACTGTTAATCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAAGATTAA < 1:3033167/91‑1 AGTAATGTTTAACCCTATTATCAATTTATAACAACGACAAAACTGTTAATCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAAGATTAA < 1:749207/91‑1 AGTAATGTTTAACCCTATTATCAATTTATAACAACGACAAAACTGTTAATCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAAGATTAA > 1:1548750/1‑91 AGTAATGTTTAACCCTATTATCAATTTATAACAACGACAAAACTGTTAATCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAAGATTAA > 1:1548919/1‑91 GTAATGTTTAACCCTATTATCAATTTATAACAACGACAAAACTGTTAATCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAAGATTAAC < 1:1766705/91‑1 GTAATGTTTAACCCTATTATCAATTTATAACAACGACAAAACTGTTAATCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAAGATTAAC < 1:1526702/91‑1 GTAATGTTTAACCCTATTATCAATTTATAACAACGACAAAACTGTTAATCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAAGATTAAC < 1:3000797/91‑1 AATGTTTAACCCTATTATCAATTTATAACAACGACAAAACTGTTAATCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAAGATTAACAG > 1:3711006/1‑91 AATGTTTAACCCTATTATCAATTTATAACAACGACAAAACTGTTAATCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAAGATTAACAG < 1:2925529/91‑1 AATCTTTAAGCCTATTATCAATTTATAACAACGACAAAACTGTTAATCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAAGATTAACAG < 1:3727280/91‑1 GTTTAACCCTATTATCAATTTATAACAACGACAAAACTGTTAATCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAAGATTAACAGTTT < 1:2833722/91‑1 ACAACGACAAAACTGTTAATCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAAGATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATA > 1:2714537/1‑91 ACAACGACAAAACTGTTAATCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAAGATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATA > 1:2714376/1‑91 TGTTAATCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAAGATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTA > 1:3717248/1‑91 GTTAATCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAAGATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTAC > 1:1951667/1‑91 GTTAATCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAAGATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTAC > 1:72120/1‑91 TAATCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAAGATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTT > 1:3705287/1‑91 AATCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAAGATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTT > 1:4116053/1‑91 CTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAAGATTAACAGTTTTCTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAATCATTACTTTGTTT > 1:4148497/1‑91 TTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAAGATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCG > 1:3508052/1‑91 TATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAAGATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCT > 1:3384464/1‑91 ATCATAGTATAATAGCAAAGATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTG > 1:1619769/1‑91 ATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTC < 1:500980/91‑1 TTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTCT < 1:1130710/91‑1 TAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTCTG > 1:621470/1‑91 TAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTCTG > 1:622283/1‑91 AACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTCTGC < 1:4065393/91‑1 AACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTCTGC < 1:2100616/91‑1 AACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTCTGC > 1:3655495/1‑91 AACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTCTGC > 1:2315524/1‑91 AACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTCTGC < 1:789257/91‑1 AACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTCTGC > 1:957983/1‑91 ACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTCTGCA < 1:866936/91‑1 ACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTCTGCA < 1:867935/91‑1 AGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTCTGCATC > 1:1898356/1‑91 TTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTCTGCATCTT > 1:1940196/1‑91 TTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTCTGCATCTT < 1:958583/91‑1 TTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTCTGCATCTTT < 1:2983556/91‑1 TGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTCTGCATCTTTAA > 1:2060489/1‑91 CAAAGTAATGTTTAACCCTATTATCAATTTATAACAACGACAAAACTGTTAATCCTTTGCTATTATTAAATCATAGTATAATAGCAAAGATTAACAGTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/823854‑823754‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gattaacagttttGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTCTGCATCTTTAA > USA300TCH1516_ALE/823814‑823903 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |