| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 823754 = | 96 (0.980) | 11 (0.130) | 9/134 | NT | 12.8% | intergenic (‑129/+67) | yjjP_2/dosC | Inner membrane protein YjjP/Diguanylate cyclase DosC |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 823814 = | 70 (0.850) | intergenic (‑189/+7) | yjjP_2/dosC | Inner membrane protein YjjP/Diguanylate cyclase DosC | |||||
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
CAATTGAAGTTTACAACTTGTTGTTACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAA > USA300TCH1516_ALE/823664‑823843 | ttaaagatgcagacgatatggtgcatgtagccaaaaatcaagggcgaaacaaagtaatgtttaaccctattatcaatttataacaacgaca > 1:2060489‑M1/91‑91 (MQ=255)cAATTGAAGTTTACAACTTGTTGTTACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGaa < 1:3208568/91‑1 (MQ=255)cAATTGAAGTTTACAACTTGTTGTTACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGaa > 1:3720573/1‑91 (MQ=255) aaagatgcagacgatatggtgcatgtagccaaaaatcaagggcgaaacaaagtaatgtttaaccctattatcaatttataacaacgacaaa < 1:2983556‑M1/3‑1 (MQ=255) aTTGAAGTTTACAACTTGTTGTTACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGaaaa > 1:1632885/1‑91 (MQ=255) aTTGAAGTTTACAACTTGTTGTTACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGaaaa < 1:890509/91‑1 (MQ=255) ttGAAGTTTACAACTTGTTGTTACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGaaaaa > 1:484182/1‑91 (MQ=255) ttGAAGTTTACAACTTGTTGTTACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGaaaaa > 1:23033/1‑91 (MQ=255) aagatgcagacgatatggtgcatgtagccaaaaatcaagggcgaaacaaagtaatgtttaaccctattatcaatttataacaacgacaaaa < 1:958583‑M1/4‑1 (MQ=255) gatgcagacgatatggtgcatgtagccaaaaatcaagggcgaaacaaagtaatgtttaaccctattatcaatttataacaacgacAAAACt > 1:1898356‑M1/86‑91 (MQ=255) aaGTTTACAACTTGTTGTTACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTg > 1:1453276/1‑91 (MQ=255) aaGTTTACAACTTGTTGTTACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTg < 1:1619875/91‑1 (MQ=255) aaGTTTACAACTTGTTGTTACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTg < 1:1623173/91‑1 (MQ=255) tgcagacgatatggtgcatgtagccaaaaatcaagggcgaaacaaagtaatgtttaaccctattatcaatttataacaacgacAAAACTGt < 1:867935‑M1/8‑1 (MQ=255) aGTTTACAACTTGTTGTTACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGt < 1:1136016/91‑1 (MQ=255) aGTTTACAACTTGTTGTTACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGt < 1:3245313/91‑1 (MQ=255) aGTTTACAACTTGTTGTTACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGt < 1:3699385/91‑1 (MQ=255) aGTTTACAACTTGTTGTTACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGt < 1:3699438/91‑1 (MQ=255) gcagacgatatggtgcatgtagccaaaaatcaagggcgaaacaaagtaatgtttaaccctattatcaatttataacaacgacAAAACTGtt > 1:2315524‑M1/83‑91 (MQ=255) gcagacgatatggtgcatgtagccaaaaatcaagggcgaaacaaagtaatgtttaaccctattatcaatttataacaacgacAAAACTGtt < 1:789257‑M1/9‑1 (MQ=255) gcagacgatatggtgcatgtagccaaaaatcaagggcgaaacaaagtaatgtttaaccctattatcaatttataacaacgacAAAACTGtt < 1:2100616‑M1/9‑1 (MQ=255) gcagacgatatggtgcatgtagccaaaaatcaagggcgaaacaaagtaatgtttaaccctattatcaatttataacaacgacAAAACTGtt > 1:957983‑M1/83‑91 (MQ=255) gTTTACAACTTGTTGTTACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGtt < 1:492648/91‑1 (MQ=255) gTTTACAACTTGTTGTTACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGtt > 1:3296399/1‑91 (MQ=255) gTTTACAACTTGTTGTTACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGtt > 1:3296414/1‑91 (MQ=255) cagacgatatggtgcatgtagccaaaaatcaagggcgaaacaaagtaatgtttaaccctattatcaatttataacaacgacAAAACTGTTa > 1:622283‑M1/82‑91 (MQ=255) cagacgatatggtgcatgtagccaaaaatcaagggcgaaacaaagtaatgtttaaccctattatcaatttataacaacgacAAAACTGTTa > 1:621470‑M1/82‑91 (MQ=255) agacgatatggtgcatgtagccaaaaatcaagggcgaaacaaagtaatgtttaaccctattatcaatttataacaacgacAAAACTGTTaa < 1:1130710‑M1/11‑1 (MQ=255) tACAACTTGTTGTTACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAAt < 1:3406297/91‑1 (MQ=255) aaCTTGTTGTTACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCtt > 1:3966730/1‑91 (MQ=255) cTTGTTGTTACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCTTTg < 1:2593454/91‑1 (MQ=255) gttgttACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCTTTGCta < 1:4091765/91‑1 (MQ=255) ttgttACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCTTTGCtat < 1:894542/91‑1 (MQ=255) tgttACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCTTTGCtatt > 1:1427152/1‑91 (MQ=255) tgttACAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCTTTGCtatt > 1:42611/1‑91 (MQ=255) aCAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATAc < 1:1887470/91‑1 (MQ=255) cAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACt < 1:1189379/91‑1 (MQ=255) cAACTTTCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGAATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACt < 1:3333824/91‑1 (MQ=255) ttCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGAt < 1:450171/91‑1 (MQ=255) ttCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGAt < 1:3476239/91‑1 (MQ=255) ttCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGAt < 1:185783/91‑1 (MQ=255) caaaaatcaagggcgaaacaaagtaatgtttaaccctattatcaatttataacaacgacAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGAt > 1:1619769‑M1/60‑91 (MQ=255) tCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGAtt < 1:1988838/91‑1 (MQ=255) tCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGAtt < 1:4089782/91‑1 (MQ=255) tCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGAtt < 1:2888215/91‑1 (MQ=255) tCAATAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGAtt > 1:1873653/1‑91 (MQ=255) aaTAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGATTta > 1:11645/1‑91 (MQ=255) aaTAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGATTta > 1:1756934/1‑91 (MQ=255) aTAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGATTtaa > 1:2651367/1‑91 (MQ=255) tAGTGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGATTtaat > 1:2660354/1‑91 (MQ=255) tGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTaataat > 1:1757753/1‑91 (MQ=255) tGAGACTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTaataat < 1:266148/91‑1 (MQ=255) gagaGTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTAataata < 1:3452976/91‑1 (MQ=255) gagaCTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTAataata > 1:1701594/1‑91 (MQ=255) agggcgaaacaaagtaatgtttaaccctattatcaatttataacaacgacAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTAataata > 1:3384464‑M1/51‑91 (MQ=255) agaCTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAg < 1:3937268/91‑1 (MQ=255) gaCTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGc > 1:1306588/1‑91 (MQ=255) gaCTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGc < 1:352899/91‑1 (MQ=255) aCTTTGTGTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCa > 1:3122088/1‑91 (MQ=255) cgaaacaaagtaatgtttaaccctattatcaatttataacaacgacAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCaa > 1:3508052‑M1/47‑91 (MQ=255) tgtgTTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAgg < 1:1900047/91‑1 (MQ=255) gtgtTAGTATGATGAACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGa > 1:3579070/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |